New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP000730	2830190 =	51 (0.800)	3 (0.050)	3/250	10.5	6.3%	intergenic (+18/+173)	icaC/USA300HOU_2670	intercellular adhesion protein C/hypothetical protein
	?	CP000730	2830247 =	42 (0.720)					intergenic (+75/+116)	icaC/USA300HOU_2670	intercellular adhesion protein C/hypothetical protein
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff.
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold.

GCGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCG  >  CP000730/2830050‑2830326                                                                                                                                             |                                                                                                                                         gCGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTaaa                                                                                                                                          >  2:2969/1‑141 (MQ=255)    atatCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTGATTATTAAGCTATGTTAAAAac                                                                                                                                       >  1:465622/1‑141 (MQ=255)    atatCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTCATTATTAAGCTATGTTAAAAac                                                                                                                                       >  2:93817/1‑141 (MQ=255)    atatCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAac                                                                                                                                       >  2:457634/1‑141 (MQ=255)     tatCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAaca                                                                                                                                      <  1:574460/141‑1 (MQ=255)       tCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAcg                                                                                                                                    <  1:169149/141‑1 (MQ=255)        cACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAcgc                                                                                                                                   <  1:691059/141‑1 (MQ=255)         actactATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAcgcg                                                                                                                                  >  2:159129/1‑141 (MQ=255)                 tCATTTTAGGATTATTGATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGa                                                                                                                          <  1:38727/141‑1 (MQ=255)                 tCATTTTAGGATTATGTATAGGTGGCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGa                                                                                                                          <  2:668694/141‑1 (MQ=255)                   aTTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGGTATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGaaa                                                                                                                        >  2:250225/1‑141 (MQ=255)                   aTTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGaaa                                                                                                                        >  2:130965/1‑141 (MQ=255)                       tAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCAAAATCAg                                                                                                                    >  1:392292/1‑141 (MQ=255)                        aGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGt                                                                                                                   <  1:540985/141‑1 (MQ=255)                             tATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCCTATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGaa                                                                                                              >  1:410558/1‑141 (MQ=255)                             tATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAAACATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGaa                                                                                                              >  1:557971/1‑141 (MQ=255)                                  ataGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgac                                                                                                         <  1:378890/141‑1 (MQ=255)                                          cGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCg                                                                                                 <  1:558149/141‑1 (MQ=255)                                           ggCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGt                                                                                                >  1:303122/1‑141 (MQ=255)                                               tGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACAATAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTa                                                                                            >  1:356575/1‑141 (MQ=255)                                                  tatTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACcg                                                                                         >  1:535401/1‑141 (MQ=255)                                                    ttGCGTGATTTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACcgcg                                                                                       <  1:295612/141‑1 (MQ=255)                                                      gCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCgtg                                                                                     >  1:625981/1‑141 (MQ=255)                                                       cGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCgtgt                                                                                    <  1:299676/141‑1 (MQ=255)                                                       cGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCgtgt                                                                                    <  1:457634/141‑1 (MQ=255)                                                                 atatCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGt                                                                          >  2:436945/1‑141 (MQ=255)                                                                 atatCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGt                                                                          >  1:616546/1‑141 (MQ=255)                                                                      tttAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATAc                                                                     >  2:99551/1‑141 (MQ=255)                                                                             ttattaTTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATAtt                                                              <  2:597005/141‑1 (MQ=255)                                                                              tattatTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTc                                                             <  2:81579/141‑1 (MQ=255)                                                                              tattatTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTc                                                             >  1:490214/1‑141 (MQ=255)                                                                                ttattGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTa                                                           <  1:659806/141‑1 (MQ=255)                                                                                    tGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCgtgt                                                                                    >  1:613807/1‑112 (MQ=255)                                                                                    tGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCgtgt                                                                                    <  2:613807/112‑1 (MQ=255)                                                                                     ggAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc                                                      <  1:404228/141‑1 (MQ=255)                                                                                     ggAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc                                                      >  2:522271/1‑141 (MQ=255)                                                                                     ggAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc                                                      >  1:468979/1‑141 (MQ=255)                                                                                      gAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGca                                                     >  1:244316/1‑141 (MQ=255)                                                                                            aacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTa                                               >  1:136704/1‑141 (MQ=255)                                                                                               cATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAAc                                            >  2:109317/1‑141 (MQ=255)                                                                                               cATATAAATTGAACATTAATGCTGATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGACGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATAAATTCTAATTGCGTATTTAAAc                                            >  2:138292/1‑141 (MQ=255)                                                                                                 tataAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACtt                                          <  2:28378/141‑1 (MQ=255)                                                                                                    aaaTTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGt                                       >  1:286973/1‑141 (MQ=255)                                                                                                     aaTTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTa                                      >  1:193325/1‑141 (MQ=255)                                                                                                             aTTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCaa                              <  1:159139/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                aaTGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATgg                           >  1:575840/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                    cTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGt                       <  1:569084/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                           attattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAg                >  2:613195/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                           attattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAg                >  2:348164/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                              attaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGaaa             >  1:461972/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                         ttAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCg  <  1:611910/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                             |                                                                                                                                         GCGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCG  >  CP000730/2830050‑2830326

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.