| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2609395 = | 51 (0.930) | 5 (0.100) | 5/230 | NT | 10.6% | intergenic (‑225/‑210) | USA300HOU_2471/USA300HOU_2472 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 2609451 = | 38 (0.760) | intergenic (‑281/‑154) | USA300HOU_2471/USA300HOU_2472 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
TTTGGAAAATTAAGAAATATTTAATTATATAAAAGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACTAATATCATCCAGTTCATTCTTCGCCT > CP000730/2609312‑2609588 | agtaagaaaTTAAGAAATATTTAATTATATAAAAGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCtttttt > 2:29844/7‑141 (MQ=255) ttGGAAAATTAAGAAATATTTAATTATATAAAAGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttg < 2:435310/141‑1 (MQ=255) tGGAAAATTAAGAAATATTTAATTATATAAAAGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgt < 2:21028/141‑1 (MQ=255) tGGAAAATTAAGAAATATTTAATTATATAAAAGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgt > 2:291832/1‑141 (MQ=255) ggAAAATTAAGAAATATTTAATTATATAAAAGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTttgtt < 1:442502/141‑1 (MQ=255) aaaaTTAAGAAATATTTAATTATATAAAAGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGc > 1:348175/1‑141 (MQ=255) aaaTTAAGAAATATTTAATTATATAAAAGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCg > 2:520/1‑141 (MQ=255) tAAGAAATATTTAATTATATAAAAGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGc > 2:50725/1‑141 (MQ=255) aaGAAATATTTAATTATATAAAAGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCt < 2:516505/141‑1 (MQ=255) aaGAAATATTTAATTATATAAAAGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCt < 1:160963/141‑1 (MQ=255) tatTTAATTATATAAAAGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATAtt < 2:302861/141‑1 (MQ=255) tttAATTATATAAAAGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATtaa < 1:682479/141‑1 (MQ=255) aaGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCatgaat < 1:277172/141‑1 (MQ=255) aGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCatgaatg > 2:397905/1‑141 (MQ=255) gTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCatgaatga < 1:127173/141‑1 (MQ=255) aataaGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGc > 1:276199/1‑141 (MQ=255) aGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGc < 1:441360/141‑1 (MQ=255) tCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTg > 2:579704/1‑141 (MQ=255) aaaaTATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCtt > 1:558066/1‑141 (MQ=255) aaaTATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTa > 1:352811/1‑141 (MQ=255) tatGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCt < 1:234906/141‑1 (MQ=255) tAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAg > 1:246184/1‑141 (MQ=255) aaaaTGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATAAGACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGa < 1:311777/141‑1 (MQ=255) aaaTGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGaa < 1:681986/141‑1 (MQ=255) aTGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTTTTTTTTTTCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATc > 2:222961/1‑141 (MQ=255) tataagcaccgcaacaaaaaagcttctaatgtgatacaggaacctcatattccgtatcatgttagaagcttttTTGTTGCGGTGCTtata < 2:646112‑M2/17‑1 (MQ=255) tataagcaccgcaacaaaaaagcttctaatgtgatacaggaacctcatattccgtatcatgttagaagcttttTTGTTGCGGTGCTtata > 1:646112‑M2/74‑90 (MQ=255) tataagcaccgcaacaaAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTtata < 2:646112‑M1/73‑1 (MQ=255) tataagcaccgcaacaaAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTtata > 1:646112‑M1/18‑90 (MQ=255) gACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAAc < 1:499155/141‑1 (MQ=255) aCATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACt > 1:647698/1‑141 (MQ=255) cATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATAAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACtt < 2:314097/141‑1 (MQ=255) tAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCg < 2:128522/141‑1 (MQ=255) AAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTc < 2:190762‑M1/141‑1 (MQ=255) GCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCtt < 1:303113‑M1/141‑1 (MQ=255) GCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCtt < 1:233256‑M1/141‑1 (MQ=255) ttctaatgtgatacaggaccctcatattccgtatcatgttagaagcttttTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTcttta > 1:686825‑M2/51‑140 (MQ=255) TTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCAt > 1:229242‑M1/1‑92 (MQ=255) TTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCAt < 2:229242‑M1/92‑1 (MQ=255) TTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTg < 1:203322‑M1/141‑1 (MQ=255) AACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACtt < 1:511468‑M1/127‑1 (MQ=255) AACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACtt > 2:511468‑M1/1‑127 (MQ=255) cATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATAtt < 2:237314/141‑1 (MQ=255) gtgatacaggaacctcatattccgtatcatgttagaagcttttTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATg > 1:147710‑M2/44‑86 (MQ=255) gtgatacaggaacctcatattccgtatcatgttagaagcttttTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATg < 2:147710‑M2/43‑1 (MQ=255) tGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATAtttt < 1:32476/141‑1 (MQ=255) aTACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATAtttttt < 1:114010/141‑1 (MQ=255) atatGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCt > 1:615072/1‑141 (MQ=255) atGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTa > 1:480803/1‑141 (MQ=255) gAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACt < 2:198304/141‑1 (MQ=255) gAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACt < 1:29844/141‑1 (MQ=255) gAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACt < 1:593998/141‑1 (MQ=255) ggTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACTaa < 2:277428/141‑1 (MQ=255) ttCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACTAata < 1:277134/141‑1 (MQ=255) cTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACTAATatca > 1:288963/1‑141 (MQ=255) gTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATaa < 2:149038/89‑1 (MQ=255) gTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATaa > 1:149038/1‑89 (MQ=255) gTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGCCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACTAATatcatc > 1:579557/1‑141 (MQ=255) cacaTTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTATTTTCGTACTAATATCATCCAGt < 2:352811/141‑1 (MQ=255) caTTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACTAATATCATCCAGTTc > 1:402110/1‑141 (MQ=255) gaggcttttTTGTTGCGGGGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTATACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACTAATATCATCCAGTTCAttct < 2:30585‑M2/132‑1 (MQ=255) gaagcttttTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACTAATATCATCCAGTTCAttct < 1:397905‑M2/132‑1 (MQ=255) aagcttttTTGTTTCTGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACTAATATCATCCAGTTCAttctt > 2:253244‑M2/9‑141 (MQ=255) aagcttttTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACTAATATCATCCAGTTCAttctt < 1:520‑M2/133‑1 (MQ=255) gcttttTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATACTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACTAATATCATCCAGTTCATTCTTCg < 1:611783‑M2/135‑1 (MQ=255) cttttTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACTAATATCATCCAGTTCATTCTTCGc < 1:588390‑M2/136‑1 (MQ=255) tttTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACTAATATCATCCAGTTCATTCTTCGCCt > 1:374192‑M2/4‑141 (MQ=255) | TTTGGAAAATTAAGAAATATTTAATTATATAAAAGTTTAATAAGTCAGAAAATATGATAAAATGTAGATGTTCTTTAGACATTAAAAGCTTCTAACATGATACGGAATATGAGGTTCCTGTATCACATTAGAAGCTTTTTTGTTGCGGTGCTTATATTAATAATGGCATGAATGAACGCATGCTGTCTTAGCTCCAAGAATCATATAAGCTATTAAACTTCCGTTCTTTGAATATTTTTTAATTTCTTACTAATATCATCCAGTTCATTCTTCGCCT > CP000730/2609312‑2609588 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |