| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 836385 = | 110 (1.020) | 3 (0.030) | 3/260 | 13.3 | 2.8% | coding (776/840 nt) | USA300HOU_0783 | possible LysM family autolysin |
| ? | CP000730 | 836427 = | 104 (1.040) | coding (818/840 nt) | USA300HOU_0783 | possible LysM family autolysin | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATAACTCTGATTAAATGATACCAAAAAATCCTCTCAACCTGTTACTTAAACAGGCTAAGAGGATAGTCTTGTCTTGATATATTACTTAGTGGATGTAATTATATTTTCCTGGATTTAAAATTGTTCTTGAAGATTTAACATTAAATCCAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/836534‑836385‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaaatccagGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATGATATTTAAT > CP000730/836427‑836563 ttcACTCTGATTAAATGATACCAAAAAATCCTCTCAACCTGTTACTTAAACAGGCTAAGAGGATAGTCTTGTCTTGATATATTACTTAGTGGATGTAATTATATTTTCCTGGATTTAAAATTGTTCTTGAAGATTTAACAT < 2:384086/138‑1ATAACTCTGATTAAATGATACCAAAAAATCCTCTCAACCTGTTACTTAAACAGGCTAAGAGGATAGTCTTGTCTTTATATATTACTTAGTGGATGTAATTATATTTTCCTGGATTTAAAATTGTTCTTGAAGATTTAACAT < 1:532518/141‑1ATAACTCTGATTAAATGATACCAAAAAATCCTCTCAACCTGTTACTTAAACAGGCTAAGAGGATAGTCTTGTCTTGATATATTACTAAGTGGATGTAATTATATTTTCCTGGATTTAAAATTGTTCTTGAAGATTTAACAT < 1:803599/141‑1ATAACGCTGATTAAATGAAACCAAAAAATCCTCTCAACCTGTTACTTAAACAGGCTAAGATGATAGTCTTGTCTTGATATATTACTTAGTGGATGTAATTATATTTTCCTGGATTTAAAATTGTTCTTGAAGATTTAACAT < 2:830676/141‑1 TAACTCTGATTAAATGATACCAAAAAATCCTCTCAACCTGTTACTTAAACAGGCTAAGAGGATAGTCTTGTCTTGATATATTACTTAGTGGATGTAATTATATTTTCCTGGATTTAAAATTGTTCTTGAAGATTTAACATT > 1:838224/1‑141 ACTCTGATTAAATGATACCAAAAAATCCTCTCAACCTGTTACTTAAACAGGCTAAGAGGATAGTCTTGTCTTGATATATTACTTAGTGGATGTAATTATATTTTCCTGGATTTCTAATTGTTCTTGAAGATTTAACATTAA < 2:257029/141‑1 ACTCTGATTAAATGATACCAAAAAATCCTCTCAACCTGTTACTTAAACAGGCTAAGAGGATAGTCTTGTCTTGATATATTACTTAGTGGATGTAATTATATTTTCCTGGATTTAAAATTGTTCTTGAAGATTTAACATTAA < 1:144122/141‑1 CTGATTAAATGATACCAAAAAATCCTCTCAACCTGTTACTTAAACAGGCTAAGAGGATAGTCTTGTCTTGATATATTACTTAGTGGATGTAATTATATTTTCCTGGATTTAAAATTGTTCTTGAAGATTTAAAATTAAATC > 1:159926/1‑141 TGATTAAATGATACCAAAAAATCCTCTCAACCTGTTACTTAAACAGGCTAAGAGGATAGTCTTGTCTTGATATATTACTTAGTGGATGTAATTATATTTTCCTGGATTTAAAATTGTTCTTGAAGATTTAACATTAAATCC > 1:1045444/1‑141 GATTAAATGATACCAAAAAATCCTCTCAACCTGTTACTTAAACAGGCTAAGAGGATAGTCTTGTCTTGATATATTACTTAGTGGATGTAATTATATTTTCCTGGATTTAAAATTGTTCTTGAAGATTTAACATTAAATCCA < 1:649630/141‑1 ATTAAATGATACCAAAAAATCCTATCAACCTGTTACTTAAACAGGCTAAGAGGATAGTCTTGTCTTGATATATTACTTAGTGGATGTAATTATATTTTCCTGGATTTACACTTGTTCTTGAAGATTTAACATTAAATACAG > 1:511853/1‑141 AAAAAATCCTCTCAACCTGTTACTTAAACAGGCTAAGAGGCTAGTCTTGGCTTGATATATTCCTTAGAGGATTTAATTAGATTTTCCTGGATTTAAAATGGTTCTGGACGGTTTAAATTTAAATCTAGGAAAATATAATTA > 1:64875/1‑141 aATATTACTTATTCATTGTAATTATATTGTCCTTGAATTAAAATTGTTCTTGAAGATTTAACATTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAAC < 2:171438/140‑1 TAATTATATTTTCCTGGATTTAAAATTGTTCTTGAAGATTTAACATTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTT < 2:64875/141‑1 TAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATGATAT < 1:1040326/141‑1 TAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATGATAT < 1:985488/141‑1 AAATCGAGGAAAATATAACTACATCCACTAAGTAATTTTTCAAGAAAAGGCTATCCCCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGGATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATGATATT < 1:224965/141‑1 AATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATGATATTT > 1:497816/1‑141 ATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTCGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATCATATTTA > 2:238575/1‑141 ATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATGATATTTA < 2:907328/141‑1 CCAGGAAAATGTAATTACAGCCACCTAGTAATATATCAAGACAAGCCTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTGCTGTACGATTAGATTTAAATGATATTTAAT < 2:257339/141‑1 ATAACTCTGATTAAATGATACCAAAAAATCCTCTCAACCTGTTACTTAAACAGGCTAAGAGGATAGTCTTGTCTTGATATATTACTTAGTGGATGTAATTATATTTTCCTGGATTTAAAATTGTTCTTGAAGATTTAACATTAAATCCAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/836534‑836385‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaaatccagGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATGATATTTAAT > CP000730/836427‑836563 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |