| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 760039 | 79 (0.890) | 10 (0.130) | 8/230 | NT | 12.2% | intergenic (+13/+114) | cydC/USA300HOU_0709 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein/possible MarR family transcriptional regulator |
| ? | CP000730 | = 760055 | 74 (0.940) | intergenic (+29/+98) | cydC/USA300HOU_0709 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein/possible MarR family transcriptional regulator | |||||
TTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCT > CP000730/759915‑760195 | ttttGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCtt > 2:624420/1‑141 (MQ=255) ttGAGACCATCATTGGGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtc < 2:209314‑M2/141‑3 (MQ=255) gagaCCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaa > 2:837733‑M2/1‑137 (MQ=255) agaCCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaag > 2:587247‑M2/1‑136 (MQ=255) 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aaCTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTa > 2:1040414/1‑141 (MQ=255) tATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTc < 1:818503/141‑1 (MQ=255) tATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTc > 2:254935/1‑141 (MQ=255) caacaaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTta > 2:395081/1‑141 (MQ=255) aacaaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaa < 1:727077/141‑1 (MQ=255) aaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaataa < 1:385743/141‑1 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gATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATg < 2:152475/141‑1 (MQ=255) gATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATg < 1:842806/141‑1 (MQ=255) ggCTAAGAAACCTTtcaagcagtttttttattcagtatattgaagcagattccataaatcatttttattagctagtaattgttgagaggttcccttttcaactattttaccatttatcatcacaatgatggtctcaaaacg < 1:432252‑M2/141‑128 (MQ=255) gCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTTTTTTTTTTGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCatga > 2:679396/1‑141 (MQ=255) tAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCatgaat < 2:817494/141‑1 (MQ=255) tAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCatgaat < 2:463065/141‑1 (MQ=255) tAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCatgaat < 1:490210/141‑1 (MQ=255) aaaCCTTTCAAGCAGTTTGTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACt < 1:333173/141‑1 (MQ=255) tttCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTAcc > 2:570731/1‑141 (MQ=255) ttCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCt < 1:1044842/141‑1 (MQ=255) | TTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGCATGAATGACTTTACCT > CP000730/759915‑760195 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |