| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | CP000730 | 2,501,188 | Δ3,014 bp | 100% | USA300HOU_2364 | USA300HOU_2364 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | CP000730 | 2501188 | 2504201 | 3014 | 54 [1] | [1] 54 | USA300HOU_2364 | USA300HOU_2364 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2501187 | 1 (0.020) | 45 (1.100) | 37/230 | NT | 97.9% | intergenic (+1198/‑290) | USA300HOU_2363/USA300HOU_2364 | hypothetical protein/AraC transcriptional regulator |
| ? | CP000730 | 2504202 = | 1 (0.020) | intergenic (+620/‑138) | USA300HOU_2364/USA300HOU_2365 | AraC transcriptional regulator/hypothetical protein | |||||
AATCGATTTATAACACAAAGTGTATATAGGAAATAACTTTTATGAATTCTAGATATAACAATGTTAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACCAT > CP000730/2504063‑2504341 | cgataaaatttaagtcatgggtacatttaatgttttttgattcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttaaataaaaataaaagattttatagttagttcaaaatggctatgtattgtttttta > 2:114058‑M2/140‑140 (MQ=255) aatttaagtcatgggtacatttaatgttttttgattcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGacaca < 1:263109‑M2/7‑1 (MQ=255) atttaagtcatgggtacatttaatgttttttgattcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGacacac < 1:245348‑M2/8‑1 (MQ=255) atttaagtcatgggcacatttaatgttttttgattcgaacttgcattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagcttagcaagttagttcaaaatggctacgtattgttttttAGatacac < 1:387269‑M2/8‑1 (MQ=255) atttaaataatgggtacatttaatgttttttgagtcaaacttccattgtggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaagaaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGacacac < 2:98768‑M2/8‑1 (MQ=255) ttaagtcatgggtacatttaatgttttttgattcaaatttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACtt < 1:220747‑M2/10‑1 (MQ=255) gtcatcgttacatttaatgttttttgattcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTAtt < 1:247692‑M2/14‑1 (MQ=255) atgggtatatttaattttttttgattcaaacttccactttggtgaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaatagtagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTcac < 1:264191‑M2/17‑1 (MQ=255) acatttaatgttttttgattcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaatatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTaa > 2:352346‑M2/118‑140 (MQ=255) acatttaatgttttttgattcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttaaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTaa > 1:185378‑M2/118‑140 (MQ=255) taatgttttttgattcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGa > 1:256815‑M2/113‑140 (MQ=255) atgttttttgattcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGAtt < 2:422495‑M2/30‑1 (MQ=255) tttgattcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgtg < 1:461645‑M2/36‑1 (MQ=255) ttgattcaaattaaacttttggttaatttgctttttttaaaacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatgggtatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgtgt < 2:414004‑M2/37‑1 (MQ=255) ttgattcaaacttccattttggttaatttgctttttttataacatagttgaatatcaagaaaagattagcaagttagttcaaaattgctatttattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgtgt < 2:130191‑M2/37‑1 (MQ=255) ttcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCt > 1:57048‑M2/100‑140 (MQ=255) ttcaaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCt < 2:210694‑M2/41‑1 (MQ=255) caaacttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCttt < 1:396372‑M2/43‑1 (MQ=255) actgtcattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTa < 2:165954‑M2/46‑1 (MQ=255) cttccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTGTTTTTaa > 1:109626‑M2/94‑140 (MQ=255) ccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagtaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatt < 2:59346‑M2/50‑1 (MQ=255) ccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatt < 2:279231‑M2/50‑1 (MQ=255) ccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatt > 1:135875‑M2/91‑140 (MQ=255) ccattttggtcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatt < 2:457691‑M2/50‑1 (MQ=255) cattttggtcaatttgctttttttataacatgtttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatta < 1:412733‑M2/51‑1 (MQ=255) attttgttcaatttgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaattaa < 2:280776‑M2/52‑1 (MQ=255) tgctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatgggtatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAatat > 2:480945‑M2/76‑140 (MQ=255) ctttttttataacatagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATaa > 1:19102‑M2/74‑140 (MQ=255) catagttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaattgctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTg < 1:85107‑M2/79‑1 (MQ=255) cTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCa > 2:391610/1‑140 (MQ=255) gttgaatatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCaaa < 2:35639‑M2/83‑1 (MQ=255) atatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGtt < 2:89170‑M2/88‑1 (MQ=255) atatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGtt > 2:301932‑M2/53‑140 (MQ=255) atatcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAAGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATATAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGtt > 1:236093‑M2/53‑140 (MQ=255) atcaataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGc < 2:548672‑M2/90‑1 (MQ=255) tcataaaagattagcatgttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCAc < 2:169495‑M2/92‑1 (MQ=255) caataaaagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACATTATTCAGATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGTAAACTTTTGAAc > 2:167319‑M2/49‑140 (MQ=255) ataaaagattagctagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACtt < 1:157950‑M2/94‑1 (MQ=255) taaaagattagcaagttagttcaaaattgctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACttt < 2:352951‑M2/95‑1 (MQ=255) aagattagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAg < 1:468430‑M2/98‑1 (MQ=255) ttagcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGtat < 1:273912‑M2/102‑1 (MQ=255) agcaagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATaa < 1:370684‑M2/104‑1 (MQ=255) aagttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCCCTTTTAGGTATAACAg < 1:526917‑M2/107‑1 (MQ=255) ttagttcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCAACTTTAACGTGATTAGGGTTTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAAATGGTGCACTTTTAGGTATAACAGAAt > 2:311730‑M2/31‑140 (MQ=255) tcaaaatggctatgtattgttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACt < 1:167171‑M2/115‑1 (MQ=255) tcaaaatggctatgtattgtctcttAAACACACTTTATTCACATTTAACATGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACt < 1:40410‑M2/115‑1 (MQ=255) atatggctatgtatttttttttAGACACACTTTATTCTCATTTCACCTTATTAGTGTTTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACa < 1:452001‑M2/118‑1 (MQ=255) ctatgtattgttttttAGACACTCTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAg < 2:373114‑M2/124‑1 (MQ=255) ttgttttctTGACTCATTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGTTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTTCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATtg < 2:536506‑M2/131‑1 (MQ=255) ttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATtgatg > 1:376221‑M2/7‑140 (MQ=255) tttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAAc < 2:100932‑M2/137‑1 (MQ=255) ttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTCGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATTTAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAAcc > 1:520679‑M2/3‑140 (MQ=255) ttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAAcc > 1:39071‑M2/3‑140 (MQ=255) aGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAGATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACCAt > 1:155129/1‑140 (MQ=255) | AATCGATTTATAACACAAAGTGTATATAGGAAATAACTTTTATGAATTCTAGATATAACAATGTTAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAAGGAGATTGATGAACCAT > CP000730/2504063‑2504341 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |