New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 895785 =28 (0.880)42 (1.520) 33/226 NT 65.5% coding (806/822 nt) USA300HOU_0849 ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
?CP000730 = 909740 20 (0.720)intergenic (‑663/‑371) ear/USA300HOU_0868 Ear protein/hypothetical protein

TGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTA  >  CP000730/909600‑909879
                                                                                                                                            |                                                                                                                                           
tgGTTGTTTTCAAGGTCACAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGACAATCTTATAAATTCATATATACCAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTaa                                                                                                                                             <  1:14132/141‑1 (MQ=255)
 ggTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATATTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAt                                                                                                                                            >  2:158284‑M2/1‑140 (MQ=255)
  gttggtTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt                                                                                                                                           >  1:2058‑M2/1‑139 (MQ=255)
   ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtta                                                                                                                                          <  2:311318‑M2/141‑4 (MQ=255)
   ttgttAACAAGGAAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtta                                                                                                                                          >  2:109707‑M2/1‑138 (MQ=255)
    tgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttat                                                                                                                                         <  1:331163‑M2/141‑5 (MQ=255)
      tttgCAAGGGAAAAAAAAGGGGATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattc                                                                                                                                       >  1:9758‑M2/1‑135 (MQ=255)
         tCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctg                                                                                                                                    >  1:223856‑M2/1‑132 (MQ=255)
         tCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctg                                                                                                                                    <  2:327170‑M2/141‑10 (MQ=255)
            aaggcaAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgcta                                                                                                                                 >  2:153883‑M2/3‑129 (MQ=255)
               gCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaat                                                                                                                              >  2:368143‑M2/1‑126 (MQ=255)
                 aaaaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataa                                                                                                                            <  2:34910‑M2/141‑18 (MQ=255)
                  aaaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataat                                                                                                                           >  1:160565‑M2/1‑123 (MQ=255)
                   aaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataata                                                                                                                          <  1:98541‑M2/141‑20 (MQ=255)
                     aaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTaaataaataa                                                                                                                        >  1:337148/1‑139 (MQ=255)
                      aaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTCAttattcccgctaaataatacca                                                                                                                       <  1:163498‑M2/141‑23 (MQ=255)
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                               aTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTCAttattcctgctaaataataccaattaaataa                                                                                                              >  2:175437‑M2/1‑110 (MQ=255)
                                 tttGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaa                                                                                                            >  1:309049‑M2/1‑108 (MQ=255)
                                  ttGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCa                                                                                                           <  2:143472/141‑1 (MQ=255)
                                     aaaCAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatac                                                                                                        <  1:93831‑M2/141‑38 (MQ=255)
                                      aaCAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTaa                                                                                                       <  1:317258/141‑1 (MQ=255)
                                        cAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccct                                                                                                     <  2:117562‑M2/141‑41 (MQ=255)
                                         aaaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGt                                                                                                    <  1:235170/141‑1 (MQ=255)
                                          aaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatacccttt                                                                                                   >  2:283133‑M2/1‑99 (MQ=255)
                                              gCAAGGGTATTAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACACTGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaata                                                                                               >  1:28113‑M2/1‑95 (MQ=255)
                                                 aGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataaca                                                                                            >  1:34910‑M2/1‑92 (MQ=255)
                                                  gggTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaa                                                                                           >  2:98541‑M2/1‑91 (MQ=255)
                                                   ggTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaac                                                                                          >  1:130338‑M2/1‑90 (MQ=255)
                                                     tATGAATAATAAATTATGTTGAAAATTGTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCCTATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTggg                                                                                        <  2:147339/141‑1 (MQ=255)
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                                                         aataatAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCttt                                                                                    <  1:256762/141‑1 (MQ=255)
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                                                                              ttttATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtagga                                                               <  2:206601‑M2/141‑79 (MQ=255)
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                                                                                                 aCAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaa                                            >  2:90749‑M2/1‑44 (MQ=255)
                                                                                                 aCAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATgaga                                            <  1:252270/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                  cAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaagaacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaa                                           >  1:261143‑M2/1‑43 (MQ=255)
                                                                                                  cAATGTTTTGATTGCCCTTGAACGTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaa                                           >  1:63086‑M2/1‑43 (MQ=255)
                                                                                                   aaTGTTTTGCTTGCCCTTGACCGTCCTTCATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaa                                          >  1:172778‑M2/1‑42 (MQ=255)
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                                                                                                      gTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggg                                       <  1:352114‑M2/141‑103 (MQ=255)
                                                                                                        tttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgggaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggc                                     <  1:13061‑M2/141‑105 (MQ=255)
                                                                                                        tttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattccagctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggc                                     <  1:167862‑M2/141‑105 (MQ=255)
                                                                                                        tttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGATTTAGATGCAAtt                                     >  2:364163/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                         ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaatggtttatttttgtggtattgaaacaaaaaaggtgcccaacaggggca                                    <  2:199596‑M2/141‑106 (MQ=255)
                                                                                                         ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaagtaaaaaaggggacgaaaggggca                                    <  1:87375‑M2/141‑106 (MQ=255)
                                                                                                          tGATTGCCCTTGAACTTCCTTAATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggataatcttgtagaagttaaaagaaaaacgagcacaaaaggggcaa                                   <  1:198036‑M2/141‑107 (MQ=255)
                                                                                                            aTTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaagggggtatttttgtggtattgaaaataaaaaggggcacaaaaggggcagta                                 <  2:225372‑M2/141‑109 (MQ=255)
                                                                                                               gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggtgcagtatag                              <  2:32285‑M2/141‑112 (MQ=255)
                                                                                                                   ttGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGt                          <  2:150560/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    tGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTa                         <  2:375445/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    tGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTa                         <  2:265487/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         tttCTTGATTGTGTGGGTAAttattcctgataaataaaaccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatc                    >  2:262900‑M2/1‑20 (MQ=255)
                                                                                                                                    tCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaaa         <  2:351447‑M2/141‑133 (MQ=255)
                                                                                                                                    tCTGGCTAAttagtcctactaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaac         >  2:163498‑M2/1‑9 (MQ=255)
                                                                                                                                     cTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgcatgc        >  1:297983/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                     cTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGGGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgcatgc        >  1:298094/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                       ggCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaacaaa      >  2:272929‑M2/1‑6 (MQ=255)
                                                                                                                                           aaTTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTa  >  2:212985/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                           
TGGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTA  >  CP000730/909600‑909879

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.