| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | CP000730 | 1,909,272 | Δ48 bp | coding (79‑126/303 nt) | USA300HOU_1771 → | hypothetical membrane protein |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP000730 | = 1909271 | 6 (0.070) | 83 (1.030) | 72/276 | 0.1 | 92.2% | coding (78/303 nt) | USA300HOU_1771 | hypothetical membrane protein |
| ? | CP000730 | 1909320 = | 8 (0.100) | coding (127/303 nt) | USA300HOU_1771 | hypothetical membrane protein | |||||
CCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTAC > CP000730/1909180‑1909458 | actattgttttatgattgtttatgatacgatatgtaaatgataatcatccaggaggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgtta > 1:356533‑M2/141‑141 (MQ=255) ctattgttttatgattgtttatgatacgatatgtaaatgataatcatccaggaggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAg < 1:341827‑M2/2‑1 (MQ=255) tgttttatgattgtttatgatacgatatgtaaatgataatcatccaggaggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAGTGtt > 1:73763‑M2/136‑141 (MQ=255) ttttatgattgtttatgatacgatatgtaaatgataatcatccaggaggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAGTGttat < 1:188631‑M2/8‑1 (MQ=255) 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1:115030‑M2/22‑1 (MQ=255) atgatacgatatgtaaatgataatcatccaggaggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTAc < 1:613423‑M2/22‑1 (MQ=255) tgatacgatatgtaaatgataatcatccaggaggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACt > 2:553534‑M2/119‑141 (MQ=255) atacgatatgtaaatgataatcatccaggaggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaattaacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTaa > 2:298245‑M2/117‑141 (MQ=255) acgatatgtaaatgataatcatccaggaggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAAtt < 1:21647‑M2/27‑1 (MQ=255) cgatatgtaaatgataatcatccaggaggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAAttt < 2:351658‑M2/28‑1 (MQ=255) 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2:428370‑M2/20‑141 (MQ=255) ttaatacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTaa > 2:742397‑M2/18‑141 (MQ=255) taatacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAAt < 1:14520‑M2/125‑1 (MQ=255) ttaaTACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAAtt < 1:351685/141‑1 (MQ=255) ttaaTACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAAtt < 1:351691/141‑1 (MQ=255) atacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTg > 1:733261‑M2/15‑141 (MQ=255) 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2:35370‑M2/7‑141 (MQ=255) aacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTa < 1:298245‑M2/135‑1 (MQ=255) acgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAg > 1:356461‑M2/6‑141 (MQ=255) cgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGt > 1:744801‑M2/5‑141 (MQ=255) ttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTAc < 2:108888‑M2/139‑1 (MQ=255) | CCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTAC > CP000730/1909180‑1909458 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |