| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 36462 | 478 (4.440) | 4 (0.040) | 3/254 | 13.1 | 0.65% | coding (90/675 nt) | tpn | IS431mec transposase |
| ? | CP000730 | 76234 = | 795 (8.150) | intergenic (+292/‑842) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 491 total aligned reads displayed.
TCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATC‑TTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAAC > CP000730/36322‑36601 | tcatcaATACGCCATTTGTAATAAGTTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCATCGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGatata < 1:589757/141‑1 (MQ=255)tcatcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGatata < 2:416699/141‑1 (MQ=255)tcatcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGatata < 1:1044532/141‑1 (MQ=255)tcatcaATACGCCATTTGGAATAAGCTTTTTTATGCTTGTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGatata < 2:171092/141‑1 (MQ=11) atcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATc > 2:588523/1‑141 (MQ=255) atcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATc < 2:483213/141‑1 (MQ=255) atcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATc < 1:1008496/141‑1 (MQ=255) tcaATACGTCATTTGTAATAATCTGTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCa < 2:818536/141‑1 (MQ=255) tcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACATCACGTTCTCTGAATATTTCAGATATATcc > 1:937025/1‑140 (MQ=11) tcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCa > 1:1189735/1‑141 (MQ=21) tcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCa < 1:22207/141‑1 (MQ=40) tcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGAGATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGCACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATCTCa > 1:454237/1‑141 (MQ=11) tcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTGGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCATGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCa < 1:240494/141‑1 (MQ=255) tcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATGTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCa < 1:1127060/141‑1 (MQ=21) caATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATccc > 2:1077409/1‑139 (MQ=255) caATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCAc < 1:1138103/141‑1 (MQ=255) caATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCAc > 1:14437/1‑141 (MQ=255) caATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCAc > 2:1028263/1‑141 (MQ=255) caATACGCCATTTGTAATAAGATTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCAc > 1:616531/1‑141 (MQ=25) cataccgcATTTGTAATAAGTTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGCTACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACGCCACTTTCCCTTAATATTGCAGATATATCACg < 2:344532/134‑1 (MQ=14) aaTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCGGATATATCACg > 1:70342/1‑141 (MQ=21) aaTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACg > 2:246579/1‑141 (MQ=21) aaTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACg > 1:946334/1‑141 (MQ=21) atccggcATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATCTAAAATGGGGGCCTATCCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATACTTCAGATATATCACGa < 2:100500/135‑1 (MQ=11) aTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGa > 2:772206/1‑141 (MQ=255) aTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGa < 1:910865/141‑1 (MQ=255) aTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGa < 1:556276/141‑1 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(MQ=39) tATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATC‑TTAGAtagt > 1:534035/1‑141 (MQ=35) aTGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATC‑TTAGAtagta > 1:1168963/1‑141 (MQ=35) cAACTTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACAATTGAATGATGAACGTTTCCACCACGATCCCTTAATATTTCAAATAGATCACGATAACTCAACGTATAAC‑TTAAATAGTAGCCAACGCCTAcc > 2:464592/1‑140 (MQ=11) gATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATC‑TTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATaa < 2:563835/141‑1 (MQ=35) aaCAAAATTTGGTCATATTCTTCAACCCAACGGTAGACCGTTTAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATC‑TTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACa < 2:1092376/140‑1 (MQ=255) ttGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATC‑TTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGt < 2:803458/141‑1 (MQ=32) tatTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATC‑TTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGt < 2:1126418/141‑1 (MQ=32) aCCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATC‑TTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTg < 1:1053821/141‑1 (MQ=32) aCCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATC‑TTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTg < 1:1156996/141‑1 (MQ=32) aaCGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATC‑TTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATATGAAAt > 1:1145550/1‑141 (MQ=17) cGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATC‑TTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACa < 2:1209978/141‑1 (MQ=32) gTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATC‑TTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACag < 1:806125/141‑1 (MQ=32) tgatgaCCTTTTAAACCCCGTTCCCTTAATATCTCAGACATATCACCATAACTCAATGTATATC‑TTAGATAGTAGAAAATCAATACAGTGCGAACATCCCTCTAGCGTTTTTGATATCTGAAATAGTTCATACATAAGACt < 2:547626/141‑1 (MQ=2) aaagTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGA‑ACATCAGAATATTTCATTATTGGGTATGCAACGGCTTCAGTGACATCATCGTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCttt < 2:1160022/138‑1 (MQ=2) tCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATC‑TTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACt > 1:487536/1‑141 (MQ=35) tatCACGATAACTCAATGTATATC‑TTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTCTATAAATTCAACTTTCCAAc > 2:268045/1‑141 (MQ=11) | TCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATACAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATC‑TTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAAC > CP000730/36322‑36601 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |