New junction evidence
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TGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC  >  USA300TCH1516_ALE/909600‑909880                                                                                                                                             |                                                                                                                                             tgattggtTTAAAGAGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTaa                                                                                                                                              <  2:81539/138‑1 (MQ=255) 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        ttCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATTTTGAAAATTTTATAACACCCACTAGTTGAATGTTTTGATTGCACTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcat                                                                                                                                      <  1:536918‑M2/141‑9 (MQ=255)            aaGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgct                                                                                                                                   >  1:583149‑M2/1‑130 (MQ=255)             aGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgcta                                                                                                                                  <  2:390841‑M2/141‑13 (MQ=255)             aGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgcta                                                                                                                                  <  2:131094‑M2/141‑13 (MQ=255)                     aaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATc                                                                                                                          >  1:22010/1‑141 (MQ=255)                       aaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCat                                                                                                                        >  1:530541/1‑141 (MQ=255) 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                                           agggtaagggtaTGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGa                                                                                                   <  2:710984/141‑1 (MQ=255)                                              ggCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATg                                                                                                 >  1:324435/1‑141 (MQ=255)                                              ggCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTACTCGATCATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATg                                                                                                 <  1:300108/141‑1 (MQ=255) 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                                                             ataaATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaa                                                                                 <  1:534885/141‑1 (MQ=255)                                                               taaATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaat                                                                                <  1:601632/141‑1 (MQ=255)                                                               aaaaTTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaat                                                                                <  2:520593/140‑1 (MQ=255)                                                                aaaTTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggtt                                                                               >  1:390841‑M2/1‑78 (MQ=255)                                                                  aTTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaattta                                                                             <  2:603029/141‑1 (MQ=255)                                                                  aTTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAAGCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaattta                                                                             <  2:600360/141‑1 (MQ=255)                                                                   ttATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatttaa                                                                            <  1:751484/141‑1 (MQ=255)                                                                   ttATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatttaa                                                                            <  1:750539/141‑1 (MQ=255)                                                                   ttATCTTGAAAAGTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatttaa                                                                            <  2:415154/141‑1 (MQ=255)                                                                     aTCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAAc                                                                          <  1:591823/141‑1 (MQ=255)                                                                      tCTTGAAATTTTTATAAATGTATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACa                                                                         <  1:48536/141‑1 (MQ=255)                                                                      tCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACa                                                                         <  1:387656/141‑1 (MQ=255)                                                                      tCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAAATTCCTTGATTATATGGCTAATTATTCCTGCTATATAAATCATATTAATGGCTCATTAATGTGATGTGGCTGAGCTTTTTAATTTaaaga                                                                         >  2:717190/1‑139 (MQ=255)                                                                       cTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAg                                                                        >  2:499536/1‑141 (MQ=255)                                                                        ttGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAgg                                                                       <  1:596689/141‑1 (MQ=255) 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                                                                                           tatataACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGa                                                   <  1:306018/141‑1 (MQ=255)                                                                                            aatataACAATGTTTTAAGTGCCAGTGAAGTTTCTTGAAAAAAAGCATTATAAATTCAGTTGAATAAATTATATTAATGGCTCAGTAACATAATGTTGCTGGGCATTTTAATTTAAACAAGTATTTATATGATATTTAGGa                                                   <  2:275656/140‑1 (MQ=255)                                                                                                taACAATGTTTTGATTGCCCTTTAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcac                                               >  1:275941‑M2/1‑46 (MQ=255)                                                                                                   cAATTTTTTGATTGCCCTTGACCTTCCTTTATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaaaaacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaa                                            >  1:482364‑M2/1‑43 (MQ=255)                                                                                                     aTGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGc                                          <  2:693985/141‑1 (MQ=255)                                                                                                       gTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggg                                        <  2:704859‑M2/141‑103 (MQ=255)                                                                                                          ttGATTGCCTTTGAACTTCCTTGTTAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                                     <  2:408478/141‑1 (MQ=255)                                                                                                          ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                                     <  1:440144/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATa                               >  1:271923/1‑141 (MQ=255) 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                                                                                                                   ttGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTAGTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGt                           <  1:211290/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                    gtGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAACTTGTCCTGCTAAATAAATTATATTAATGGCTCAGTGACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGt                           <  2:125525/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                         cTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTTCTGAGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGCATCAGATGCTATTACTGATAAAGTAACAt                      >  2:405100/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                         cTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGATCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTCAAATGGGTCATCATATGATATTTAAGATTGGGCTGCTATTACAGATTAAGTAGAAt                      >  2:545263/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                  tAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgc             >  1:166667/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                       tGGTTAATTATTACTGTGAAATAAATCATATTATTCGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCg        <  2:97257/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                       tGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCg        >  1:638973/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                        ggCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGt       >  2:693144/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                        ggCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGt       <  1:499536/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                            aaTTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGATATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGTATGCGTGCtc   >  2:750125/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                                             attattCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAc  >  2:6951/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                             |                                                                                                                                             TGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC  >  USA300TCH1516_ALE/909600‑909880

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.