| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 27 (1.140) | 17 (1.040) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
16/180 | NT | 47.3% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | 28 (1.190) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
TTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT > USA300TCH1516_ALE/512486‑512759 | cctgttcccatgccgaacacagaagataagctcattagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGt < 1:98705‑M1/7‑1 (MQ=255) gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAtt < 1:183185/141‑1 (MQ=255) gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTCTTAAGCAGGTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGCCAAACAAAACACCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTGTAAAAAGTTAtt > 2:259966/1‑141 (MQ=255) cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa > 1:206943‑M1/129‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaacaaataagataagctccttagcgtggaagacaggcaaacttacgttccgctaaagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGCCTTAAATg > 2:179136‑M1/121‑141 (MQ=255) cacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATgttg < 1:286734‑M1/24‑2 (MQ=255) ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa < 1:154799/141‑1 (MQ=255) aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAACTAAATTGAATCACTAACGAAAATTAATATTCAAAATTGATTGACTCACATCTAAACAAAAt > 2:270147/1‑141 (MQ=255) ttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGtt > 2:88604‑M1/110‑117 (MQ=255) ttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGtt < 1:88604‑M1/8‑1 (MQ=255) 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1:246841/141‑1 (MQ=255) gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt > 1:32336/1‑141 (MQ=255) tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg < 1:77413‑M1/69‑1 (MQ=255) tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg > 1:227049‑M1/73‑141 (MQ=255) ataatgtagtagaaagatgcaaggcaggatttgaataaaatattaattaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa > 2:129113‑M1/72‑141 (MQ=255) tttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGCAAAATGAACATTGaa > 2:102224/1‑141 (MQ=255) 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2:30153/1‑140 (MQ=255) gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAACTGAACATTGAAAACTGAATGACAat < 1:145561‑M1/85‑1 (MQ=255) aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa < 2:125275/141‑1 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATCACTTGCATTACTAACGCACATTAATTTTAAAAAGTTATTCACTTAAATGTTAATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTCTCTCTAAGAAAACTGAACATTGAAGACTGACTGACAATATGtaacc > 2:70559/1‑137 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaaa > 1:243540/1‑140 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTAACACAAAAGTTAAGAAAATACCATCA‑CAGTTTTTTTCTGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATAACAAAATGACaaa > 1:56209/1‑140 (MQ=255) 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1:79803‑M1/106‑1 (MQ=255) tttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt > 1:258430‑M1/31‑141 (MQ=255) ttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGGAAGAAAGATGGACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCGACAAAACGTa < 1:81653‑M1/112‑1 (MQ=255) ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc < 1:171421‑M1/114‑1 (MQ=255) tACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt < 1:211328/141‑1 (MQ=255) taaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc < 1:227123‑M1/124‑1 (MQ=255) 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2:19078‑M1/139‑1 (MQ=255) tAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt > 1:285722/1‑141 (MQ=255) | TTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAT‑GTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT > USA300TCH1516_ALE/512486‑512759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |