| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 382471 = | 64 (1.010) | 4 (0.070) | 4/256 | 9.4 | 6.1% | intergenic (+4/+89) | USA300HOU_0349/ulaA | possible dehydrogenase/PTS family porter component IIC |
| ? | CP000730 | 382543 = | 65 (1.110) | intergenic (+76/+17) | USA300HOU_0349/ulaA | possible dehydrogenase/PTS family porter component IIC | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTTTTATTAGATATGAACCGCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGACGGCCTTTTAATAAAATTGTTGTCGCACCTA > CP000730/382336‑382609 | cTTTTATTAGATATGAACCGCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAaca > 2:95810/1‑141 (MQ=255) ttttATTAGATATGAACCGCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAacac < 2:269424/141‑1 (MQ=255) tattaGATATGAACCGCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTATAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGt > 2:541560/1‑141 (MQ=255) gATATGAACCGCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCAta < 1:138446/141‑1 (MQ=255) atatGAACCGCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCAtaa > 1:528531/1‑141 (MQ=255) atGAACCGCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAACACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAATCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTAAGGCTAAGTACCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCAtaagt > 2:111286/1‑141 (MQ=255) atGAACCGCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCAtaagt < 1:121720/141‑1 (MQ=255) atGAACCGCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCAtaagt > 1:123021/1‑141 (MQ=255) gAACCGCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCAtaagtaa < 2:77687/141‑1 (MQ=255) aaCCGCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCAtaagtaag > 1:669697/1‑141 (MQ=255) aCCGCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATaagtaagt < 1:151303/141‑1 (MQ=255) ccGCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTg > 1:363744/1‑141 (MQ=255) gCAATGTAAGTAACGAACTTGCAAAAACATGACATGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTATAGCAGGTGTCGGTAGTATGGCGAAGTAGCATGTAATATAATACAAAACACCCTCCAGAAGTAAGTGGc > 2:284670/1‑141 (MQ=255) gCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGc < 1:305603/141‑1 (MQ=255) gCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGc > 2:410482/1‑141 (MQ=255) gCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGc > 2:284667/1‑141 (MQ=255) aTGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCttt > 2:158484/1‑141 (MQ=255) gtaaCGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCtt < 1:159577/141‑1 (MQ=255) acgaacgTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGAt < 2:406506/141‑1 (MQ=255) acgTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATaaaa > 2:549084/1‑141 (MQ=255) acgTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATaaaa > 2:409913/1‑141 (MQ=255) acgTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATaaaa > 2:221216/1‑141 (MQ=255) ggCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAggg < 2:461925/140‑1 (MQ=255) aaaaCATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCAt > 2:654001/1‑141 (MQ=255) aaaCATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCAtt > 2:226743/1‑141 (MQ=255) aaCATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTc < 1:80847/141‑1 (MQ=255) ttACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTc < 1:394401/141‑1 (MQ=255) ttACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTc < 2:274044/141‑1 (MQ=255) aCTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCaa > 1:184297/1‑141 (MQ=255) tggGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGa < 1:107744/141‑1 (MQ=255) gggAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGAc < 1:295692/141‑1 (MQ=255) aaCCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGgt < 1:397511/141‑1 (MQ=255) gATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGttt > 1:91449/1‑141 (MQ=255) gCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTtata < 2:208707/141‑1 (MQ=255) cGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTatat > 1:29211/1‑141 (MQ=255) cacaAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTc < 1:659086/141‑1 (MQ=255) cacaAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGGCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTc > 1:410332/1‑141 (MQ=255) acaAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCt < 1:227588/141‑1 (MQ=255) agaagCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTTACGGTGTTTTATATTTCTACGtaa > 2:507806/1‑139 (MQ=255) agaagCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTa < 1:281428/141‑1 (MQ=255) gCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAacac > 2:334601/1‑141 (MQ=255) tttAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTg < 1:360364/141‑1 (MQ=255) tAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCt < 1:470644/141‑1 (MQ=255) tAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCt > 2:369202/1‑141 (MQ=255) gcagcTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGt > 1:298884/1‑141 (MQ=255) agcTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTc < 1:284667/141‑1 (MQ=255) agcTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTc > 1:481038/1‑141 (MQ=255) agcTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTc < 1:284670/141‑1 (MQ=255) agcTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTc > 2:129146/1‑141 (MQ=255) gATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGa < 2:125259/141‑1 (MQ=255) aTAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGAc < 1:7846/141‑1 (MQ=255) tATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGTGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGACGGcc > 1:477214/1‑141 (MQ=255) tGGCTCAGTATCATTTAATATAATACGAACGACTTCCCGCAAGTAATGTGCTGTCCTCTTGAGAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGACGGCCtt < 1:132388/141‑1 (MQ=255) tGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGCCGGCCtt > 2:197868/1‑141 (MQ=255) tGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGATGTTCTTTTTGACGGCCtt > 1:518365/1‑141 (MQ=255) gTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGACGGCCTTTtaataa > 2:314799/1‑141 (MQ=255) tATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGACGGCCTTTTAATaaa < 1:399532/141‑1 (MQ=255) tATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGACGGCCTTTTAATaaa < 2:45140/141‑1 (MQ=255) tCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGACGGCCTTTTAATAAAAt > 1:184350/1‑141 (MQ=255) taatataataCAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGACGGCCTTTTAATAAAAttgttg < 1:221216/141‑1 (MQ=255) tataataCAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGACGGCCTTTTAATAAAATTGTTGTCg < 1:488384/141‑1 (MQ=255) ataCAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGTTTGCCTTTTAATAAAATTGTTTTCGCTcc > 2:618143/1‑141 (MQ=255) taCAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGACGGCCTTTTAATAAAATTGTTGTCGCACCt < 1:95810/141‑1 (MQ=255) aCAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGACGGCCTTTTAATAAAATTGTTGTCGCACCTa < 2:184297/141‑1 (MQ=255) | CTTTTATTAGATATGAACCGCAATGTAAGTAACGAACGTGCAAAAACATTACTTGGTTGGGAACCGATTGCGACACAAGAAGAAGCAATTTTAGCAGCTGTCGATAGTATGGCTAAGTATCATTTAATATAATACAAAACACCGTCCATAAGTAAGTGGCTTTCCTCTTGATAAAAGGGGCATTCACTCAATATGTGACGGTGTTTTATATTTCTACGTTAACACTATTGCTGTTCTTTTTGACGGCCTTTTAATAAAATTGTTGTCGCACCTA > CP000730/382336‑382609 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |