| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2067929 = | 70 (0.880) | 3 (0.040) | 3/248 | 12.5 | 4.2% | intergenic (+42/+153) | ppaC/USA300HOU_1922 | inorganic diphosphatase/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 2067974 = | 71 (0.970) | intergenic (+87/+108) | ppaC/USA300HOU_1922 | inorganic diphosphatase/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAATGTTCAATTAGAAGATGACATGGCCTTCTTATCTGGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAACCCACAGATTAGTGATTTCTATACAAT > CP000730/2067791‑2068068 | cAATGTTCAATTAGAAGATGACATGGCCTTCTTATCTGGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTtaactaac < 1:151017/141‑1 (MQ=255) aTGTTCAATTAGACGATGACATGGTCTTCTTATCTAGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAg < 2:909875/141‑1 (MQ=255) gTTCAATTAGAAGATGACATGGCCTTCTTATCTGGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGtt > 2:708537/1‑141 (MQ=255) ttCAATTAGAAGATGACATGGCCTTCTTATCTGGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTc > 2:858864/1‑141 (MQ=255) cAATTAGAAGATGACATGGCCTTCTTATCTGGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCAt > 1:117623/1‑141 (MQ=255) cAATTAGAAGATGACATGGCCTTCTTATCTGGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCAt < 2:154211/141‑1 (MQ=255) cAATTAGAAGATGACATGGCCTTCTTATCTGGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCAt > 2:244081/1‑141 (MQ=255) gaagaTGACATGGCCTTCTTATCTGGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGt > 1:434324/1‑141 (MQ=255) tGACATGGCCTTCTTATCTGGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAat > 2:633845/1‑141 (MQ=255) gACATGGCCTTCTTATCTGGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAatt > 1:546860/1‑141 (MQ=255) cATGGCCTTCTTATCTGGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAattta < 2:92206/141‑1 (MQ=255) ttcttATCTGGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACt > 2:699977/1‑141 (MQ=255) ttATCTGGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTc < 2:360173/141‑1 (MQ=255) aTCTGGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCaa > 2:538440/1‑141 (MQ=255) agtctCGTATCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTAAACAATTAACCAAATACTACTATATTACTCTATAATTATAGACATGTTATATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGaa < 2:317286/137‑1 (MQ=255) gtgtCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAAc < 1:514469/141‑1 (MQ=255) tCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGt < 2:135369/141‑1 (MQ=255) tCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGt < 1:858864/141‑1 (MQ=255) cGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGtt > 2:797725/1‑141 (MQ=255) gTTTCGCGAAAAAAAAAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGttt < 1:114458/141‑1 (MQ=255) ttCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATTGAAAGT‑GAAATAAATTCTACTTT‑AATGAACTGttagt < 2:153072/141‑4 (MQ=25) tctcGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGtttttt > 2:554805/1‑141 (MQ=255) ctcGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTttta < 1:87962/141‑1 (MQ=255) cGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTtttatt < 2:172970/141‑1 (MQ=255) aaaaaaaCAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTtttattta < 2:54439/141‑1 (MQ=255) aaCAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGttt < 2:884905/141‑1 (MQ=255) aCAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAGGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTg > 2:264988/1‑141 (MQ=255) aCAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTg > 2:915123/1‑141 (MQ=255) aCAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTg > 1:170503/1‑141 (MQ=255) cAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGa < 1:696990/141‑1 (MQ=255) aaTCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGtttttttttttttttttcct > 2:464575/1‑131 (MQ=255) aaTCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACt < 2:117623/141‑1 (MQ=255) gTACCTCAAGTCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAAtt > 1:806956/1‑141 (MQ=255) gTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAAtt > 2:64296/1‑141 (MQ=255) aCCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTTACTAATTTa > 2:620615/1‑141 (MQ=255) ccTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTAc < 1:403846/141‑1 (MQ=255) cTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACa < 1:501343/141‑1 (MQ=255) cTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACa < 1:647400/141‑1 (MQ=255) aaaTCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAAcc < 1:660587/141‑1 (MQ=255) aaaTCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAAcc < 1:860593/141‑1 (MQ=255) aaTCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAAccc < 1:13260/141‑1 (MQ=255) aTCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCt < 1:554805/141‑1 (MQ=255) cTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCttttt > 1:183877/1‑141 (MQ=255) gAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCa > 2:680368/1‑141 (MQ=255) aaGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑ACAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCaa < 1:708537/141‑1 (MQ=255) aaGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCaa < 2:434324/141‑1 (MQ=255) tgataaaaTAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTT‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTATTTTACAACACTTCTTTAAtagtag > 2:49417/5‑141 (MQ=255) tAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAAtagtag < 1:682859/141‑1 (MQ=255) 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1:432097/1‑141 (MQ=255) tAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAAcc < 2:465891/141‑1 (MQ=255) tAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAAcc < 2:546860/141‑1 (MQ=255) ataGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAACCCACAg < 1:818102/141‑1 (MQ=255) ataGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAACCCACAg > 1:145376/1‑141 (MQ=255) aGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAACCCACAGAt < 2:67547/141‑1 (MQ=255) aGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAACCCACAGAt > 1:125174/1‑141 (MQ=255) aCATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAACCCACAGATTa < 2:213716/141‑1 (MQ=255) ttgtATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAACCCACAGATTAGTGAt > 1:745698/1‑141 (MQ=255) ttgtATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAACCCACAGATTAGTGAt < 1:903194/141‑1 (MQ=255) ttgtATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAACCCACAGATTAGTGAt > 1:745790/1‑141 (MQ=255) gtATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACACTAACCCACAGATTAGTGAttt > 2:589530/1‑141 (MQ=255) aTTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAACCCACAGATTAGTGATTTCt < 1:588299/141‑1 (MQ=255) tttAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAACTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAACCCACAGATTAGTGATTTCta < 1:633845/141‑1 (MQ=255) taactaacAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAACCCACAGATTAGTGATTTCtata > 1:618495/1‑141 (MQ=255) actaacAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAACCCACAGATTAGTGATTTCTATACa > 1:339698/1‑141 (MQ=255) taacAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAACCCACAGATTAGTGATTTCTATACAAt < 2:155766/141‑1 (MQ=255) | CAATGTTCAATTAGAAGATGACATGGCCTTCTTATCTGGTGTCGTTTCTCGAAAAAAACAAATCGTACCTCAAATCACTGAAGCATTAACAAAATAATACTATATTACTGTCTAATTATAGACATGTTGTATTTAACTAACAGTTCATT‑AAAGTAGAATTTATTTC‑ACTTTCAATGAACTGTTTTTTATTTACGTTTGACTAATTTACAACCCTTTTTCAATAGTAGTTTTTATTCCTTTAGCTACCCTAACCCACAGATTAGTGATTTCTATACAAT > CP000730/2067791‑2068068 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |