| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | CP000730 | 1,909,272 | Δ48 bp | coding (79‑126/303 nt) | USA300HOU_1771 → | hypothetical membrane protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 1909271 | 8 (0.230) | 35 (1.020) | 30/276 | 0.3 | 84.3% | coding (78/303 nt) | USA300HOU_1771 | hypothetical membrane protein |
| ? | CP000730 | 1909320 = | 5 (0.150) | coding (127/303 nt) | USA300HOU_1771 | hypothetical membrane protein | |||||
GCATGTCTCGTTCAAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTATTTTAGTACA > CP000730/1909192‑1909459 | tgattgtttatgatacgatatgtaaatgataatcatccaggaggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAGTGTTATTAACt < 1:6065‑M2/13‑1 (MQ=255) ttgtttatgatacgatatgtaaatgataatcatccaggaggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAGCGTTATTAACTCaa > 2:140664‑M2/126‑141 (MQ=255) tgtttatgatacgatatgtaaatgataatcatccaggaggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAAt > 2:177783‑M2/125‑141 (MQ=255) tgtttatgatacgatatgtaaatgataatcatccaggaggtctagcatgtctcgttcaaaaaaatacttttacttatctagcttaatgattattttaagctttttctttaatacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAAt > 1:230478‑M2/125‑141 (MQ=255) 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2:158648‑M2/20‑141 (MQ=255) ttaatacaactgacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTCATTTTGTATATAATTTTTGCCGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGACTTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTaa < 2:78060‑M2/124‑1 (MQ=255) ttaatacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTaa < 1:15759‑M2/124‑1 (MQ=255) taatacaaataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAAt > 1:231717‑M2/17‑141 (MQ=255) caaataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTa < 2:230689‑M2/130‑1 (MQ=255) aataacgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAATCACTAAAGCCTGATGCAGATTGGATTAGAATTGCGAGTAAAAGTTTGCCTTGGATTATTCTAATTGTTAtt > 2:154520‑M2/10‑141 (MQ=255) acgttAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTATAATTTTTGCAGATCGTTCAATTAAAt > 2:175606‑M2/6‑66 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |