| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 811180 | 87 (0.970) | 4 (0.050) | 4/252 | 14.4 | 5.0% | intergenic (+22/‑111) | nrdF/USA300HOU_0757 | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit beta/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | = 811226 | 73 (0.890) | intergenic (+68/‑65) | nrdF/USA300HOU_0757 | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit beta/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGCCTTAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTATGTGTATCTAACTCATTATGAGTCTGAGTAAGAAATCAATGCTCTAAGATGTACAATGCTATTTATATTGGCAGTAGT > CP000730/811040‑811320 | aTGCCTTAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTca < 2:772153/141‑1 (MQ=255) ccTTAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACAt > 2:187116/1‑141 (MQ=255) ccTTAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACAt < 2:624495/141‑1 (MQ=255) cTTAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATg > 1:239412/1‑141 (MQ=255) tAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTa > 2:69815/1‑141 (MQ=255) aGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTaa > 1:76400/1‑141 (MQ=255) aGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTaa < 1:911593/141‑1 (MQ=255) gATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTaaa < 1:922692/141‑1 (MQ=255) gATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTaaa < 1:747114/141‑1 (MQ=255) aacaacTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGaa > 1:6170/1‑141 (MQ=255) aacaacTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGaa < 2:597546/141‑1 (MQ=255) tAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCg < 2:748717/141‑1 (MQ=255) tAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCg < 1:430075/141‑1 (MQ=255) aaaaCCATGACTTCGTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGAt < 2:730615/141‑1 (MQ=255) aCCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGAttcg < 2:271338/141‑1 (MQ=255) actattactcAGTAAAAGGTTATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGAttcgtttcgt < 1:501493/134‑1 (MQ=255) tcttctCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCtt < 1:836657/141‑1 (MQ=255) tcttctCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCtt > 2:36273/1‑141 (MQ=255) tcttctCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGAGATTCGTTTCGTCtt > 2:107779/1‑141 (MQ=255) ttctCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGt > 1:289539/1‑141 (MQ=255) gTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTa < 2:597021/141‑1 (MQ=255) tAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTAc < 2:590058/141‑1 (MQ=255) tAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTAc < 2:538783/141‑1 (MQ=255) aaaGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACAt > 2:371170/1‑141 (MQ=255) aaaGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACAt < 2:781297/141‑1 (MQ=255) ggTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTTGTTTAGTCTTGTCTCCTAAATGtt > 2:669756/1‑141 (MQ=255) ggTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGtt > 2:957240/1‑141 (MQ=255) gTGATGGTTATATATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGAATTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACATTCATATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTNCATGTTg > 2:724138/1‑141 (MQ=255) tGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGa > 1:600034/1‑141 (MQ=255) tGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGa < 2:840220/141‑1 (MQ=255) tGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGa > 1:541336/1‑141 (MQ=255) gATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGaa < 2:178463/141‑1 (MQ=255) ggTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAGAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTAGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGt > 2:752030/1‑141 (MQ=255) ggTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGt < 2:12468/141‑1 (MQ=255) gTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTc > 2:431216/1‑141 (MQ=255) gTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTc < 2:258740/141‑1 (MQ=255) gTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTc < 2:885753/141‑1 (MQ=255) tATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCtt < 2:273509/141‑1 (MQ=255) tATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCtt > 1:301671/1‑141 (MQ=255) aTGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCttt > 1:421251/1‑141 (MQ=255) gCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTAtgt > 1:97358/1‑141 (MQ=255) cATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTAtttt > 2:550583/1‑138 (MQ=255) aTTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTATgtgt < 2:685172/141‑1 (MQ=255) ttAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTATGTGTa > 2:322165/1‑141 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aCAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTATGTGTATCTAACTCATTATGAgg > 2:587901/1‑140 (MQ=255) cAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTATGTGTATCTAACTCATTATGAGTc < 1:723841/141‑1 (MQ=255) aaGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTATGTGTATCTAACTCATTATGAGTCt > 1:252311/1‑141 (MQ=255) aaGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTATGTGTATCTAACTCATTATGAGTCt > 1:655228/1‑141 (MQ=255) aGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTATGTGTATCTAACTCATTATGAGTCTg < 1:424967/141‑1 (MQ=255) tgatgaCTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTATGTGTATCTAACTCATTATGAGTCTGAGt > 1:66116/1‑141 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1:591934/1‑141 (MQ=255) ttCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTATGTGTATCTAACTCATTATGAGTCTGAGTAAGAAATCAATGCTCTAAGATGTACAATGCTATTTATATTGGCagt < 2:8495/141‑1 (MQ=255) cacaTGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTATGTGTATCTAACTCATTATGAGTCTGAGTAAGAAATCAATGCTCTAAGATGTACAATGCTATTTATATTGGCagtag < 1:308529/141‑1 (MQ=255) cacaTGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTATGTGTATCTAACTCATTATGAGTCTGAGTAAGAAATCAATGCTCTAAGATGTACAATGCTATTTATATTGGCagtag > 2:363769/1‑141 (MQ=255) acaTGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTATGTGTATCTAACTCATTATGAGTCTGAGTAAGAAATCAATGCTCTAAGATGTACAATGCTATTTATATTGGCagtagt > 2:416772/1‑141 (MQ=255) | ATGCCTTAGATACAACAACTAAAAACCATGACTTCTTCTCAGTAAAAGGTGATGGTTATGTATTAGCATTAAACGTAGAAGCATTACAAGATGATGACTTTGTATTTGACAACAAATAACAATTAAATTAAAAGACCTTCACATGTAAAGGGAAATAGCGATTCGTTTCGTCTTGTCTCCTACATGTTGAAGGTCTTTTTTTATGTGTATCTAACTCATTATGAGTCTGAGTAAGAAATCAATGCTCTAAGATGTACAATGCTATTTATATTGGCAGTAGT > CP000730/811040‑811320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |