| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| JC | CP000730 | 1,909,272 | Δ48 bp | coding (79‑126/303 nt) | USA300HOU_1771 → | hypothetical membrane protein |
| New junction evidence | |||||||||||
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AACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAA > CP000730/1909131‑1909410 | aaCTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGtt < 1:574355/141‑1 (MQ=255)aaCTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGtt < 2:512181/141‑1 (MQ=255) aCTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGttt > 2:187134/1‑141 (MQ=255) aCTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTa > 1:356533‑M1/1‑140 (MQ=255) 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2:483563‑M1/1‑93 (MQ=255) ccAGGAGGTCCAGCAGGTCATGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAACTAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatc > 2:399147‑M1/1‑92 (MQ=255) cAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcg > 1:263465‑M1/1‑91 (MQ=255) aggaggTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgt < 2:830054‑M1/141‑52 (MQ=255) aggTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttca > 1:689448‑M1/1‑87 (MQ=255) aggTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttca < 2:181327‑M1/141‑55 (MQ=255) 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2:45871‑M1/1‑75 (MQ=255) tctcGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcacta > 2:212989‑M1/1‑75 (MQ=255) cGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaag < 1:797302‑M1/141‑70 (MQ=255) cGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaag > 1:108888‑M1/1‑72 (MQ=255) aaaaaaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaagcctgat > 1:472190‑M1/1‑66 (MQ=255) aaaaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACGTTagtgttattaactcaattgtactatttttgtctataatttttgcagatctttcaattaaatcactaaagcctgatgc > 2:361256‑M1/1‑64 (MQ=255) 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2:118773‑M1/1‑21 (MQ=255) cTTTAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaagcctgatgcagattggattagaattgcgagtaaaagtttgccttggattattct > 2:428370‑M1/1‑19 (MQ=255) ttAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaagcctgatgcagattggattagaattgcgagtaaaagtttgccttggattattctaa > 2:742397‑M1/1‑17 (MQ=255) tAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaagcctgatgcagattggattagaattgcgagtaaaagtttgccttggattattctaat < 1:14520‑M1/141‑126 (MQ=255) aTACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaagcctgatgcagattggattagaattgcgagtaaaagtttgccttggattattctaattg > 1:733261‑M1/1‑14 (MQ=255) tACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaagcctgatgcagattggattagaattgcgagtaaaagtttgccttggattattctaattgt < 1:25912‑M1/141‑129 (MQ=255) 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1:298245‑M1/141‑136 (MQ=255) aCGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaagcctgatgcagattggattagaattgcgagtaaaagtttgccttggattattctaattgttattttag > 1:356461‑M1/1‑5 (MQ=255) cGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaagcctgatgcagattggattagaattgcgagtaaaagtttgccttggattattctaattgttattttagt > 1:744801‑M1/1‑4 (MQ=255) cGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAg > 1:641744/1‑141 (MQ=255) ttagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaagcctgatgcagattggattagaattgcgagtaaaagtttgccttggattattctaattgttattttagtac < 2:108888‑M1/141‑140 (MQ=255) | AACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAA > CP000730/1909131‑1909410 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |