| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 399701 | 72 (0.810) | 5 (0.060) | 4/236 | NT | 7.0% | intergenic (+9/+83) | USA300HOU_0366/tatC | OFeT family oxidase‑dependent iron (Fe2+) transporter/Tat family twin arginine targeting transporter TatC |
| ? | CP000730 | = 399706 | 68 (0.840) | intergenic (+14/+78) | USA300HOU_0366/tatC | OFeT family oxidase‑dependent iron (Fe2+) transporter/Tat family twin arginine targeting transporter TatC | |||||
ATTAGGTGCGATGCCAAGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/399551‑399701‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaacaggcACTCG‑GCCTGTTTTTTATTTTTTAAATTTAAAGATTAAGATAGCAACTACCATAATATAAGCACCTTGTGCTATCAATGGTTCATAACTTGGATAAAAGCCCAACCAGTTAATCGTTGGGAATCCTTCAATAACATGTC < CP000730/399706‑399568 ATTAGGTGGGATGCCAAGAGATGTTATTGAAGGATGCCCAACGATTAACTGGTTGGGCGTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATA < 2:655253/141‑1 TTAGGTGCGATGCCAAGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAc < 1:1029796/141‑2 TTAGGTGCGATGCCAAGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAA > 2:1015007/1‑141 AGGTGCGATGCCAAGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAA > 1:40740/1‑141 GTGCGATGCCAAGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAA > 1:509428/1‑141 GTGCGATGCCAAGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAA > 1:187482/1‑141 GTGCGATGCCAAGACATGTTATTGAAGGATACCCAACGAATAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAA > 2:48342/1‑141 aATGCAAAGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACGGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATAAAAAAAAAAAAAAACAGG < 2:734788/140‑1 ATGCCAAGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC > 1:667545/1‑141 AGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGCACTCG‑G < 2:778854/141‑1 CTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGCCGAGT‑GCCTGTTTTTTATTTTTTAAATTTAAAGATTAAGATAGCAACTACCATAATATAAGCACCTTGTGCTATCAATGGTTCAT > 1:775399/1‑141 TATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGCCGAGT‑GCCTGTTTTTTATTTTTTAAATTTAAAGATTAAGATAGCAACTACCATAATATAAGCACCTTGTGCTATCAATGGTTCATAA > 2:480001/1‑141 ccatcctgttttaTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTATTTTTTAAATTTAAAGATTAAGATAGCAACTACCATAATATAAGCACCTTGTGCTATCAATGGTTCATAACTTGGATAAAAGCCCAACCAGT < 1:3330/128‑1 AAAAAATAAAAAACAGGCCGAGT‑GCCTGTTTTTTATTTTTTAAATTTAAAGATTAAGATGGCAACTATCATAATATAAGCACATTGTGCTAACAATGGTTCATAACTTGGAAAAAAGCAGAACCAGTTAATCGTTGGGAAT > 2:525392/1‑141 AACAGGCACTCG‑GCCTGTTTTTTATTTTTTAAATTTAAAGATTAAGATAGCAACTCCCATAATATAAGCACCTTGTGCTATCAATGGTTCATAACTTAGATAAAAGCCCAACCAGTTAATCGTTGGGAATCCTTCAATAAC > 2:280374/1‑141 ACAGGCACTCG‑GCCTGTTTTTTATTTTTTAAATTTAAAGATTAAGATAGCAACTACCATAATATAAGCACCTTGTGCTATCAATGGTTCATAACTTGGCTAAACGCCCAACCAGTTAATCGTTCGGAATCCATCAATAACA > 2:254571/1‑141 ACAGGCACTCG‑GCCTGTTTTTTATTTTTTAAATTTAAAGATTAAGATAGCAACTACCATAATATAAGCACCTTGTGCTATCAATGGTTCATAACTTGGATAAAAGCCCAACCAGTTAATCGTTGGGAATCCTTCAATAACA > 1:357884/1‑141 ACAGGCACTCG‑GCCTGTTTTTTATTTTTTAAATTTAAAGATTAAGATAGCAACTACCATAATATAAGCACCTTGTGCTATCAATGGTTCATAACTTGGATAAAAGCCCAACCAGTTAATCGTTGGGAATCCTTCAATAACA > 1:136897/1‑141 GGCACTCG‑GCCTGTTTTTTATTTTTTAAATTTAAAGATTAAGATAGCAACTACCATAATATAAGCACCTTGTGCTATCAATGGTTCATAACTTGGATAAAAGCCCAACCAGTTAATCGTTGGGAATCCTTCAATAACATGT > 2:699608/1‑141 GCACTCG‑GCCTGTTTTTTATTTTTTAAATTTAAAGATTAAGATAGCAACTACCATAATATAAGCACCTTGTGCTATCAATGGTTCATAACTTGGATAAAAGCCCAACCAGTTAATCGTTGGGAATCCTTCAATAACATGTC > 1:651563/1‑141 ATTAGGTGCGATGCCAAGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/399551‑399701‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaacaggcACTCG‑GCCTGTTTTTTATTTTTTAAATTTAAAGATTAAGATAGCAACTACCATAATATAAGCACCTTGTGCTATCAATGGTTCATAACTTGGATAAAAGCCCAACCAGTTAATCGTTGGGAATCCTTCAATAACATGTC < CP000730/399706‑399568 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |