| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | CP000730 | 1,909,272 | Δ48 bp | coding (79‑126/303 nt) | USA300HOU_1771 → | hypothetical membrane protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 1909271 | 8 (0.230) | 35 (1.020) | 30/276 | 0.3 | 84.3% | coding (78/303 nt) | USA300HOU_1771 | hypothetical membrane protein |
| ? | CP000730 | 1909320 = | 5 (0.150) | coding (127/303 nt) | USA300HOU_1771 | hypothetical membrane protein | |||||
AACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAAT > CP000730/1909131‑1909411 | aaCTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGtt < 1:14388/141‑1 (MQ=255) aTGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGa > 1:28717/1‑141 (MQ=255) tGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTagtgttattaact < 1:6065‑M1/141‑14 (MQ=255) ttGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTagcgttattaactcaa > 2:140664‑M1/1‑125 (MQ=255) 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1:151200‑M1/141‑109 (MQ=255) tttttttttttttaacgttagtgttattaactcaattttactttttttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactatagttttattcagatttgattagaattgcgagtaaaagtttgccttggattattct > 2:158648‑M1/13‑19 (MQ=255) ttAATACAACTGACGTTagtgttattaactcaattgtactcattttgtatataatttttgccgatcgttcaattaaatcactaaagcctgatgcagattggattagacttgcgagtaaaagtttgccttggattattctaa < 2:78060‑M1/141‑125 (MQ=255) ttAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaagcctgatgcagattggattagaattgcgagtaaaagtttgccttggattattctaa < 1:15759‑M1/141‑125 (MQ=255) tAATACAAATAACGTTagtgttattaactcaattgtactaattttgtctataatttttgcagatcgttcaattaaatcactaaagcctgatgcagattggattagaattgcgagtaaaagtttgccttggattattctaat > 1:231717‑M1/1‑16 (MQ=255) aTACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAg < 2:285453/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |