Predicted mutation
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JC	CP000730	1,909,272	Δ48 bp	28.0%	coding (79‑126/303 nt)	USA300HOU_1771 →	hypothetical membrane protein

New junction evidence
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*	?	CP000730	= 1909271	18 (0.580)	7 (0.230)	7/258	NT	28.0%	coding (78/303 nt)	USA300HOU_1771	hypothetical membrane protein
	?	CP000730	1909320 =	18 (0.580)					coding (127/303 nt)	USA300HOU_1771	hypothetical membrane protein

ATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAA  >  CP000730/1909146‑1909410                                                                                                                              |                                                                                                                                            aTTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCTAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTATTTAATATAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACt                                                                                                                               >  2:198905/1‑140 (MQ=255) aTTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTTCTTATCTAGATTAATGATTATTTTAAGCTTTTTATTTAATACAAATAACGATTTCCTAAGTGCACt                                                                                                                               >  2:198930/1‑140 (MQ=255)                 tatGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTCAGTGGACTTTTTAATTCTTtgatt                                                                                                               >  1:151661/1‑140 (MQ=255)                    gTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTATAACCTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTGTTTCTTNAATAGAAATAACATTagtggtattaacgcnattgtactaatgttggct                                                                                                            >  1:296748‑M1/1‑107 (MQ=255)                            tAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttt                                                                                                    <  1:287122‑M1/140‑42 (MQ=255)                            tAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACt                                                                                                    <  1:91423/140‑1 (MQ=255)                                   ccAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGc                                                                                             >  1:203977/1‑140 (MQ=255)                                        aggTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttc                                                                                        >  1:221500‑M1/1‑87 (MQ=255)                                        aggTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATATTTTTCTGCAgtgt                                                                                        >  2:55864/1‑140 (MQ=255)                                          ctcTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaa                                                                                      <  1:256440‑M1/139‑56 (MQ=255)                                               gCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAAc                                                                                 <  1:204315/140‑1 (MQ=255)                                                                 aaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaagcctgatgca                                                               <  2:116939‑M1/140‑79 (MQ=255)                                                                  aTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGt                                                              <  1:228706/140‑1 (MQ=255)                                                                              aTCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTg                                                  <  2:172903/140‑1 (MQ=255)                                                                               tCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaagcctgatgcagattggattagaat                                                 >  2:200163‑M1/1‑48 (MQ=255)                                                                               tCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTGTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGc                                                 >  2:221578/1‑140 (MQ=255)                                                                                    cTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATc                                            <  2:27733/140‑1 (MQ=255)                                                                                         tGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCa                                       <  2:38998/140‑1 (MQ=255)                                                                                                tttAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTCACTCAATTGTACTAATTTTATCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAAt                                >  1:161091/1‑140 (MQ=255)                                                                                                tttAAGCTTTTTCTTTAAAAAAAATAAAGTTTTCCTAAGTGGAATTTTTTATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTTCAGTTTTTTTAACTCAATTTTACATATTTTTTTTTTAATTTTTTCAGATCGTTTAATTaaaa                                >  2:124727/1‑139 (MQ=255)                                                                                                    aGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACt                            >  1:323831/1‑140 (MQ=255)                                                                                                             tttAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGa                   >  2:2182/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                 aTACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCa               <  1:132681/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                      aaTAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaagcctgatgcagattggattagaactgcgagtaaaagtttgcctaagattattcttattgttat          >  1:99741‑M1/1‑9 (MQ=255)                                                                                                                        tAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGa        >  2:194661/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                            gTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCATTTTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGGCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAg    <  2:144970/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                              tttCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATACTTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGaa  >  2:154410/1‑140 (MQ=255)                                                                                                                              |                                                                                                                                            ATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAA  >  CP000730/1909146‑1909410

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.