New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 329202 = | 34 (0.990) | 4 (0.130) | 4/258 | 4.8 | 10.9% | intergenic (+70/+73) | USA300HOU_0295/USA300HOU_0296 | hypothetical membrane protein/hypothetical protein |
? | CP000730 | 329255 = | 34 (1.070) | intergenic (+123/+20) | USA300HOU_0295/USA300HOU_0296 | hypothetical membrane protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCAC > CP000730/329079‑329342 | gTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCa > 1:270989/1‑141 (MQ=255) gTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCa > 2:33272/1‑141 (MQ=255) gTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCa > 2:363672/1‑141 (MQ=255) ccACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAgtg < 2:189196/141‑1 (MQ=255) aCGACTTGGATTATTATAGCTACAATTAAACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCGTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTa > 2:352314/1‑141 (MQ=255) gATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGa > 2:87933/1‑141 (MQ=255) attatAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTg > 1:289921/1‑141 (MQ=255) attatAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTg > 1:289952/1‑141 (MQ=255) ttatAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTgg > 1:301354/1‑141 (MQ=255) tataGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGt < 2:339834/141‑1 (MQ=255) aGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGc > 1:139954/1‑141 (MQ=255) aGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGc < 2:217054/141‑1 (MQ=255) tACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCttt > 2:41293/1‑141 (MQ=255) aTTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTAt > 2:281832/1‑141 (MQ=255) tAAACGATTTTGATTAATGGTGAATGTAGAGGATGTGTCTTTGTAAATGTAGAATCGAATATCATACAAAATAATGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAt < 1:33272/141‑1 (MQ=255) tAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATAAAAAATAAAGAGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAt < 1:34653/141‑1 (MQ=255) aaCGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAtta > 2:242135/1‑141 (MQ=255) aCGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGGCCAATTTTGAAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGATCTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAttaa < 1:342847/141‑1 (MQ=255) cGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACTTTTCTTTGTAATTTTATAATAGAATACCATACAAACTAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAttaat < 1:34416/141‑1 (MQ=255) cGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGAttaat > 2:125142/1‑141 (MQ=255) gATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATgg > 1:228922/1‑141 (MQ=255) aaTGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGt < 1:167083/141‑1 (MQ=255) aTGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTa < 1:260579/141‑1 (MQ=255) gggAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAAtt > 1:141219/1‑141 (MQ=255) tAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATatgat < 1:117449/141‑1 (MQ=255) gagaACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTAAAtgatga > 1:333953/1‑141 (MQ=255) aaCATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAAc < 2:112680/141‑1 (MQ=255) cATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACtt < 1:186127/141‑1 (MQ=255) tCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGa < 2:251622/141‑1 (MQ=255) cTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGaa < 1:265141/141‑1 (MQ=255) aTTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAgaga > 1:331112/1‑141 (MQ=255) ttttATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGAt < 1:156981/141‑1 (MQ=255) ataATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGCTGGtt > 2:232346/1‑141 (MQ=255) tCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtg < 2:139954/141‑1 (MQ=255) aaaGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTTTTGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCAc > 2:64283/1‑141 (MQ=255) | GTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCAC > CP000730/329079‑329342 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |