| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | CP000730 | 2,501,188 | Δ3,014 bp | 100% | USA300HOU_2364 | USA300HOU_2364 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | CP000730 | 2501188 | 2504201 | 3014 | 54 [1] | [1] 54 | USA300HOU_2364 | USA300HOU_2364 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2501187 | 1 (0.020) | 45 (1.100) | 37/230 | NT | 97.9% | intergenic (+1198/‑290) | USA300HOU_2363/USA300HOU_2364 | hypothetical protein/AraC transcriptional regulator |
| ? | CP000730 | 2504202 = | 1 (0.020) | intergenic (+620/‑138) | USA300HOU_2364/USA300HOU_2365 | AraC transcriptional regulator/hypothetical protein | |||||
CGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTGAAATACATAGGTTTGAAATCTATATTAATTATGCACCAAATAATTTAATTAGACTCTATCGAAAATTTCCAAATTTTGCTTACTATCTTTCTAATTTTACTTTTATATTGTTCGCAATGCATAAAAACAAGCGTTTT > CP000730/2501049‑2501325 | cGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTAAATAAAAATAAAAGATTTTATAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTa > 2:114058‑M1/1‑139 (MQ=255) aaTTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacaca < 1:263109‑M1/140‑8 (MQ=255) aTTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacac < 1:245348‑M1/140‑9 (MQ=255) aTTTAAGTCATGGGCACATTTAATGTTTTTTGATTCGAACTTGCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGCTTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTACGTATTGTTTTTTagatacac < 1:387269‑M1/140‑9 (MQ=255) 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2:352346‑M1/1‑117 (MQ=255) aCATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTAAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaa > 1:185378‑M1/1‑117 (MQ=255) tAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtga > 1:256815‑M1/1‑112 (MQ=255) aTGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgatt < 2:422495‑M1/140‑31 (MQ=255) tttGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtg < 1:461645‑M1/140‑37 (MQ=255) ttGATTCAAATTAAACTTTTGGTTAATTTGCTTTTTTTAAAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGGTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtgt < 2:414004‑M1/140‑38 (MQ=255) 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2:35639‑M1/140‑84 (MQ=255) atatCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtgtgtctttttaaattaattttatgtaatataaatactgcatttgcaaactgtt > 2:301932‑M1/1‑52 (MQ=255) atatCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtgtgtctttttaaattaattttatgtaatataaatactgcatttgcaaactgtt < 2:89170‑M1/140‑89 (MQ=255) atatCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattaaggtgtgtctttttaaattaattttatataatataaatactgcatttgcaaactgtt > 1:236093‑M1/1‑52 (MQ=255) atCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtgtgtctttttaaattaattttatgtaatataaatactgcatttgcaaactgttgc < 2:548672‑M1/140‑91 (MQ=255) tcataAAAGATTAGCATGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtgtgtctttttaaattaattttatgtaatataaatactgcatttgcaaactgttgcac < 2:169495‑M1/138‑93 (MQ=255) 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1:370684‑M1/140‑105 (MQ=255) aaGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtgtgtctttttaaattaattttatgtaatataaatactgcatttgcaaactgttgcccttttaggtataacag < 1:526917‑M1/140‑108 (MQ=255) ttagttCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcaactttaacgtgattagggtttgtctttttaaattaattttatgtaatataaatactgcatttgcaaaatggtgcacttttaggtataacagaat > 2:311730‑M1/1‑30 (MQ=255) tCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTagacacactttattcacatttaacgtgattagggtgtgtctttttaaattaattttatgtaatataaatactgcatttgcaaactgttgcacttttaggtataacagaattaact < 1:167171‑M1/140‑116 (MQ=255) tCAAAATGGCTATGTATTGTCTCTTaaacacactttattcacatttaacatgattagggtgtgtctttttaaattaattttatgtaatataaatactgcatttgcaaactgttgcacttttaggtataacagaattaact < 1:40410‑M1/140‑116 (MQ=255) atatgGCTATGTATTTTTTTTTagacacactttattctcatttcaccttattagtgtttgtctttttaaattaattttatgtaatataaatactgcatttgcaaactgttgcacttttaggtataacagaattaactaca < 1:452001‑M1/138‑119 (MQ=255) 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1:39071‑M1/1‑2 (MQ=255) | CGATAAAATTTAAGTCATGGGTACATTTAATGTTTTTTGATTCAAACTTCCATTTTGGTCAATTTGCTTTTTTTATAACATAGTTGAATATCAATAAAAGATTAGCAAGTTAGTTCAAAATGGCTATGTATTGTTTTTTGAAATACATAGGTTTGAAATCTATATTAATTATGCACCAAATAATTTAATTAGACTCTATCGAAAATTTCCAAATTTTGCTTACTATCTTTCTAATTTTACTTTTATATTGTTCGCAATGCATAAAAACAAGCGTTTT > CP000730/2501049‑2501325 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |