| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2085296 = | 40 (1.200) | 7 (0.240) | 6/232 | NT | 17.6% | intergenic (‑558/‑400) | mapW2/USA300HOU_1944 | cell surface protein MapW2/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | = 2128343 | 30 (1.010) | intergenic (+57/+1062) | int/USA300HOU_2011 | bacteriophage integrase/possible leukocidin subunit | |||||
AAAAAAAGTTGCAACACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCAATAATACCTCATATAAAATAAAATTTTAGGGACTTTTTAGGGACTTTAA > CP000730/2085156‑2085436 | aaaaaaaGTTGCAACACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGtttt > 2:334866/1‑141 (MQ=255) acatccgtgtattctcatttgttagaagaaaaatttaatgaagaggacaaaaaaacaactaaaattttagaaagtatgtaatttagggacccattagggactccaaacccaataaatactgttgttacaaggtttctaTGt < 1:319185‑M1/3‑1 (MQ=255) acatccgtgtattctcatttgttagaagaaaaatttaatgaagaggacaaaaaaacaactaaaattttagaaagtatgtaatttagggacccattagggactccaaacccaataaatactgttgttacaaggtttctaTGt < 2:184800‑M1/3‑1 (MQ=255) acatccgtgtattctcatttgttagaagaaaaatttaatgaagaggacaaaaaaacaactaaaattttagaaagtatgtaatttagggacccattagggactccaaacccaataaatactgttgttacaaggtatctaTGt < 1:304834‑M1/3‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttaGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATATCGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTa < 2:294783/141‑1 (MQ=255) aGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTTTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATc < 2:383446/141‑1 (MQ=255) gaggacaaaaaaaccactcaaattggataaagtatgtaatttagggacccattagggactccaaacccaataaatactgttgttacaaggtttctaTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCa < 1:293686‑M1/45‑1 (MQ=255) gaggacaaaaaaacaactaaaattttagaaagtatgtaatttagggacccattagggactccaaacccaataaatactgttgttacaaggtttctaTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCa > 2:248994‑M1/97‑141 (MQ=255) ttACTGACAATAGTGTCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGt > 1:306563/1‑141 (MQ=255) ttACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGt > 1:237940/1‑141 (MQ=255) tgcTGACCATCGTGCCAAGGTCGAATTTAAGAAAGATGATACTGATTTGAATTTAGTTAGTCATAACGTTTATCTGTCATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTa < 2:159927/139‑1 (MQ=255) tACTTACAATAGTTCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTa < 2:332647/141‑1 (MQ=255) tACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTa > 1:45104/1‑141 (MQ=255) aaaaaacaactaaaattttagaaagtatgtaatttagggacctattaggtactccaaacccaataaataatgttggtacacggtttctaTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTa > 1:393166‑M1/90‑141 (MQ=255) aaGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCat < 1:178611/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gatgatACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTttatca < 1:10525/141‑1 (MQ=255) aCTGATTTGCAGTTAGTTAGGCAGAACGTTTAGATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACGGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATAGCGAGGTTTATAACTttatcattatca < 2:224698/141‑1 (MQ=255) gATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCaata > 1:10761/1‑141 (MQ=255) aaGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGAATTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCAATAATACCt > 2:260139/1‑141 (MQ=255) agttagttAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCAATAATACCTc > 1:347455/1‑141 (MQ=255) agttagttAGTCATAACGTTTATATGTTATAGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAAGATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCAATAATACCTc > 2:189928/1‑141 (MQ=255) acttagttagTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATAACTTATCACTAAAAAAATAAACAAGAATAATATCAAGGTTTATAACTTTATAATTAACAAAAATACCTc > 2:142663/3‑141 (MQ=255) tagttagtCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGATTTATAACTTTATCATTATCAATAATACCTCata > 2:20758/1‑141 (MQ=255) cATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTAATTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCAATAATCCCGCATataaaataa > 1:111966/1‑141 (MQ=255) caaatactgttgttacaaggtttctaTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCAATAATACCTCATAtaaaataaaa > 2:231909‑M1/27‑141 (MQ=255) aaCGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCAATAATACCTCATATaaaataaaat > 1:24821/1‑141 (MQ=255) 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2:124445/1‑141 (MQ=255) aTCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCAATAATACCTCATATAAAATAAAAttttagggacttttt > 2:124464/1‑141 (MQ=255) tttGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCAATAATACCTCATATAAAATAAAATTttagggactttttagggacttt > 2:51354/1‑141 (MQ=255) ttGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCAATAATACCTCATATAAAATAAAATTTTAGGGACTTTTTAGGGACttta > 2:182920/1‑141 (MQ=255) TGTATCCGAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCAATAATACCACATATAAAATAAAATTTTAGGGACTCTTTAGAGACtttaa < 2:227057‑M1/141‑1 (MQ=255) | AAAAAAAGTTGCAACACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGAGACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCAATAATACCTCATATAAAATAAAATTTTAGGGACTTTTTAGGGACTTTAA > CP000730/2085156‑2085436 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |