| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP000730 | 1131177 = | 111 (1.080) | 4 (0.040) | 3/242 | NT | 3.7% | intergenic (+141/‑1087) | USA300HOU_1058/USA300HOU_1059 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 1131203 = | 103 (1.070) | intergenic (+167/‑1061) | USA300HOU_1058/USA300HOU_1059 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
AAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTA > CP000730/1131037‑1131316 | aaaaCATCGAGGCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTgg < 2:213652/141‑1 (MQ=255)aaaaCATAGATTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAAGCATTAACTAGCATCTGACTCGAGGTTTTTATTTATTCGGGATTGGTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTgg < 1:54024/141‑1 (MQ=255) aaccATCGAGTCAGAAATTGGTGGTTATTGTATCCACTATCTTGCATTTGTCTCGATGTTTTTATTTATTCGGGTTTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGt < 1:300763/138‑1 (MQ=255) aaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGt > 1:736540/1‑141 (MQ=255) aaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGt < 1:1003752/141‑1 (MQ=255) aaaCATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGt < 1:300758/141‑1 (MQ=255) taggtggtaggtactaccaaccattagcacaaacgttccatatgcctactcattttaaaggcattgatttgacttcatctcgttttatcaaatggttaaatgatatgaatatcattccaggctattatggcgtaaataGta > 2:76343‑M1/139‑141 (MQ=255) taggtggtaggtactaccaaccattagcacaaacgttccaaatgcctactcattttaaaggcattgatttgacttcatctcgttttatcaaatggttaaatgatatgaatatcattccaggctattatggcgtaaataGta < 1:929696‑M1/3‑1 (MQ=255) taggtggtaggtactaccaaccattagcacaaacgttccaaatgcctactcattttaaaggcattgatttgacttcatctcgttttatcaaatggttaaatgatatgaatatcattccaggctattatggcgtaaataGta > 2:439785‑M1/139‑141 (MQ=255) aggtggtaggtactaccaaccattagcacaaacgttccaaatgcctactcattttaaaggcattgatttgacttcatctcgttttatcaaatggttaaatgatatgaatatcattccaggctattatggcgtaaataGtat > 1:956486‑M1/138‑141 (MQ=255) ggtggtaggtactaccaaccattagcacaaacgttccaaatgcctactcattttaaaggcattgatttgacttcatctcgttttatcaaatggttaaatgatatgaatatcattccaggctattatggcgtaaataGtata < 1:359820‑M1/5‑1 (MQ=255) cATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGtata > 1:162312/1‑141 (MQ=255) aaTCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGtata < 2:892129/140‑1 (MQ=255) cGAGACAGAAAAAGGTGGTTATTGCAACCACTAACTAGCACGTGACTCAAAGTTTTTATTTATTCGGGACTGATTGTTTGAATTGTTGTGCTAGATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTCTaaag > 2:157007/1‑140 (MQ=255) gtaggtactaccaaccattagcacaaacgttccaaatgcctactcattttaaaggcattgatttgacttcatctcgttttatcaaatggttaaatgatatgaatatcattccaggctattatggcgtaaataGTATAAAtc > 1:603601‑M1/133‑141 (MQ=255) 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cTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTGAAAAt > 2:636309/1‑141 (MQ=255) tCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAg > 1:97284/1‑141 (MQ=255) tCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACGATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAg < 1:308090/141‑1 (MQ=255) aaTCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGTAgg < 2:148606/141‑1 (MQ=255) aaTCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGTAgg > 2:185995/1‑141 (MQ=255) cGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGAC‑TTTGAAATGAGAAGGCaa > 2:624121/1‑140 (MQ=255) ctattatggcgtaaataGTATAAATCTGATGAAT‑‑‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGTAGGCAtt < 1:195532‑M1/124‑1 (MQ=255) tgtgtgCACCTTTTTGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGACGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATAAGTAGGCAtgt > 2:40176/1‑139 (MQ=255) tgtgCACCTTTTTGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTC‑AACCAAAGCCGTTTAAAATGAGTAGGCATTTgg < 2:548636/141‑1 (MQ=255) tgtgCACCTTTTTGGTATAAATC‑‑AATCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGTAGGCATTTgg < 1:782198/141‑1 (MQ=255) gtgCTCCTTTTTGGTAAAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATATTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGTAGGCATTTGGa < 1:717002/141‑1 (MQ=255) gtgCACCTTTTTGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGTAGGCATTTGGa < 2:678188/141‑1 (MQ=255) gtgCACCTTTTTGGTAGAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATGTACGCCATAAGAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGTAGGCATTTGGa < 1:1056475/141‑1 (MQ=255) tgCACCTTTTTGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATATTAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGTAGGCATTTGGaa > 1:337062/1‑141 (MQ=255) tgCACCTTTTTGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGTAGGCATTTGGaa > 2:1121037/1‑141 (MQ=255) gCACCTTTTTGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAAc < 2:1020610/141‑1 (MQ=255) aCCTTTTTGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGAAGGCATTTGGAACgg > 1:419604/1‑140 (MQ=255) tGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCt < 2:304082/141‑1 (MQ=255) ggTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGTAGGCTTTTGGAACGTTTGTGCTa > 1:726753/1‑141 (MQ=255) ggTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGCGCTa > 2:1164994/1‑141 (MQ=255) | AAAACATCGAGTCAGAAAAAGGTGGTTATTGAAACCACTAACTAGCATCTGACTCGATGTTTTTATTTATTCGGGATTGTTTGTTTGAATTGTTGTGCTAAATCTGGTCGATCTGTCACAATCGTGTGTGCACCTTTTTGGTATAAATC‑‑ATTCATCA‑‑GATTTATACTATTTACGCCATAATAGCCTGGAATGATATTCATATCATTTAACCATTTGATAAAACGAGATGAAGTCAAATCAATGCC‑TTTAAAATGAGTAGGCATTTGGAACGTTTGTGCTA > CP000730/1131037‑1131316 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |