| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 68659 = | 160 (0.930) | 8 (0.050) | 8/260 | 10.6 | 5.5% | coding (775/852 nt) | USA300HOU_0065 | transposase |
| ? | CP000730 | = 68655 | 133 (0.880) | coding (771/852 nt) | USA300HOU_0065 | transposase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
TATGTCCCGAAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGAACATGGTGTTTTTATTAAGTTCCCGTTTTAAGGGTTCAGTGCCCTAGGATTATAGGCTCTTTTGTTTA > CP000730/68511‑68805 | aTGTCCCGAAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataa > 1:1663594/1‑149 (MQ=255) cccGGAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATAAATAATGGGCTTAATCACTCTAATAACATTGTAATAGATATTTTAGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataaa > 2:214522/1‑148 (MQ=14) cccGCAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGGAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaaaaataat > 2:294804/1‑149 (MQ=255) cccGAAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataat > 1:877189/1‑149 (MQ=255) cccGAAAGGGAACACCTGCCGATAACGACCAGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataaa > 2:1659446/1‑148 (MQ=255) cGAAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaatcataataa > 1:1634284/1‑149 (MQ=255) ggAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTCATAGTGATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataataataataa > 1:1327404/1‑149 (MQ=255) ggAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataataataataa > 1:30760/1‑149 (MQ=255) gagcacCGGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataataataataat > 2:1267033/4‑149 (MQ=255) gAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataataataataat > 1:1523730/1‑149 (MQ=255) gAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATAACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataataataataca > 1:734442/1‑147 (MQ=255) acacCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataataataataataa < 1:1323204/149‑1 (MQ=255) ccGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATCATAAAAATAATCGAAtt > 1:39977/1‑149 (MQ=255) ccGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGATTACTCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAAAAATAATAATCGAAtt > 1:1351392/1‑149 (MQ=255) cGATAACGCACCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTc < 1:368961/149‑1 (MQ=255) gATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCGAAAGTCTGAAACTGTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTca < 1:1201541/149‑1 (MQ=255) tAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTcaac < 1:1546256/149‑1 (MQ=255) caaCGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTCACATCACTAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATTATCGAATTcaac < 2:1043988/148‑1 (MQ=255) aaaCGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTcaac < 2:1151317/148‑1 (MQ=255) ccacGATGGATACTTTCCACCCCTCGCTATAGTCTGAAAATTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCCCTCTAATCACATTGTAATCGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACaaaaa < 1:613941/146‑1 (MQ=18) gAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAG‑ACATTCCTGGACATGAGGAATGGTACTGATAATCGAATTCAACAAAAACTGGGCTa > 1:1679868/1‑149 (MQ=14) aaaGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAAACGAATTCAACAAAAACTAGGCTAc > 2:1331681/1‑149 (MQ=255) aaaGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAAC‑‑‑AATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTa < 2:798621/149‑1 (MQ=255) aaGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑TAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTCCt > 1:656830/1‑149 (MQ=255) aGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTCA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACtt > 2:855331/1‑149 (MQ=255) aGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCAAATACAACAAAAACTAgacaaatt > 2:140400/1‑142 (MQ=255) ttCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACCTATc < 1:271773/149‑1 (MQ=255) tgccATTCCTCGCTAACGTCTCAAACTTTTTACATCAATAATGCGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCTAAAAGTACATTAA‑CAACAATAATAATTATAATAATAATCGTATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATc < 1:289077/147‑1 (MQ=21) tCCTCGCTAAAGTCCGAAACTTTTTACAACAATAAGCAGCTTCACCCCCTTAACAACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATAAA‑CAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGt < 1:248649/149‑1 (MQ=21) ccTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTa < 1:1453662/149‑1 (MQ=255) tCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTaaa < 2:670783/149‑1 (MQ=255) aGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACaga < 1:626124/149‑1 (MQ=255) atccgAATCTCTTAACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAATACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACagag < 2:1373452/145‑1 (MQ=21) cTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGaa > 1:1585204/1‑149 (MQ=255) cTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAACAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGaa < 2:563783/149‑1 (MQ=255) tGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAAt < 1:1408314/149‑1 (MQ=255) tttttACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAg > 1:678219/1‑149 (MQ=255) tttACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTAAATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGcc < 2:228779/149‑1 (MQ=255) aTCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGaa > 1:1494212/1‑149 (MQ=255) aTCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATAGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACTGAGAATTAATAGCCTAGaa > 1:1099826/1‑149 (MQ=255) cAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCGTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGaaat > 2:1166224/1‑147 (MQ=255) aatGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCTAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGAACATGgt < 1:1052950/149‑1 (MQ=255) atGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGAACATGgtg > 1:967293/1‑149 (MQ=255) 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tAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTATAACATGGTGTTTTTATTAAGTTCCCGTTTTTAGGATTCa > 1:141799/1‑149 (MQ=255) tAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATACAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGAACATGGTGTTATTATTAAGTTCCCGTTTTAAGGGTTCa > 2:865233/1‑149 (MQ=255) atatTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGAACATGGTGTTTTTATTAAGTTCCCGTTTTAAGGGTTCAGTg > 1:101091/1‑149 (MQ=255) atatTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGAACATGGTGTTTTTATTAAGTTCCCGTTTTAAGGGTTCAGTg > 1:1354470/1‑149 (MQ=255) tatTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGAACATGGTGTTTTTATTAAGTTCCCGTTTTAAGGGTTCAGTGc > 2:1376746/1‑149 (MQ=255) atTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGAACATGGTGTTTTTATTAAGTTCCCGTTTTAAGGGTTCAGTGcc < 2:49748/149‑1 (MQ=255) atTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGAACATGGTGTTTTTATTAAGTTCCCGTTTTAAGGGTTCAGTGcc < 1:583073/149‑1 (MQ=255) atTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGAACATGGTGTTTTTATTAAGTTCCCGTTTTAAGGGTTCAGTGcc < 1:98906/149‑1 (MQ=255) atTGTCGAAAAGTAAAATAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGAACATGGTGTTTTTATTAAGTTCCCGTTTTAAGGGTTCAGTGcc < 1:436872/149‑1 (MQ=255) ttGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGAACATGGTGTTTTTATTAAGTTCCCGTTTTAAGGGTTCAGTGccc < 1:223091/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |