| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000730 | = 399701 | 72 (0.810) | 5 (0.060) | 4/236 | NT | 7.0% | intergenic (+9/+83) | USA300HOU_0366/tatC | OFeT family oxidase‑dependent iron (Fe2+) transporter/Tat family twin arginine targeting transporter TatC |
| ? | CP000730 | = 399706 | 68 (0.840) | intergenic (+14/+78) | USA300HOU_0366/tatC | OFeT family oxidase‑dependent iron (Fe2+) transporter/Tat family twin arginine targeting transporter TatC | |||||
ATGCCAAGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGAACTCA > CP000730/399561‑399841 | aTGCCAAGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC > 1:667545‑M1/1‑141 (MQ=255) gCCAAGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑Cg > 2:591415/1‑141 (MQ=255) aaGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGt < 1:802526/141‑1 (MQ=255) aGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGCactcgg < 2:778854‑M1/141‑7 (MQ=255) gataTGCTATTTAGGGACTCTCAAGGATTATCTGTGTGGGCTTTTGTACAAGTGATAAAGCATGGATAGTACGCGGTGCTTATAGTATGGTAGTTGGTTGCTGAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAATCTGGC‑GGCGTGc < 2:442067/138‑1 (MQ=255) gACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTgc > 1:651563‑M2/1‑139 (MQ=255) aCATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTgcc > 2:699608‑M2/1‑138 (MQ=255) tGTTATTGATGGATTCCGAACGATTAACTGGTTGGGCGTTTAGCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTgcctgt > 2:254571‑M2/1‑135 (MQ=255) tGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTgcctgt > 1:357884‑M2/1‑135 (MQ=255) tGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTgcctgt > 1:136897‑M2/1‑135 (MQ=255) gTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCTAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGGAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTgcctgtt > 2:280374‑M2/1‑134 (MQ=255) aaGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTttgt < 1:230760/141‑1 (MQ=255) aaGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTttgt > 2:397759/1‑141 (MQ=255) aGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAATTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAATCAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTttgtt > 1:507331/1‑141 (MQ=255) aGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAACAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTttgtt < 1:525454/141‑1 (MQ=255) ggATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTttgttg > 1:679498/1‑141 (MQ=255) gATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGc < 1:45982/141‑1 (MQ=255) gATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGc < 2:867908/141‑1 (MQ=255) aTTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCt < 1:946024/141‑1 (MQ=255) aTTCCCAACGATTAACTGGTTCTGCTTTTTTCCAAGTTATGAACCATTGTTAGCACAATGTGCTTATATTATGATAGTTGCCATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑ACTCGgcctgttttttatttttt > 2:525392‑M2/1‑123 (MQ=255) tCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCtat > 1:632576/1‑141 (MQ=255) ccAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAACACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTatat < 1:563721/141‑1 (MQ=255) cAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCTTGTTTTTTTGTTGCTATAtt < 1:233652/141‑1 (MQ=255) aaCGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTg > 1:456112/1‑141 (MQ=255) ttAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAat < 1:1018808/141‑1 (MQ=255) ttAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCATAAATTATGGTCGTGGCTATCTTAAGCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAat > 1:1028667/1‑141 (MQ=255) aaCTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAatat > 1:478993/1‑141 (MQ=255) aCTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGCACTCGcctgttttttattttttataaaacaggatgg < 1:3330‑M2/141‑32 (MQ=255) aCTGGTAGGCCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCCCAAGGTGCTCACATTATGGCAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTCGTTGCTATACTgacaaaact > 2:762414/1‑133 (MQ=255) cTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTc > 1:424185/1‑141 (MQ=255) cTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTc < 2:645509/141‑1 (MQ=255) tGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTAt > 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aTCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGtata > 2:722006/1‑141 (MQ=255) tCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATaa > 1:411637/1‑141 (MQ=255) cAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACg > 1:834150/1‑141 (MQ=255) cAAGTTATGAACAATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACg < 2:128283/141‑1 (MQ=255) aGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGAt > 2:624224/1‑141 (MQ=255) gTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATa > 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tATCTTAATCTTTGAATTTATAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGCTTTGCCt < 2:178776/141‑1 (MQ=255) tATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCt > 1:765338/1‑141 (MQ=255) ttAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATCGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGc > 2:1020423/1‑141 (MQ=255) ttAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGGTGCTATATGGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGc < 1:915604/141‑1 (MQ=255) ccatcctgttttataaaaaataaaaaacaggccgagtgcctgttttttattttttaaatttaaagattaagatagcaactaccataatataagcaccttgtgctatcaatggttcataacttggataaaagcccaaccagt < 1:3330‑M1/128‑110 (MQ=255) aTCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCAtg < 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2:254571‑M1/1‑6 (MQ=255) aCAGGCactcggcctgttttttattttttaaatttaaagattaagatagcaactaccataatataagcaccttgtgctatcaatggttcataacttggataaaagcccaaccagttaatcgttgggaatccttcaataaca > 1:136897‑M1/1‑6 (MQ=255) aCAGGCactcggcctgttttttattttttaaatttaaagattaagatagcaactaccataatataagcaccttgtgctatcaatggttcataacttggataaaagcccaaccagttaatcgttgggaatccttcaataaca > 1:357884‑M1/1‑6 (MQ=255) aCAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGCACTTAACGATGAACATACTGa > 1:970015/1‑141 (MQ=255) aCAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGa < 1:387191/141‑1 (MQ=255) aCAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGa < 1:714148/141‑1 (MQ=255) aCAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGa < 2:913476/141‑1 (MQ=255) aCAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAAGGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGatcaatgtat > 1:212835/1‑132 (MQ=255) cAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATCATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGaa < 2:573923/141‑1 (MQ=255) cAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGaa < 2:516531/141‑1 (MQ=255) ggCactcggcctgttttttattttttaaatttaaagattaagatagcaactaccataatataagcaccttgtgctatcaatggttcataacttggataaaagcccaaccagttaatcgttgggaatccttcaataacatgt > 2:699608‑M1/1‑3 (MQ=255) gCactcggcctgttttttattttttaaatttaaagattaagatagcaactaccataatataagcaccttgtgctatcaatggttcataacttggataaaagcccaaccagttaatcgttgggaatccttcaataacatgtc > 1:651563‑M1/1‑2 (MQ=255) c‑cGAGTgcctgttttttattttttaaatttaaagattaagatagcaactaccataatataagcaccttgtgctatcaatggttcataacttggataaaagcccaaccagttaatcgttgggaatccttcaataacatgtct < 2:778854‑M2/141‑136 (MQ=255) | ATGCCAAGACATGTTATTGAAGGATTCCCAACGATTAACTGGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGC‑CGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAAGGTTAATGTGTTGGCGGTTTGCCTCGGCATGTGAACTTAACGATGAACATACTGAACTCA > CP000730/399561‑399841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |