| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 36462 | 478 (4.440) | 4 (0.040) | 3/254 | 13.1 | 0.65% | coding (90/675 nt) | tpn | IS431mec transposase |
| ? | CP000730 | 76234 = | 795 (8.150) | intergenic (+292/‑842) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 407 total aligned reads displayed.
TTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/36310‑36462‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatttcagatataAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAA > CP000730/76234‑76373 TTGGTGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAAT < 2:635290/141‑1TTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAAT < 1:1165105/141‑1 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ATAAACACTTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAG < 1:339227/141‑1 ATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAG < 2:951282/141‑1 ATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAG < 1:261485/141‑1 aAAACAATTTAACGAGGATGTTATTACTGGAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGA < 2:521016/140‑1 TAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATTTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATTTGAAATATTAAGAAAACGTGGTGTAAACATTCATCATTCAAGAGTCTACCGTTGGATTAAAGA > 2:355238/1‑141 TAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGA < 2:829855/141‑1 TAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGA > 2:1003591/1‑141 TAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGA > 1:151761/1‑141 TAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAATGATCTACCTTTGGGTTCAAGA < 1:624874/141‑1 TAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGA > 2:25559/1‑141 TAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGA > 2:245223/1‑141 TAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGCGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGA < 2:196358/141‑1 TAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTAATATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGA < 1:931321/141‑1 TAAAAAATTTAACAAGTATGTTAGCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGATCGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGA < 2:779845/141‑1 TTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/36310‑36462‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatttcagatataAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAA > CP000730/76234‑76373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |