| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | CP000730 | 1,302,967 | Δ4 bp | 100% | coding (325‑328/714 nt) | USA300HOU_1209 → | possible GntR family transcriptional regulator |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | CP000730 | 1302967 | 1302970 | 4 | 74 [0] | [1] 75 | USA300HOU_1209 | possible GntR family transcriptional regulator |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 1302966 | 0 (0.000) | 70 (1.120) | 49/256 | NT | 100% | coding (324/714 nt) | USA300HOU_1209 | possible GntR family transcriptional regulator |
| ? | CP000730 | 1302971 = | 0 (0.000) | coding (329/714 nt) | USA300HOU_1209 | possible GntR family transcriptional regulator | |||||
AAGAGGGCACAAGTGTTAAGTCACTGCCCCCTTTCTTTTATCCATTGAATGAACTTATAAGTATTGGGCAAATGATTAAAAATGCAGGATTTGAATGCGGAACTGAATACTTAAATTTTGATGAGCAACCAGCAACTATGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAATTGCTAAAAAAGAATTAACATGTACAGAGTAT > CP000730/1302833‑1303107 | tttgaagagggcacaagtgttaagtcactgccccctttcttttatccattgaatgaacttataagtattgggcaaataattaaaaaaacaggatttaaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccatcaTg > 1:59031‑M2/139‑140 (MQ=255) agagggcacaagtgttaagtcactgccccctttcttttatccattgaatgaacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGa < 1:67608‑M2/7‑1 (MQ=255) gggcacaagtgttaagtcactgccccctttcttttatccattgaatgaacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGc < 1:638443‑M2/10‑1 (MQ=255) gggcacaagtgttaagtcacagccccctttcttttatccattgaatgaacttataagtcttgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaaccgaatacttaaatttagatgagcaaccagcaTGTtagaaac > 1:443354‑M2/131‑137 (MQ=255) 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2:535962‑M2/18‑1 (MQ=255) gttaagtcactgccccctttcttttatccattgaatgaacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATttgttg < 1:47093‑M2/20‑1 (MQ=255) gttaagtcactgccccctttcttttatccattgaatgaacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATttgttg < 2:129269‑M2/20‑1 (MQ=255) agtcactgccccctttcttttatccattgaatgaacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCg < 1:427695‑M2/24‑1 (MQ=255) ctgccccctttcttttatcccttgaatgaacttataagtatggggcaaatgagtaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTgaa > 1:145442‑M2/112‑140 (MQ=255) ctgccccctttcttttatccattgaatgaacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAACTTTGTTGAGCGTTgaa < 1:363366‑M2/29‑1 (MQ=255) 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1:94671‑M2/38‑1 (MQ=255) ttcttttatccattgaatgaacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGatat < 1:641096‑M2/38‑1 (MQ=255) ttttatccattgaatgaacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCa > 2:252553‑M2/100‑140 (MQ=255) ttttatccattgaatgaacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaacagaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATATGTTGAGCGTTGAAGAAGGATAGCCa > 2:433211‑M2/100‑140 (MQ=255) tttatccattgaatgaacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaattttgttttaccaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAg > 1:345778‑M2/99‑140 (MQ=255) tatccattgaatgaacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCGGTa > 1:91321‑M2/97‑140 (MQ=255) 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1:25410‑M2/91‑140 (MQ=255) atgaacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAg < 1:131648‑M2/54‑1 (MQ=255) aacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAAc > 1:490771‑M2/84‑140 (MQ=255) aacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAAc > 1:273809‑M2/84‑140 (MQ=255) aacttataagtattgggaaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaacggaatacttaaattttgatgagcaaccatcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAAc < 2:684927‑M2/57‑1 (MQ=255) acttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACg > 1:273202‑M2/83‑140 (MQ=255) 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1:665115‑M2/63‑140 (MQ=255) tgaatcaaaattcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGgag < 1:163148‑M2/78‑1 (MQ=255) gattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTAAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCATTAACCATTATAGAACGATTACAAACTAGCGAtggaaa > 2:414398‑M2/62‑138 (MQ=255) attaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttagattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGaa < 1:513801‑M2/80‑1 (MQ=255) attaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGccgatgtggaa > 2:138099‑M2/61‑135 (MQ=255) atcaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattgtgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAATAAGGATATCCAGTAACCATCATAGACCGCTTACTAACTGCCGATGGAGaa < 2:156410‑M2/80‑1 (MQ=255) 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1:726130‑M2/51‑140 (MQ=255) gaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGGTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTa < 1:376834‑M2/98‑1 (MQ=255) atgcggaactgaatacttntattttgatgagcaacctgcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAGTCATTCGAAAACTATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGa < 1:646078‑M2/100‑1 (MQ=255) cggaattgaatagttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATCATAGAACGATTACGAACTGCCGAGGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTATATaa < 2:443354‑M2/103‑1 (MQ=255) aactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAAt < 2:577508‑M2/106‑1 (MQ=255) gaattcttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAATTGCt < 1:101218‑M2/110‑1 (MQ=255) 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2:498291‑M2/123‑1 (MQ=255) gatgagtaacgagcaTGTTAGATGGAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTCCGACCTGTCGAAGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAATAAATAAAAAAGAATTAACa < 2:545689‑M2/125‑1 (MQ=255) gatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAATTGCTAAAACAGAATTAACa > 2:428784‑M2/16‑140 (MQ=255) gatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAATTGCTAAAAAAGAATTAACa < 2:345778‑M2/125‑1 (MQ=255) gatgagcaaacagcaTGTCAGATGCGAAGTGTTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAATTGCTAAAAAAGAATTAACa < 2:74862‑M2/125‑1 (MQ=255) aagcagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTGAGCTATATTTAAAATTGATATAAAAGAATTAACa < 2:666148‑M2/125‑1 (MQ=255) 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AAGAGGGCACAAGTGTTAAGTCACTGCCCCCTTTCTTTTATCCATTGAATGAACTTATAAGTATTGGGCAAATGATTAAAAATGCAGGATTTGAATGCGGAACTGAATACTTAAATTTTGATGAGCAACCAGCAACTATGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAATTGCTAAAAAAGAATTAACATGTACAGAGTAT > CP000730/1302833‑1303107 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |