New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | = 1465231 | 67 (1.060) | 3 (0.050) | 3/258 | 10.7 | 4.7% | intergenic (‑75/+125) | dfrB/thyA | dihydrofolate reductase/thymidylate synthase |
? | CP000730 | = 1465259 | 59 (0.980) | intergenic (‑103/+97) | dfrB/thyA | dihydrofolate reductase/thymidylate synthase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGTAATTGATTTTCAAAACCAATTACTCGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTAACTATGCAATGACTACACTGCTAT > CP000730/1465092‑1465367 | ggTAATTGATTTTCAAAACCAATTACTCGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAAGTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAg < 2:517788/141‑1 (MQ=255) gTAATTGATTTTCAAAACCAATTACTCGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACACTTTTTATCATAAAgt > 2:168458/1‑141 (MQ=255) tAATTGATTTTCAAAACCAATTACTCGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAgtg < 2:171403/141‑1 (MQ=255) aTTGATTTTCAAAACCAATTACTCGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCATTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGtgtg > 1:398603/1‑141 (MQ=255) tttCAAAACCAATTACTCGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGaa < 2:122080/141‑1 (MQ=255) tCAAAACCAATTACTCGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGGTAGAaat < 1:558265/141‑1 (MQ=255) tCAAAACCAATTACTCGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAaat > 1:633811/1‑141 (MQ=255) gaaaaTCAATTACTCGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAaata > 1:616992/2‑141 (MQ=255) aaaaCCAATTACTCGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTCCTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGAATGATAGAaataa > 1:318442/1‑141 (MQ=255) aaaaCCAATTACTCGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAaataa < 2:431205/141‑1 (MQ=255) cAATTACTCGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGAtt < 2:436969/141‑1 (MQ=255) ttACTCGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTg < 1:287164/141‑1 (MQ=255) tACTCGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGc > 1:360454/1‑141 (MQ=255) cGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATaa > 2:473754/1‑141 (MQ=255) gTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAAt > 1:528947/1‑141 (MQ=255) ttGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAAtt > 1:104161/1‑141 (MQ=255) ttGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAAtt < 2:461156/141‑1 (MQ=255) cAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTAt < 2:673326/141‑1 (MQ=255) aaGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATg < 1:444588/141‑1 (MQ=255) aGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGa < 2:242307/141‑1 (MQ=255) cATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGaaaa > 1:525048/1‑141 (MQ=255) gtgCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGt > 1:306890/1‑141 (MQ=255) gCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGttt > 2:418046/1‑141 (MQ=255) gCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGttt > 1:232867/1‑141 (MQ=255) aaCTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTaa < 2:229576/141‑1 (MQ=255) cTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAaca < 1:227228/141‑1 (MQ=255) tAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACgaaaaacac < 2:489911/141‑9 (MQ=255) tGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGATATAATGATTTTGCATAATTTATGTAACAGTTTAACACaaaaa > 2:139355/1‑141 (MQ=255) aTAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAATTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGt > 2:149043/1‑141 (MQ=255) tCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACtttt < 1:206364/141‑1 (MQ=255) cATAATTATCTTCCTTCTAATATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATATAACACATTTTTTATCAAAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGTATAATTTATGAAAACGTTAAAAACAAAAAAGTACttttt < 2:550668/141‑1 (MQ=255) cATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACttttt > 2:78630/1‑141 (MQ=255) tAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTGCTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTg > 1:509841/1‑141 (MQ=255) aTTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCa < 2:394359/141‑1 (MQ=255) tcctTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAGAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGaaa > 2:702883/1‑141 (MQ=255) cttcttCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACAAAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAAt < 2:662722/141‑1 (MQ=255) tcttctATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATAc < 2:103061/141‑1 (MQ=255) tctATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTat < 1:80956/141‑1 (MQ=255) cctATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTat > 2:357233/2‑141 (MQ=255) tATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTTCACTTGAAAATACTatga > 2:130814/1‑141 (MQ=255) tcatttcattTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTatgatg < 2:104161/141‑1 (MQ=255) catttcatttTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGt < 1:450068/141‑1 (MQ=255) atttcatttTTTATTACTATGTTCTCTTTACTTTAACACAATTTTTCCATTCAAGTGCCATTCCTCTAACTTTTCTATATAATATATTAATACGTTTACCACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTc < 1:66570/141‑1 (MQ=255) tcatttTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCAtt < 2:186327/141‑1 (MQ=255) catttTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCAttt > 2:569465/1‑141 (MQ=255) catttTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAACAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCAttt > 2:84994/1‑141 (MQ=255) taCTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCtat > 1:285317/1‑141 (MQ=255) aCTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTatga > 2:302475/1‑122 (MQ=255) aCTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTatga < 1:302475/122‑1 (MQ=255) ttAATTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATAATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACATAAAAATGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATTATGTCATTTTGATGTTTatat > 2:232520/2‑141 (MQ=255) ttATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTa < 1:115777/141‑1 (MQ=255) tATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAAGAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAg < 1:536537/141‑1 (MQ=255) cTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTa > 1:188133/1‑141 (MQ=255) tttaatttaaCACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTaa > 1:90679/1‑141 (MQ=255) tttaatttaaCACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTaa > 2:525665/1‑141 (MQ=255) taatttaaCACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTAACt > 2:585383/1‑141 (MQ=255) atttaaCACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTAACTAt > 1:368999/1‑141 (MQ=255) tttaaCACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTAACTATg < 1:585383/141‑1 (MQ=255) taaCACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTAACTATGCa < 2:684232/141‑1 (MQ=255) acacAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTAACTATGCAAt > 1:186994/1‑141 (MQ=255) cacaATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACG‑TTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTAACTATGCAATGa > 1:496586/1‑141 (MQ=255) aTTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTAACTATGCAATGACTa > 2:506796/1‑141 (MQ=255) ttttATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTAACTATGCAATGACTaca < 1:639509/141‑1 (MQ=255) ttttATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTAACTATGCAATGACTaca < 2:264638/141‑1 (MQ=255) tttATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTAACTATGCAATGACTacac > 1:116403/1‑141 (MQ=255) cATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTAACTATGCAATGACTACACTGCTa > 2:532801/1‑141 (MQ=255) aTAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATATATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTAACTATGCAATGACTACACTTCTAt < 1:650766/141‑1 (MQ=255) | GGTAATTGATTTTCAAAACCAATTACTCGTTGCAAGTCATGTGCAACTAGAATGGATAAAGTCATAATTATCCTCCTTCTTCTATCATTTCATTTTTTATTACTAAGTTATCTTTAATTTAACACAATTTTTATCATAAAGTGTGATAGAAATAATGATTTTGCATAATTTATGAAAACGTTTAACACAAAAAAGTACTTTTTTGCACTTGAAAATACTATGATGTCATTTTGATGTCTATATGGTTAGCTAACTATGCAATGACTACACTGCTAT > CP000730/1465092‑1465367 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |