Predicted mutation
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JC	CP000730	1,909,272	Δ48 bp	28.0%	coding (79‑126/303 nt)	USA300HOU_1771 →	hypothetical membrane protein

New junction evidence
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*	?	CP000730	= 1909271	18 (0.580)	7 (0.230)	7/258	NT	28.0%	coding (78/303 nt)	USA300HOU_1771	hypothetical membrane protein
	?	CP000730	1909320 =	18 (0.580)					coding (127/303 nt)	USA300HOU_1771	hypothetical membrane protein

AGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACA  >  CP000730/1909185‑1909459                                                                                                                                        |                                                                                                                                            aggTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATATTTTTCTGCAgtgt                                                                                                                                         >  2:55864/1‑140 (MQ=255)        gCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAAc                                                                                                                                  <  1:204315/140‑1 (MQ=255)                           aTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGt                                                                                                               <  1:228706/140‑1 (MQ=255)                             gtaaatgataatcatccaggaggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatactataacctatctagcttaatgattattttaagctgtttcttnaatagaaataacattAGTGGTATTAACGCNATTGTACTAATGTTGGCt                                                                                                             >  1:296748‑M2/108‑140 (MQ=255)                                     taatcatccaggaggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAAtttt                                                                                                     <  1:287122‑M2/41‑1 (MQ=255)                                       aTCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTg                                                                                                   <  2:172903/140‑1 (MQ=255)                                        tCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTGTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGc                                                                                                  >  2:221578/1‑140 (MQ=255)                                             cTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATc                                                                                             <  2:27733/140‑1 (MQ=255)                                                 aggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTc                                                                                         >  1:221500‑M2/88‑140 (MQ=255)                                                  tGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCa                                                                                        <  2:38998/140‑1 (MQ=255)                                                   ctctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCaa                                                                                       <  1:256440‑M2/55‑1 (MQ=255)                                                         tttAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTCACTCAATTGTACTAATTTTATCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAAt                                                                                 >  1:161091/1‑140 (MQ=255)                                                         tttAAGCTTTTTCTTTAAAAAAAATAAAGTTTTCCTAAGTGGAATTTTTTATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTTCAGTTTTTTTAACTCAATTTTACATATTTTTTTTTTAATTTTTTCAGATCGTTTAATTaaaa                                                                                 >  2:124727/1‑139 (MQ=255)                                                             aGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACt                                                                             >  1:323831/1‑140 (MQ=255)                                                                      tttAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGa                                                                    >  2:2182/1‑140 (MQ=255)                                                                          aatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCa                                                                <  2:116939‑M2/78‑1 (MQ=255)                                                                          aTACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCa                                                                <  1:132681/140‑1 (MQ=255)                                                                                 tAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGa                                                         >  2:194661/1‑140 (MQ=255)                                                                                     gTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCATTTTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGGCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAg                                                     <  2:144970/140‑1 (MQ=255)                                                                                       tttCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATACTTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGaa                                                   >  2:154410/1‑140 (MQ=255)                                                                                        tctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAAt                                                  >  2:200163‑M2/49‑140 (MQ=255)                                                                                          tcaaaGTGTACTTTTTAACTCTTTTATTAAATTAATACTTGTCCGCAGGGTGATTAACTCAATTGTACTAATTTGGTCTATAATTTGTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTg                                                <  2:185966/137‑1 (MQ=255)                                                                                          ccTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTg                                                >  1:335279/1‑140 (MQ=255)                                                                                            tAAGTGGACTTTTTAATTATTTTAACAAGTTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCg                                              >  2:163628/1‑140 (MQ=255)                                                                                              aGTGGACTTTTTAATTCTTTTTTTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCggg                                            >  1:185316/1‑138 (MQ=255)                                                                                                                               aataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAACTGCGAGTAAAAGTTTGCCTAAGATTATTCTTATTGTTAt           >  1:99741‑M2/10‑140 (MQ=255)                                                                                                                                        aGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACa  <  1:124727/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                                        |                                                                                                                                            AGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACA  >  CP000730/1909185‑1909459

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.