| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 643,716 | Δ21 bp | 7.4% | intergenic (‑364/+165) | yjjP_1 ← / ← USA300HOU_RS03070 | Inner membrane protein YjjP/Putative heme‑dependent peroxidase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 643715 | 40 (0.630) | 3 (0.050) | 3/254 | NT | 7.4% | intergenic (‑363/+186) | yjjP_1/USA300HOU_RS03070 | Inner membrane protein YjjP/Putative heme‑dependent peroxidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 643737 = | 36 (0.580) | intergenic (‑385/+164) | yjjP_1/USA300HOU_RS03070 | Inner membrane protein YjjP/Putative heme‑dependent peroxidase | |||||
ACCATTACAAAAATTGTATAGAGTAGCGACTGTATAATTTCTATTGAGGTTAACGTTTATATGTAGTGATAGTAGTTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAATCACGTCTTATGTATACGGGAATATACTGAAGATAAACGAAAAATTCCAAGCTTAAACCGATAAGCTTGGAATTTTTTT > USA300TCH1516_ALE/643598‑643875 | aggttaaaataatattagttaaccattacaaaaattgtatagagtagcgactgtataatttctattgaggttaacgtttatatgtagtgatagtagttaaagttctcccaaggaagactactcgggtacactttgctatTg < 1:319429‑M2/2‑1 (MQ=255) ttACAAAAATTGTATAGAGTAGCGACTGTATAATTTCTATTGAGGTTAACGTTTATATGTAGTGATAGTAGTTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGataa < 1:592606/141‑1 (MQ=255) aCAAAAATTGTATAGAGTAGCGACTGTATAATTTCTATTGAGGTTAACGTTTATATGTAGTGATAGTAGTTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGataata < 1:24715/141‑1 (MQ=255) cAAAAATTGTATAGAGTAGCGACTGTATAATTTCTATTGAGGTTAACGTTTATATGTAGTGATAGTAGTTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATAc < 2:80795/141‑1 (MQ=255) 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1:668940/141‑1 (MQ=255) tGAGGTTAACGTTTATATGTAGTGATAGTAGTTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTc < 1:485613/141‑1 (MQ=255) tttATATGTAGTGATAGTAGTTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTAcc < 1:118361/141‑1 (MQ=255) tttATATGTAGTGATAGTAGTTAAAGTTCGTACAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTAcc < 2:686351/141‑1 (MQ=255) tgatatGTAGTGATAGTAGTTAAAGTATTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCa < 2:623617/139‑1 (MQ=255) tataTGTAGTGATAGTAGTTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCaa < 1:215993/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tAGTGATAGTAGTTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAATCACg > 2:295898/1‑141 (MQ=255) aGTGATAGTAGTTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACAAAATCACGt > 2:446896/1‑141 (MQ=255) agtagtTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAATCACGTCTTATg > 1:544960/1‑141 (MQ=255) gtTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATATCCACTATTTACTAAATCACGTCTtatatata > 2:104106/1‑141 (MQ=255) ttAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAATCACGTCTTATCTATAc > 2:289649/1‑141 (MQ=255) aGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTAGTTTGTGATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAATCACGTCTTATGTATACGGGa < 2:276352/141‑1 (MQ=255) tatgtagtgatagtagttaaagttctcccaaggaagactactcgggtacactttgctatTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAATCACGTCTTATGTATACGGGaa < 1:730316‑M2/82‑1 (MQ=255) ttgatagtagttaaagttctcccaaggaggactactcgggtacactttgctatTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAATCACGTCTTATGTATACGGGAATATACt < 1:528326‑M2/88‑1 (MQ=255) cAAGGAAGACCACTCGGGTACCCTATGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAATCACGTCTTATGTATACGGGAATATACTg < 1:603572/141‑1 (MQ=255) aGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAATCACGTCTTATGTATACGGGAATATACTGaa > 1:502427/1‑141 (MQ=255) gAAGACTACTCAAATACATTTTGCTATGCGCAAAGTATACTTTGTTATTGATAATACATTAGTCCTTATATATAAGTTTAAACATATAGATTTCCACTATTTACCAAATCCTGTCTTATGTATACTGGCACATACTGaaca > 2:762164/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) acTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAATCACGTCTTATGTATACGGGAATATACTGAAGATAAACGAAAAATTCCaa > 1:434658/1‑141 (MQ=255) tGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAATCACGTCTTATGTATACGGGAATATACTGAAGATAAACGAAAAATTCCAAGCTTAAAcc < 1:750529/141‑1 (MQ=255) atTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAATCACGTCTTATGTATACGGGAATATACTGAAGATAAACGAAAAATTCCAAGCTTAAACCGATAAGCTTGGACttttttt > 2:40772‑M2/3‑141 (MQ=255) atTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAATCACGTCTTATGTATACGGGAATATACTGAAGATAAACGAAAAATTCCAAGCTTAAACCGATAAGCTTGGAAttttttt > 1:28660‑M2/3‑141 (MQ=255) | ACCATTACAAAAATTGTATAGAGTAGCGACTGTATAATTTCTATTGAGGTTAACGTTTATATGTAGTGATAGTAGTTAAAGTTCTCCCAAGGAAGACTACTCGGGTACACTTTGCTATGAGCAAAGTGTACTTTGTTATTGATAATACATTAGCACATATATATAAGTTTAAACATACAGATTTCAACTATTTACCAAATCACGTCTTATGTATACGGGAATATACTGAAGATAAACGAAAAATTCCAAGCTTAAACCGATAAGCTTGGAATTTTTTT > USA300TCH1516_ALE/643598‑643875 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |