New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | CP000730 | 68659 = | 160 (0.930) | 8 (0.050) | 8/260 | 10.6 | 5.5% | coding (775/852 nt) | USA300HOU_0065 | transposase |
? | CP000730 | = 68655 | 133 (0.880) | coding (771/852 nt) | USA300HOU_0065 | transposase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
TATGTCCCGAAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGAACATGGTGTTTTTATTAAGTTCCCGTTTTAAGGGTTCAGTGCCCTAGGATTATAGGCTCTTTTGTTTA > CP000730/68511‑68805 | aTGTCCCGAAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataa > 1:1663594/1‑149 (MQ=255) cccGGAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATAAATAATGGGCTTAATCACTCTAATAACATTGTAATAGATATTTTAGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataaa > 2:214522/1‑148 (MQ=14) cccGCAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGGAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaaaaataat > 2:294804/1‑149 (MQ=255) cccGAAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataat > 1:877189/1‑149 (MQ=255) cccGAAAGGGAACACCTGCCGATAACGACCAGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataaa > 2:1659446/1‑148 (MQ=255) cGAAAGGGAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaatcataataa > 1:1634284/1‑149 (MQ=255) ggAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTCATAGTGATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataataataataa > 1:1327404/1‑149 (MQ=255) ggAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataataataataa > 1:30760/1‑149 (MQ=255) gagcacCGGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataataataataat > 2:1267033/4‑149 (MQ=255) gAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataataataataat > 1:1523730/1‑149 (MQ=255) gAACACCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATAACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataataataataca > 1:734442/1‑147 (MQ=255) acacCTGCCGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACaataataataataataataa < 1:1323204/149‑1 (MQ=255) ccGATAACGCCCCGATAGAAAGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATCATAAAAATAATCGAAtt > 1:39977/1‑149 (MQ=255) 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aaGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑TAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTCCt > 1:656830/1‑149 (MQ=255) aGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTCA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACtt > 2:855331/1‑149 (MQ=255) aGTTTCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCAAATACAACAAAAACTAgacaaatt > 2:140400/1‑142 (MQ=255) ttCCATTCCTCGCTAAAGTCTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACCTATc < 1:271773/149‑1 (MQ=255) tgccATTCCTCGCTAACGTCTCAAACTTTTTACATCAATAATGCGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCTAAAAGTACATTAA‑CAACAATAATAATTATAATAATAATCGTATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATc < 1:289077/147‑1 (MQ=21) 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cTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGaa > 1:1585204/1‑149 (MQ=255) cTGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAACAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGaa < 2:563783/149‑1 (MQ=255) tGAAACTTTTTACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAAt < 1:1408314/149‑1 (MQ=255) tttttACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAg > 1:678219/1‑149 (MQ=255) tttACATCAATAATGAGCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTAAATTAA‑AAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAACAAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGcc < 2:228779/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |