New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 895785 =62 (0.680)27 (0.340) 15/226 NT 32.6% coding (806/822 nt) USA300HOU_0849 ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
?CP000730 = 909740 58 (0.730)intergenic (‑663/‑371) ear/USA300HOU_0868 Ear protein/hypothetical protein

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GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC  >  CP000730/909601‑909880
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ggTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCGGGCTAAt                                                                                                                                             <  2:15293‑M2/141‑2 (MQ=255)
ggTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTCTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAt                                                                                                                                             >  2:1057843‑M2/1‑140 (MQ=255)
ggTTGTTATCAAGGCCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCACGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTGTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGCTAATCTGGCTAAt                                                                                                                                             <  2:367719‑M2/141‑2 (MQ=255)
  ttgttTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAACTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAtta                                                                                                                                           <  1:1042500‑M2/141‑4 (MQ=255)
     ttttCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattc                                                                                                                                        <  2:535290‑M2/141‑7 (MQ=255)
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           aGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCCAAttattcctgcta                                                                                                                                  >  1:721788‑M2/1‑129 (MQ=255)
           aGGGAAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgcta                                                                                                                                  >  2:88505‑M2/1‑129 (MQ=255)
              gCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaat                                                                                                                               >  2:40219‑M2/1‑126 (MQ=255)
               aaaaaaaagGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaata                                                                                                                              >  1:987607‑M2/2‑125 (MQ=255)
               aaaaaaaagGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaata                                                                                                                              <  2:131152‑M2/140‑17 (MQ=255)
                 aaaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAACATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCtaaataaa                                                                                                                            >  1:979680/1‑141 (MQ=255)
                 aaaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCtaaataaa                                                                                                                            >  1:28502/1‑141 (MQ=255)
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                      aGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaa                                                                                                                       <  2:12238‑M2/141‑24 (MQ=255)
                      aGGGCATAAATTTGAAGCAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAAGTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCACTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCata                                                                                                                       <  1:107371/141‑1 (MQ=255)
                       gggCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAACTAAATCatat                                                                                                                      >  2:910576/1‑141 (MQ=255)
                       gggCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCatat                                                                                                                      >  1:773345/1‑141 (MQ=255)
                       gggCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCatat                                                                                                                      >  1:773395/1‑141 (MQ=255)
                           aTAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCGTGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaa                                                                                                                  <  1:256899‑M2/141‑29 (MQ=255)
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                                     agcAAAGGGCAAGGGTATGAATTATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATAGAAGAATGTTTTGAGTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTaa                                                                                                        <  2:58503/139‑1 (MQ=255)
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                                                                           aaTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTAttt                                                                  >  2:330691/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                      tgtagacataACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATAttt                                                       <  1:333223/134‑1 (MQ=255)
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                                                                                            tataACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAAt                                                 <  2:409305/141‑1 (MQ=255)
                                                                                             ataACAAGGTGTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAAGCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTTAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATg                                                <  1:37397/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                aaaatgTTTTGACTGCCCTTGAACTTCCGTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaa                                             >  2:247870‑M2/3‑44 (MQ=255)
                                                                                                aCAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATCTTTAGGACTgcgt                                             >  1:763789/1‑138 (MQ=255)
                                                                                                  aaTGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaa                                           >  1:267032‑M2/1‑42 (MQ=255)
                                                                                                     tttttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTa                                        <  2:589878/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                        ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATACTCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                                     <  1:375711/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                        ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGGATGAGATGCTATTa                                     >  1:420400/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                        ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTCCGGAGCTGGCGAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa                                     >  1:535677/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                         tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTAc                                    >  2:566195/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                         tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGAGAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGATGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTAc                                    >  2:791321/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                             tGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGAt                                <  1:177722/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                              gtccttGAACTCCCCTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaattacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatat                               >  2:379795‑M2/3‑30 (MQ=255)
                                                                                                              gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatat                               >  2:385106‑M2/1‑30 (MQ=255)
                                                                                                              gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCAAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatat                               >  1:230556‑M2/1‑30 (MQ=255)
                                                                                                                ccTTTAACTGTCTGGATAATCTGGCCACttagtcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaccgattaaggggttattcttgtggtattgaaaagaaaaaagggcaccaaaggggcagtatatgc                             >  2:337282‑M2/1‑28 (MQ=255)
                                                                                                                ccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaaa                             >  2:1028353/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                 cTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAg                            <  2:883167/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                   tGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaa                          <  1:782082‑M2/141‑117 (MQ=255)
                                                                                                                        ttCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGTCTCAGTAACATGATTTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGGTATTTAGGTATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATc                     >  1:151208/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                        ttCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGCTGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATGTTTAGGGATGAGATGCTATTACGGCTAAAGTAAAATc                     >  1:151603/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                            agatccaagcgtgcaagtattcctgctaaataataccaaataaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaat                 >  2:866281‑M2/15‑16 (MQ=255)
                                                                                                                             tGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattatataaacataacctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattattgaatt                <  1:757611‑M2/141‑127 (MQ=255)
                                                                                                                             tGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaatagaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaatt                <  1:758207‑M2/141‑127 (MQ=255)
                                                                                                                             tGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttattttttttgttttttaaataaaaaagggcaaaaaaggggcggtatatgtaaattatcgaatt                <  2:819598‑M2/141‑127 (MQ=255)
                                                                                                                             tGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaatt                <  2:483025‑M2/141‑127 (MQ=255)
                                                                                                                             tGATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaatt                <  2:819493‑M2/141‑127 (MQ=255)
                                                                                                                              gATAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggccccaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattt               <  2:76502‑M2/141‑128 (MQ=255)
                                                                                                                              gATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGATATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTatat               >  2:174048/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                tAATCTGGCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggaattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaatttta             <  1:108960‑M2/141‑130 (MQ=255)
                                                                                                                                    cTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAACTCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgcatgg         >  2:1060960/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                    cTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgcatgc         <  1:953431/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      ggCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGt       >  1:280512/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                      ggCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGt       <  2:163317/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                         tAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCt    <  1:350628/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                         tAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTAAAACATGTATTCAAATCACATGGAGTAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCt    <  1:258936/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                           attattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaacaaaaaaat  >  1:1048767‑M2/1‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                           attattCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGGTGGTCTTTTTAATTTAAACAGGTCTTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCAAGGGTGcgtc  >  2:98212/1‑138 (MQ=255)
                                                                                                                                           attattCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAc  >  2:430875/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                           attattCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAc  <  1:1014441/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                            
GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC  >  CP000730/909601‑909880

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.