| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | CP000730 | 2,014,521:1 | (GTAAA)1→2 | 26.4% | coding (677/837 nt) | USA300HOU_1865 ← | teichoic acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2014512 | 14 (0.490) | 5 (0.170) +TAAAG |
5/230 | NT | 26.4% | coding (686/837 nt) | USA300HOU_1865 | teichoic acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| ? | CP000730 | 2014513 = | 14 (0.450) | coding (685/837 nt) | USA300HOU_1865 | teichoic acid ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein | |||||
CTCGTCTGTACTATCATTTGAAACATCCTGTTGATTATCAGTTTGTGTCACTTTAGATGTTTTATTATAAATTGCGTGTGTCGTATACCTTGCTAATACGAAATTTACTGCAGCTATTAAACATAAGAATAAAATAAAGTAAAAATGATATGGAATGTTTTCCATACTTGATATACCAAATATGATAGATTGTGCTATACCATTAACAATGTAATACATTGGATTTAGCATTAGGATGTGATTGATAAATACATGATTTGGATTTGGTATGAAA > CP000730/2014379‑2014652 | ctgtactatcatttgaaacatcctgttgattatcagtttgtgtcactttagatgttttattataaattgcgtgtgtcgtataccttgctaatacgaaatttactgcagctattaaacataagaataaaataaagtaaagt < 2:52160‑M2/6‑1 (MQ=255) ttctttGAAACATCCTGTTGATCATCAGTTTGTGTCAATTTAGATGTTTTATTATAAATTGCGTGTGTCGTATACCTTGCTAATACGAAATTTACTGCAGCTATTAAACATAAGAATAAAATAAAGTAAAAATGATATgg < 1:9325/137‑1 (MQ=255) aTTTGAAACATCCTGTTGATTATCAGTTTGTGTCACTTTAGATGTTTTATTATAAATTGCGTGTGTCGTATACCTTGCTAATACGAAATTTACTGCAGCTATTAAACATAAGAATAAAATAAAGTAAAAATGATATGTaa > 1:236137/1‑140 (MQ=255) ttGAAACATCCTGTTGATTATCAGTTTGTGTCACTTTAGATGTTTTATTATAAATTGCGTGTGTCGTATACCTTGCTAATACGAAATTTACTGCAGCTATTAAACATAAGAATAAAATAAAGTAAAAATGATATGGAATg < 2:132177/140‑1 (MQ=255) atcctgttgattatcagtttgtgtcactttagatgttttattataaatcaaatcagacgtgaaccgtgctaatacgaacttaaccgcagctattaaacataagaataaaataaagTAAAGTAAAAATGATATGGAATGtt > 2:342512‑M2/116‑140 (MQ=255) aaaCATCCTGTTGATTATCAGTTTGTGTCACTTTAGATGTTTTATTATAAATGGGGTGTGTGGTATACGTTGCTAATACGAAATTTACTGCAGCTATTAAACATAAGAGTAAAATAAAGTAAAAATGATATGGAATGttt > 2:180082/1‑140 (MQ=255) aTCCTGTTGATTATCAGTTTGTGTCACTTTAGATGTTTTATTATAAATTGCGTGTGTCGTATACCTTGCTAATACGAAATTTACTGCAGCTATTAAACATAAGAATAAAATAAAGTAAAAATGATATGGAATGTTTTCCa < 2:237807/140‑1 (MQ=255) agTTGATTATCAGTTTGTGTCACTTGAGATGTTTTATTATAAATTGCGTGTGTCGTATACCTTGCTCATACGAAATTTACTGCAGCTATTAAACATAAGAATCAAATAAAGTAAAAATGATATGGAATGATTTCCATACt < 1:261289/139‑1 (MQ=255) cAGTTTGTGTCATTTTAGATGGTTTATTATAAATTGCGTGTGTCGTATACCTTGCTAATACGAAATTTACTGCAGCTATTAAACATAAGAATAAAATAAAGTAAAAATGATATGGAATGTTTTCCATACTTGATATACCa < 1:108558/140‑1 (MQ=255) cACTTTAGATGTTTTATTATAAATTGCGTGTGTCGTATACCTTGCTAGTACGAAATTTACTGCAGCTATTAAACATAAGAATAAAATAAAGTAAAAATGATATGGAATGTTTTCCATACTTGATATACCAAATATGATAg > 2:222727/1‑140 (MQ=255) gtgtgtcgtataccttgctaatacgaaatttactgcagctattaaacataagaataaaataaagTAAAGTAAAAATGATATGGAATGTTTTCCATACTTGATATACCAAATATGAAAGATGTTGCTATACCATTAACAAt > 2:74449‑M2/65‑140 (MQ=255) gtgtgtCGTATACCTTGCTAATACGAAATTTACTGCAGCTATTAAACATAAGAATAAAATAAAGTAAAAATGATATGGAATGTTTTCCATACTTGATATACCAAATATGATAGATTGTGCTATACCATTAACAATGTAAt > 2:226242/1‑140 (MQ=255) gTATACCTTGCTAATACGAAATTTACTGCAGCTATTAAACATAAGAATAAAATAAAGTAAAAATGATATGGAATGTTTTCCATACTTGATATACCAAATATGAAAGATTGTGCTATACCATTAACAATGTAATACATTgg > 1:84267/1‑140 (MQ=255) tataCCTTGCTAATACGAAATTTACTGCAGCTATTAAACATAAGAATAAAATAAAGTAAAAATGATATGGAATGTTTTCCATACTTGATATACCAAATATGATAGATTGTGCTATACCATTAACAATGTAATACATTGGa < 1:277451/140‑1 (MQ=255) cTAATACGAAATTTACTGCAGCTATTAAACATAAGAATAAAATAAAGTAAAAATGATATGGAATGTTTTCCATACTTGATATACCAAATATGATAGATTGTGCTATACCATTAACAATGTAATCCATTGGATTTAGCAtt > 1:141559/1‑140 (MQ=255) cgaaatttactgcagctattaaacataagaataaaataaagTAAAGTAAAAATGATATGGAATGTTTTCCATACTTGATATACCAAATATGATAGATTGTGCTATACCATTAACAATGTAATACATTGGATTTAGCATTa > 2:152286‑M2/42‑140 (MQ=255) gAAATTTACTGCAGCTATTAAACATAAGAATAAAATAAAGTAAAAATGATATGGAATGTTTTCCATACTTGATATACCAAATATGATAGATTGTGCTATACCATTAACAATGTAATACATTGGATTTAGCATCAGGAtgt < 1:222727/140‑1 (MQ=255) tACTGCAGCTATTAAACATAAGAATAAATGAAAGTAAAAATTATATGGGTTGTTTTCCATACTTGATATACCAAATATGATAGATTGTGCTATACCATTAACAATGTAATACATTGGATTTAGCATTAGGATGtgattga < 1:47295/140‑1 (MQ=255) ctattaaacataagaataaaataaagTAAAGTAAAAATGATATGGAATGTTTTCCATACTTGATATACCAAATATGATAGATTGTGCTATACCATTAACAATGTAATACATTGGATTTAGCATTAGGATGTGATTGATaa < 1:342512‑M2/114‑1 (MQ=255) aaaataaaGTAAAAATTATATTGAATGTTTTCCATACTTGATATACCAAATATGATAGATTGTGCTATACCATTAACAATGTAATACATTGGATTTAGCATTAGGATGTGATTGATAAATACATGATTTGGATTTGGTAt < 1:180082/140‑1 (MQ=255) aaataaaGTAAAAATGATATGGAATGTTTTCCATACTTGATATACCAAATATGATAGATTGTGCTATACCATTAACAATGTAATACATTGGATTTAGCATTAGGATGTGATTGATAAATACATGATTTGGATTTGGTATg > 2:318019/1‑140 (MQ=255) taaaGTAAAAATGATATGGAATGTTTTCCATACTTGATATACCAAATATGATAGATTGTGCTATACCATTAACAATGTAATACATTGGATTTAGCATTAGGATGTGATTGATAAATACATGATTTGGATTTGGTAGGaaa > 2:259914/1‑140 (MQ=255) | CTCGTCTGTACTATCATTTGAAACATCCTGTTGATTATCAGTTTGTGTCACTTTAGATGTTTTATTATAAATTGCGTGTGTCGTATACCTTGCTAATACGAAATTTACTGCAGCTATTAAACATAAGAATAAAATAAAGTAAAAATGATATGGAATGTTTTCCATACTTGATATACCAAATATGATAGATTGTGCTATACCATTAACAATGTAATACATTGGATTTAGCATTAGGATGTGATTGATAAATACATGATTTGGATTTGGTATGAAA > CP000730/2014379‑2014652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |