New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1801134 | 44 (0.690) | 4 (0.060) | 4/254 | NT | 8.2% | coding (186/1122 nt) | citZ | Citrate synthase 2 |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1801146 | 47 (0.760) | coding (174/1122 nt) | citZ | Citrate synthase 2 |
TGTGCAATATATGATAATGACGTACGTAATGCTGTCATTGGATGCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATAAGTCAATTGACTTTCAATAATTGAACTTATTTTA > USA300TCH1516_ALE/1801009‑1801272 | tgtgCAATATATGATAATGACGTACGTTATGCTGTCATTGGATGCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGATCTtct < 2:342275‑M2/141‑4 (MQ=255) tgtgCAATATATGATAATGACGTACGTAATGCTGTCATTGGATGCACGTGATCTGTAACATACTCCCCAAAATGTGTCTACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTCATTTAATTTCCCTTTTAGATAACCAAGCGCTtct < 2:114383‑M2/141‑4 (MQ=255) gtgCAATATATGATAATGACGTACGTAATGCTGTCATTGGATGCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGATcttctt > 2:487707/1‑141 (MQ=255) cAATATATGATAATGACGTACGTAATGCTGTCATTGGATGCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGt < 1:393907/141‑1 (MQ=255) atatatGATAATGACGTACGTAATGCTGTCATTGGATGCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGttt > 2:119320/1‑141 (MQ=255) agatGATAATCACGTACGGAATGCTGTGATTGGATGCACGGGATCTGTAACATGCTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTgg < 2:367766/139‑1 (MQ=255) tatGATAATGACGTACGTAATGCTGTCATTGGATGCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGc < 2:476227/141‑1 (MQ=255) tatGATAATGACGTACGTAATGCTGTCATTGGATGCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGc < 1:77486/141‑1 (MQ=255) tGACGTACGTAATGCTGTCATTGGATGCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCtata < 1:226638/141‑1 (MQ=255) tGACGTACGTAATGCTGTCATTGGATGCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCtata < 1:68029/141‑1 (MQ=255) acgtacgtAATGCTGTCATTGGATGCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGCTTTTTAGGCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGt > 1:776069/1‑141 (MQ=255) acgtaATGCTGTCATTGGATGCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCa < 2:90529/141‑1 (MQ=255) tggcATGGGATGCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTGAGTTGTCTATAGTTCCATAATAGGaa < 2:641462/138‑1 (MQ=255) tGTCATTGGATGCACGTGATCTGTAACATACTACTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTGGGCAATCTATAGTTGTATAATAGGaa > 1:237271/1‑141 (MQ=255) tGGATGCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAAc > 2:21583/1‑141 (MQ=255) tGCACGTGATCTGTAACATACTCATCCAAATGTGTATTCACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATAGCCCGCTTAGATGAGCAAGGTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATCGTTCCATAATAGGAAAATAActtct < 2:51632/141‑1 (MQ=255) gCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAActtctt > 2:424685/1‑141 (MQ=255) gCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAActtctt > 1:283877/1‑141 (MQ=255) cACGTGATCTGTAAGATACTCGTGAAAATGTGTATACAAAAAAGGAGTTAATGTCATATATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGGTATTCTTCGTTTGTCAAGATATAGTTACATAATAGGAAAATAActtctta > 2:398615/1‑140 (MQ=255) cACGTGATCGGTAACATACCCCTCAAAATGTGTATACACACGAGAGCTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACttcttc < 1:66223/141‑1 (MQ=255) aCGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCACTTTTAGAtgagcaagctcttctaaaagggaaattaaatcaatacatgacattaaatcctcgtgtata > 1:34180‑M1/1‑81 (MQ=255) aCGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTACCTTTTAGAAAAGCTTGCTAAtctaaaagagaaattaaatcaatacatgacattaaatcctcatgtata < 2:34180‑M2/141‑49 (MQ=255) cGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCaa > 1:207424/1‑141 (MQ=255) tGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTTGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAAt > 1:598161/1‑141 (MQ=255) gATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAAtt > 2:770185/1‑141 (MQ=255) tctccttcAAAGGTGTCTACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCTTTTTGCAAGAGCTTGCTCAtctaaaagggaaattaactcaatacatgacattaaatcctcgtgtgtatacacattttgaggag > 1:687951‑M2/2‑77 (MQ=255) aCTCCTCAAAATGTTTATACACATTAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGAtgagcaagctcttctaaaagggaaattaaatcaatacatgacattaaatcctcgtgtgtatacacattttgaggag < 2:687951‑M1/141‑77 (MQ=255) ctcctcAAAATTTGTATACACACTAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATTGTTCCATAATAGCAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGc < 2:691436/141‑1 (MQ=255) ctcctcAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAga > 2:66767/1‑140 (MQ=255) ctcctcAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGAAGAGCTTGCTCAtctaaaagggaaattaaatcaatacatgacattaaatcctaatgtgtataaacattttgaggagt < 2:687951‑M2/141‑66 (MQ=255) ctcctcAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGAGTTAATTTCCCTTTTAGAtgagcaagctcttgcaaaaaggaaattaaatcaatacatgacattaaatcctcgtgtgtagacacctttgaaggaga > 1:687951‑M1/1‑64 (MQ=255) cctcAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTa > 1:232802/1‑141 (MQ=255) cctcAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTa > 2:576096/1‑141 (MQ=255) aaaTGTTTATACACAAGAGTATTAAATGTCATGTATTGATTTAATTTCTCTTTTATATGAGCAAGCTATTCTTCGTTTCGCAATCTATAGTTCTATGATATGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGatca < 2:382265/141‑1 (MQ=255) ataCACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATTTATAGTTCCATAATAGGACAACACACACAACAAATTGAGCATTCTGTGCGAGATAATCAAGATc > 2:162011/1‑141 (MQ=255) tatacatgagGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCTCTTTTAGAttagcaagcttttctaaaaggtaaattaaatcaatacatgacattaaatcctcgtgtgtatacacattttgaggagtatgttacagatcacgt < 2:34180‑M1/138‑94 (MQ=255) tataCACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGAAGAGCTTGCTCAtctaaaagtgaaattaaatcaatacatgacattaaatcctcgtgtgtatacacattttgaggagtatgttacagatcacgt > 1:34180‑M2/1‑60 (MQ=255) ggATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCa < 2:339365/141‑1 (MQ=255) gATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCCGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCAt > 1:466801/1‑141 (MQ=255) tttAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATaa > 1:97863/1‑141 (MQ=255) tttAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAACAACATCGCCCCCATaa > 2:142238/1‑141 (MQ=255) tttAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAAAAAATTCTTCAAGTTGCGCATGCCCAGCATGATCATCAATATCATAGCCGGCATaa > 1:492563/1‑141 (MQ=255) tAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATAAGt > 1:760839/1‑141 (MQ=255) aTGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATAAGTCa > 2:477201/1‑141 (MQ=255) tCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATAAGTCAAtt < 1:624761/141‑1 (MQ=255) ttGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATCGCGCATTTGGAGCTTGCTACTAACTAGCATGGCCGGCATAAGTCAATTGACtttt > 1:295985/1‑140 (MQ=255) aTTTAATTTCCATTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATAAGTCAATTGACTTTCagt < 2:74388/141‑3 (MQ=255) tAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATAATTCAATTGACTTTCaataat > 2:596916/1‑141 (MQ=255) aTTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCTATCTCCTAGCCGGCATAAGTCAATTGACTTTCATTAATTg > 2:637279/1‑141 (MQ=255) aTTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATAAGTCAATTGACTTTCAATAATTg < 1:477201/141‑1 (MQ=255) tttCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATAAGTCAATTGACTTTCAATAATTGa < 1:507815/141‑1 (MQ=255) ttCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATAAGTCAATTGACTTTCAATAATTGaa < 1:119320/141‑1 (MQ=255) tCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATAAGTCAATTGACTTTCAATAATTGAAc > 1:530411/1‑141 (MQ=255) ccTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATAAGTCAATTTACTTTCAATAATTCCACtt > 2:693903/1‑141 (MQ=255) ttAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATAAGTCAATTGACTTTCAATAATTGAACTTAttt > 1:573905/1‑141 (MQ=255) ttAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATAAGTCAATTGACTTTCAATAATTGAACTTAttt > 1:525547/1‑141 (MQ=255) ttAGACGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATAAGTCAATTGACTTTCAATAATTGAACTTAttt < 1:509029/141‑1 (MQ=255) agaagcgcttggttatctaaaagggaaattaaatgaatacatgacattaaatcctcgtgtgtagacacattttggggagtatgttacagatcacgtgcatccaatgacagcattacgtacgtcattatcatatattgcaca < 2:114383‑M1/141‑139 (MQ=255) agaagatcttgctcatctaaaagggaaattaaatcaatacatgacattaaatcctcgtgtgtatacacattttgaggagtatgttacagatcacgtgcatccaatgacagcataacgtacgtcattatcatatattgcaca < 2:342275‑M1/141‑139 (MQ=255) | TGTGCAATATATGATAATGACGTACGTAATGCTGTCATTGGATGCACGTGATCTGTAACATACTCCTCAAAATGTGTATACACACGAGGATTTAATGTCATGTATTGATTTAATTTCCCTTTTAGATGAGCAAGCTCTTCTTCGTTTGGCAATCTATAGTTCCATAATAGGAAAATAACTTCTTCAAATTGCGCATTTTCAGCTAGATCATCAATATCATAGCCGGCATAAGTCAATTGACTTTCAATAATTGAACTTATTTTA > USA300TCH1516_ALE/1801009‑1801272 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |