New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | = 811180 | 87 (0.970) | 4 (0.050) | 4/252 | 14.4 | 5.0% | intergenic (+22/‑111) | nrdF/USA300HOU_0757 | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit beta/hypothetical protein |
? | CP000730 | = 811226 | 73 (0.890) | intergenic (+68/‑65) | nrdF/USA300HOU_0757 | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit beta/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
ATCATTGAGAATGCCTTAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/811030‑811180 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaagaccttcaACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACATAACCATCACC < CP000730/811226‑811087 ATCATTGAGAATGCCTTAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAA < 2:311368/141‑1 ATCATTGAGAATGCCTTAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAA < 1:947405/141‑1 ATTGAGAATGCCTTAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAG < 2:178451/141‑1 TTGAGAATGCCTTAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGA < 2:139605/141‑1 GAGAATGCCTTAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACC < 2:877934/141‑1 GAGAATGCCTTAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACC < 2:673283/141‑1 ATGCCTTAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCA < 2:772153/141‑1 TGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGG < 2:854003/141‑1 GGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGT < 2:548823/141‑1 TATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTT < 1:869534/141‑1 TATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAA < 1:774559/141‑1 AAAGACCTTCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACAT < 1:421251/141‑1 AAGACCTTCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACATA > 2:273509/1‑141 AAGACCTTCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACATA < 1:301671/141‑1 GACCTTCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACATAAC < 2:431216/141‑1 GACCTTCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACATAAC > 2:258740/1‑141 GACCTTCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACATAAC > 2:885753/1‑141 ACCTTCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACTAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTCTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACATAACC < 2:752030/141‑1 ACCTTCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACATAACC > 2:12468/1‑141 TTCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACATAACCATC > 2:178463/1‑141 TCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACATAACCATCA < 1:600034/141‑1 TCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACATAACCATCA > 2:840220/1‑141 TCAACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACATAACCATCA < 1:541336/141‑1 CAACATGNAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATATGAATGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAATTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATATATAACCATCAC < 2:724138/141‑1 AACATTTAGGAGACAAGACTAAACAAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACATAACCATCACC < 2:669756/141‑1 AACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACATAACCATCACC < 2:957240/141‑1 ATCATTGAGAATGCCTTAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/811030‑811180 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaagaccttcaACATGTAGGAGACAAGACGAAACGAATCGCTATTTCCCTTTACATGTGAAGGTCTTTTAATTTAATTGTTATTTGTTGTCAAATACAAAGTCATCATCTTGTAATGCTTCTACGTTTAATGCTAATACATAACCATCACC < CP000730/811226‑811087 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |