| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2306141 = | 204 (1.190) | 7 (0.050) | 4/262 | 13.1 | 3.6% | coding (94/108 nt) | USA300HOU_2165 | hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 2306185 = | 195 (1.280) | coding (50/108 nt) | USA300HOU_2165 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACTACCAATTATTTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/2306305‑2306141‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑catgaatgatttttttaATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTTCTAATCAAGAAAATC > CP000730/2306185‑2306332 aatcagAATTAGCTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAACTTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATAATTCATGAAGCCCTCACC > 2:1304415/7‑149ACTACCAATTATTTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACC > 1:1480976/1‑149ACTACCAATTATTTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGGTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACC > 1:395217/1‑149 TACCCATTATTTCTTTTCTGGCACATCTTTTTGTATAAATATATGTGAAAAAGGATACCCGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGACGCCCTCACCAT < 2:1296664/149‑1 TACCAATTATTTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGACGCCCTCACCAT < 2:1010645/149‑1 TACCAATTATTTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCAT < 1:587177/149‑1 CAATTATTTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCCTGAA > 1:156893/1‑149 CAATTATTTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAA > 2:1408380/1‑149 CAATTATTTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAA > 2:942071/1‑149 CAATTATTTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTCGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAA > 1:153283/1‑149 AATTATTTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAAT > 2:1384203/1‑149 AATAATTTCTTTGATGGCACATCATTTGTTATAAATATATGAGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGATGACCTTTTGTATTTGTATATACTGGGAGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAct > 2:1654064/1‑147 TATTTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGAT < 1:184636/149‑1 TTTCTTTGATGGCAGATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTGTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTT < 1:350560/149‑1 TTTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTT < 1:971709/149‑1 TTTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTT < 1:971740/149‑1 TTTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTATTGTATTTGCTCATGACGTGTAGTTAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTT > 1:748989/1‑149 TTTCTTTGATGGCACATCTGGTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTT > 2:202938/1‑149 TTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGACCTCACCATGAATGATTTT > 2:390304/1‑149 TCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCCCCATGAATGATTTTT > 2:997320/1‑149 TCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTT > 2:147009/1‑149 TCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCCGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTT > 2:1001386/1‑149 TCTTTGATGGCAAATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTT < 2:1109674/149‑1 tTTTGATGGCACGTCGTTTGTTCAAAATATATGTGAAAAAGGACGACTGTTAAAGTTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCGTGAATGATTTTTT < 2:464989/148‑1 cgTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAGTATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGGCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTT < 2:349060/147‑1 CTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGCTCAAACCATTGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTT < 1:1249633/149‑1 TTTGATGTCACTTCTTTTGTTATAAGTGTATGTGAAAAATGACAACTGTTAATATTATGGGAACAGTTGTCTTTTTGTATTTGTTTATGCTGTGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTT < 2:478298/149‑1 TTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACATTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATTATTTTTTT < 2:108161/149‑1 TTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGTCCTCACCATGAATGAGTTTTTT < 2:1170309/149‑1 TTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTT < 2:586235/149‑1 TTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTc > 2:424816/1‑148 GGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAA > 1:1089330/1‑149 GGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAA > 1:589806/1‑149 GGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGAAAAGCGAAATCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTAAAACAAA > 1:48876/1‑149 CAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCA > 2:1377932/1‑149 AAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAG > 2:231553/1‑149 ATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAAGAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATT > 1:1616874/1‑149 ATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATT > 1:1568932/1‑149 CATGAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGT < 1:1377932/149‑1 ATGAATGATTTTTTTAATAGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATTATTGGTAGTGTAATGATTGTT > 1:1246965/1‑149 TGAATGTTTGTTTTAATTGATGCAACACCCAGCATAAACAAACACAAAAGGACAACTGTTCCCATAAGATTAACAGTTGTCCTTTGTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCTTCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTTC < 2:70018/149‑1 GAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATACACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTTCT > 2:290967/1‑149 GAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGCTTGTTCT > 1:587690/1‑149 GAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTTCT > 1:1299289/1‑149 GAATGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTTCT > 2:1393674/1‑149 aGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTTCTAAT < 2:1448737/148‑1 TGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTTCTAAT < 1:1554715/149‑1 TGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTTCTAAT < 1:439096/149‑1 TGATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTTCTAAT < 2:712419/149‑1 TGATTGTTTTAATTGATCCAACCCCGAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAAGAATTGGTAGTGTAATGATTGTTCTAAT < 2:1203007/149‑1 TGAGTTTTGTAATTGATTCAACACCCAGCATAAAAAACTACAAAAGGACAACTGTTCCCATAACTTTAACAGCTGTCCTGTTTCACATATATTTATAACAATAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTCCTAAT < 2:728702/149‑1 GATTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTTCTAATC < 1:1483318/149‑1 TTTTTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTCTAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTTCTAATCAA > 1:46192/1‑149 TTTTAATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAACTACTTGGAGGTGTACTGATTGTTCTAATCAACAA > 1:441203/1‑149 AATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTTCTAATCAAGAAAATC < 1:1434187/149‑1 AATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTTCTAATCAAGAAAATC < 2:1306170/149‑1 ACTACCAATTATTTCTTTGATGGCACATCTTTTGTTATAAATATATGTGAAAAAGGACAACTGTTAAAATTATGGGAACAGTTGTCCTTTTGTATTTGTTTATGCTGGGTGTTGAATCAATTAAAAAAATCATTCATGAAGCCCTCACCATGAATGATTTTTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/2306305‑2306141‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑catgaatgatttttttaATTGATTCAACACCCAGCATAAACAAATACAAAAGGACAACTGTTCCCATAATTTTAACAGTTGTCCTTTTTCACATATATTTATAACAAAAGATGTGCCATCAAAGAAATAATTGGTAGTGTAATGATTGTTCTAATCAAGAAAATC > CP000730/2306185‑2306332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |