| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 27 (1.140) | 17 (1.040) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
16/180 | NT | 47.3% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | 28 (1.190) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
TGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATT > USA300TCH1516_ALE/1998140‑1998413 | tGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaaa > 1:123306/1‑141 (MQ=38) acgttgacatattgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgaccagcattaattatacattttatcaacatttcagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaactaaaatttgattacAAAACt > 2:56730‑M2/136‑141 (MQ=255) attgtcattcagttttcaatgttcagttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAAc < 1:145561‑M2/16‑1 (MQ=255) ttttaattttcctttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGc < 1:197882‑M2/29‑1 (MQ=255) tcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaattaatattttattcaAATCCTGCCTTGCATctttctactacattat > 2:129113‑M2/111‑134 (MQ=255) caatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa < 1:77413‑M2/32‑1 (MQ=255) caatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa > 1:227049‑M2/110‑141 (MQ=255) aGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATCAATAGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACACTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCCAACTCTCCGACTCAAAACACCCTCGCACCGCTCCACTCCAGccgc > 2:273669/1‑138 (MQ=14) tcTATGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGaa < 2:173400/140‑1 (MQ=255) ggCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGCACGACGGGCTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTa < 1:9494/141‑1 (MQ=255) ggCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTa < 1:88677/141‑1 (MQ=255) ggCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCGCGGCTTGGAAGGAACATGTTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTa < 1:153518/141‑1 (MQ=17) gCCGGCCATAGGTAAGAATAAATGGTTGAGAATGAGGGGGTCTAGCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTaa < 2:17182/141‑1 (MQ=17) tttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGACAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGtt > 1:152326‑M2/101‑141 (MQ=255) aGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATc < 2:123306/141‑1 (MQ=255) aaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGAACCTCTGCTCGTCGGGTGGTTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGc < 1:125848/141‑1 (MQ=14) aattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttggccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCAGCTAGCATCGACGCt < 2:258430‑M2/58‑1 (MQ=255) attaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTa < 1:64420‑M2/59‑1 (MQ=255) aTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTa < 1:152866/141‑1 (MQ=255) ggtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTCCCATCGACGCTAAg > 1:198554/1‑141 (MQ=255) ttgaATTACGGGTTCGAACCGCCGTCCATCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGc < 1:94120/139‑1 (MQ=255) tatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTTGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGc < 2:23721‑M2/65‑1 (MQ=255) tatacattttatcaacatttaagtcaataacttttttaatcttgaccattttattttttgtgcacaaatatacaaaAAAACTTCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGc < 1:292531‑M2/65‑1 (MQ=255) gagaATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGc < 1:53148/141‑1 (MQ=255) gagaATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGc < 1:38421/141‑1 (MQ=255) aTGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTACGGAGCTTaa > 1:202850/1‑141 (MQ=255) caacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtgtg < 1:286734‑M2/77‑1 (MQ=255) catttaaggcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTTTAGCGGAACGTAAGTTTGCCTGTCTTCCACGCTAAGGAGCTTATCTTATTTgttt > 2:179136‑M2/62‑140 (MQ=255) tcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATggg > 1:206943‑M2/54‑141 (MQ=255) aactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTaa > 2:88604‑M2/49‑117 (MQ=255) aactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTaa < 1:88604‑M2/69‑1 (MQ=255) actttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAATGAGCTTATCTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAgg < 1:98705‑M2/94‑1 (MQ=255) gCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgtg < 1:242659/141‑1 (MQ=255) gTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAAAAGGTGTGAc > 1:228555/1‑141 (MQ=255) tAAGGTATATGTTTTTCCGGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAATTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcc < 1:275556/141‑1 (MQ=14) tAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcc > 1:185813/1‑141 (MQ=255) tAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcc > 1:231327/1‑141 (MQ=255) aaGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcct > 2:145332/1‑141 (MQ=255) gCAGAGGCCCTCCCTGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAACACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctcct < 1:232771/141‑1 (MQ=255) gtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc < 1:276921‑M2/108‑1 (MQ=255) ttttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCTGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 2:171501‑M2/113‑1 (MQ=255) tttcCCAGCTTAGCTTCTTCTTCGATTTACAACTGTCTGGCAACGTTCTATTCTAGCGGAACGAAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 1:49981/139‑1 (MQ=14) ctcCCAGTTGAGCTAAGTCCGCGATTTAATACTGCATGGCAACGTGCTACTCTGGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGt < 2:201052/141‑1 (MQ=14) ttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGTCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTc < 1:236502‑M2/115‑1 (MQ=255) cAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAcc < 2:97315/141‑1 (MQ=255) ttttaggcaaaatgtgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGGTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAg < 2:241585‑M2/120‑1 (MQ=255) tttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTCAGTAGCGTAACTTCTGTGTTCGCCATGTCAACGTGTGTGACCTCCTTGCTATATTCACCAGa > 2:279700‑M2/21‑141 (MQ=255) cTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACTTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:279619/141‑1 (MQ=255) cTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa > 1:78195/1‑141 (MQ=255) ttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGTTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGAc > 2:269118‑M2/20‑141 (MQ=255) taaacaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 1:171225‑M2/123‑1 (MQ=255) gAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa > 1:82998/1‑141 (MQ=255) ctcCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGCACGTACGTTCGTCTTCCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGt > 1:202511/1‑141 (MQ=255) attaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACACCTGAATGTAAtt > 1:29589‑M2/6‑141 (MQ=255) | TGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATT > USA300TCH1516_ALE/1998140‑1998413 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |