New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 895785 =59 (0.910)4 (0.070) 4/226 NT 7.8% coding (806/822 nt) USA300HOU_0849 ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
?CP000730 = 909740 44 (0.780)intergenic (‑663/‑371) ear/USA300HOU_0868 Ear protein/hypothetical protein

GTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC  >  CP000730/909602‑909880
                                                                                                                                           |                                                                                                                                            
gttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAGTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTAATTGCACTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt                                                                                                                                            <  1:657211‑M2/141‑3 (MQ=255)
gttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtt                                                                                                                                            <  1:103297‑M2/141‑3 (MQ=255)
 ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTAGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtta                                                                                                                                           <  1:565644‑M2/141‑4 (MQ=255)
  tgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttat                                                                                                                                          <  2:647147‑M2/141‑5 (MQ=255)
        cAAGGGCAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctg                                                                                                                                     <  1:621441‑M2/141‑10 (MQ=255)
        cAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgc                                                                                                                                    <  1:384346‑M2/141‑11 (MQ=255)
        cAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATACATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgc                                                                                                                                    <  2:214832‑M2/141‑11 (MQ=255)
         aaGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTTAttattcctgct                                                                                                                                   <  2:428649‑M2/141‑12 (MQ=255)
                 aaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTaaataaat                                                                                                                           <  1:442269/141‑1 (MQ=255)
                  aaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATc                                                                                                                          >  1:319377/1‑141 (MQ=255)
                   aaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCa                                                                                                                         <  1:135310/141‑1 (MQ=255)
                   aaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCa                                                                                                                         >  2:707118/1‑141 (MQ=255)
                   aaaGGGCATAATCTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCa                                                                                                                         <  1:646337/141‑1 (MQ=255)
                          cATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTaa                                                                                                                   >  2:1928/1‑141 (MQ=255)
                             aaTTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATgg                                                                                                                <  1:173276/141‑1 (MQ=255)
                                       cAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCGCTTAATGTTTATGGAGAATATGGCTAATTATTACTGGTAAATAAAGCATATTGATTGTTCAggagcg                                                                                                      >  1:182332/1‑136 (MQ=255)
                                        aaaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGt                                                                                                     <  2:393324/141‑1 (MQ=255)
                                         aaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTg                                                                                                    >  1:144609/1‑141 (MQ=255)
                                         aaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTAAGTACCgcg                                                                                                    >  2:788268/1‑139 (MQ=255)
                                         aaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTGTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTg                                                                                                    >  1:698583/1‑141 (MQ=255)
                                                 gggTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCCGTAACGTGATGTGGCt                                                                                            >  1:520666/1‑141 (MQ=255)
                                                    tATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTACTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTggg                                                                                         <  2:709553/141‑1 (MQ=255)
                                                         ataataAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCtttt                                                                                    <  1:536161/141‑1 (MQ=255)
                                                             taaATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaat                                                                                <  1:461392/141‑1 (MQ=255)
                                                               aaTTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaattt                                                                              <  1:632718/141‑1 (MQ=255)
                                                                aTTATCTTGAAGATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaattta                                                                             <  1:319131/141‑1 (MQ=255)
                                                                  tATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTaaa                                                                           <  1:61399/141‑1 (MQ=255)
                                                                      ttGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAgg                                                                       <  2:178725/141‑1 (MQ=255)
                                                                           aaTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCATGACAATCCGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTAttt                                                                  <  1:773617/141‑1 (MQ=255)
                                                                           aaTTTTATAAATGCATATAGAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTAttt                                                                  <  2:201682/141‑1 (MQ=255)
                                                                            agtttATAAATGCCTACATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCAGATTAATGGGTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTGAATTTAAACAGGTATTta                                                                 <  2:155352/139‑1 (MQ=255)
                                                                            aTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGTTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTta                                                                 >  2:44001/1‑141 (MQ=255)
                                                                             ttttATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGCTGTTGATGGGCTTTTTCATTTAACCAGGCCTTtat                                                                <  2:462163/141‑1 (MQ=255)
                                                                               ttATAAAGGCATATATAACAGTGTTGTGATTGCCCTTGACGTGCCGTGATAATCTGGCTAATTAGTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTatat                                                              <  1:534870/141‑1 (MQ=255)
                                                                                 ataAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGa                                                            >  2:84163/1‑141 (MQ=255)
                                                                                        cATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAg                                                     <  1:708997/141‑1 (MQ=255)
                                                                                         atatatAACAATGTTTTTATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACTGGTATTTATATGGGATTTAgg                                                    <  2:182332/141‑1 (MQ=255)
                                                                                              taACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATga                                               <  2:769622/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                aCAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATgaga                                             <  2:225336/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                    tGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTTATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGCTGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCt                                         <  2:292797/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                      ttttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCGTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATCTTTAGGAATGAGATGCTAt                                       >  1:417391/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      ttttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTAt                                       >  1:633767/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                       tttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggc                                      <  1:641682‑M2/141‑105 (MQ=255)
                                                                                                       tttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGATTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTAtt                                      >  2:128112/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                        ttGATTGCCTTGGAAATTTCTTGATAATCTGGCTAATTATTCATGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATATTGCTGGGCATTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGAGATTTAGGAATGAGATGCTAtca                                     >  2:288419/1‑139 (MQ=255)
                                                                                                        ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggca                                     <  1:700907‑M2/141‑106 (MQ=255)
                                                                                                        ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                                     >  2:602769/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                         tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaagggggtatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcag                                    <  1:466558‑M2/141‑107 (MQ=255)
                                                                                                          gATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACg                                   >  2:697636/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                            ttGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGATTGAGATGCTATTACggt                                 >  1:196039/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                               cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatg                              >  2:400446‑M2/1‑29 (MQ=255)
                                                                                                               cccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaa                              >  1:682471/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                ccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaaa                             <  2:144609/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                 cTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAg                            <  2:648250/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                 cTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAg                            <  2:648184/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  ttGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGt                           <  2:626807/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  ttGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGt                           <  1:707118/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         tCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGCATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATcc                    >  2:726869/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                               ataagcctgCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatg              <  2:292013/133‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               aTAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAATTAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTatata              <  2:522166/141‑2 (MQ=255)
                                                                                                                               aTAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatg              <  1:1928/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 aaTCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgca            >  1:643037/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                           attattCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGTTATTTAGGGATGAGTTGCTATTACGGATGAAGTAAAATCGTTTATGCATGCGTGTTat  >  2:218943/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                            
GTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC  >  CP000730/909602‑909880

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.