| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 514456 | 163 (0.950) | 263 (1.570) | 6/288 | 12.6 | 61.6% | intergenic (+124/‑250) | rrs1/rrl1 | 16S ribosomal RNA/23S ribosomal RNA |
| ? | CP000730 | 514473 = | 169 (1.010) | intergenic (+141/‑233) | rrs1/rrl1 | 16S ribosomal RNA/23S ribosomal RNA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
ATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGT > CP000730/514308‑514604 | agcGGAAGGTGAGGCGGGATCACCTCCTTTCGAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATg < 2:614936/147‑1 (MQ=12) tggAAGGTGCGGCTCGTGCACCTCCTTTCGAAGGATATATTCGGAACATCTTGTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTCTTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTTATATTGCTTATGaa < 2:1083362/148‑1 (MQ=11) aaGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAAt > 2:762847/1‑149 (MQ=37) ggTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAATGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGTTGCGGAATAACGTGTCATCTTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATaa < 1:530937/149‑1 (MQ=255) ggTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTCATGAAAATaa < 2:585514/149‑1 (MQ=38) gTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGTTATATTCGGAACATCGTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGGTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATaaa < 1:687166/149‑1 (MQ=255) gTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATaaa > 1:768892/1‑149 (MQ=39) ggCTGGATCACCTCCTGTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCGCCATAAGAGGCGGAATAACGTGACAGATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATGCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAAGAAAGCAg < 2:861502/149‑1 (MQ=14) cctcctTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAgcg > 1:581507/1‑149 (MQ=255) cctcctTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAgcg > 1:1345033/1‑149 (MQ=255) ccgcctTTCGAAGGAGATTTTCGCAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTAATCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATCAAGCAGTATGCGAgcg < 2:1188424/146‑1 (MQ=14) ctTTCTAAGGATATATTCGGAAGATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGGCATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTg > 1:942941/1‑149 (MQ=255) ctTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTATTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTg < 1:1374998/149‑1 (MQ=255) tttCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGa > 1:350092/1‑149 (MQ=255) cttCTAAGGATATATTCGGAACATCTCTTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTCTTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCGTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGa < 2:1233030/148‑1 (MQ=255) tCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACt < 2:768892/149‑1 (MQ=255) tAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATAGTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTaa < 2:1264507/149‑1 (MQ=255) ggATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTaaaaa > 1:1152689/1‑149 (MQ=255) ggATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTaaaaa > 2:343775/1‑149 (MQ=255) ggATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTaaaaa > 1:1454459/1‑149 (MQ=255) ggATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTaaaaa > 1:290775/1‑149 (MQ=255) gATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAg > 1:1006782/1‑149 (MQ=255) gATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAg > 1:669912/1‑149 (MQ=255) gATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAg > 1:1541082/1‑149 (MQ=255) atatatTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGGCATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGa > 2:522003/1‑149 (MQ=255) atatatTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGa > 1:1489495/1‑149 (MQ=255) atatatTCGGAACATCTTCGTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGa < 1:87822/149‑1 (MQ=255) tatTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAAt < 1:419034/149‑1 (MQ=255) ttacGGAACTACTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAAtt < 1:298614/146‑1 (MQ=255) atTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAAtt < 1:683783/149‑1 (MQ=255) atTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTCGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAAtt < 1:1429747/149‑1 (MQ=255) ttCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGATCAACGGGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTg > 2:371297/1‑149 (MQ=255) gAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAGAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAGAAAGAATTTGTACa > 2:167346/1‑149 (MQ=255) cctcttcAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGaaa < 1:465805/147‑1 (MQ=255) ttcttcAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGaaaa < 1:1659930/149‑1 (MQ=255) ttcAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTGTTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGCAATTGTACATTGAAAACTa > 1:1098244/1‑149 (MQ=255) ttcAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAACATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAACAGAAATTGTACATTGAAAACTa < 1:943212/149‑1 (MQ=255) ttcAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTa > 2:1233465/1‑149 (MQ=255) tcAGAAGATGCGGAATAACGTCACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAg < 1:996957/149‑1 (MQ=255) tcAGAAAATGCGGAATAACGTGACATAGTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATACAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACtcg < 2:1384556/149‑3 (MQ=255) taagaagtTGCGGTATAACTGGCCATAATGCTTTCAGTTTTGAATGGTTATTTAACATTCAAAAATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGTAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAg < 2:1623352/147‑1 (MQ=21) cAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGCAAACTAGa > 2:122355/1‑149 (MQ=255) aagaTGCGGAATAACGTGACATATTGGATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGTTCTTTACTAAAAAGAAATTGTCCATTGAAAACTAGAtaa < 1:1264520/149‑1 (MQ=21) gaTGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGAtaagt < 1:600017/149‑1 (MQ=255) 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tGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAAtt < 2:959836/149‑1 (MQ=255) ttAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTCGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGGTTTTTAAATAAGCTTGAATTCAt > 1:1192540/1‑149 (MQ=255) gTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGaa < 1:1396516/149‑1 (MQ=255) atTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAaataat < 2:682767/149‑1 (MQ=255) ttGCTTATGAAAAAAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATc < 1:759391/149‑1 (MQ=255) tggCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATc < 2:1078168/147‑1 (MQ=255) tcTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGc < 1:1613355/148‑1 (MQ=255) gCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTGATAAGAAATAATCGc > 1:1076409/1‑149 (MQ=255) cTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGCGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCt > 1:857454/1‑149 (MQ=255) cTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCt > 1:233613/1‑149 (MQ=255) 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gAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATAGTAAATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAgtgt > 2:407422/1‑149 (MQ=255) | ATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCTAAGGATATATTCGGAACATCTTCTTCAGAAGATGCGGAATAACGTGACATATTGTATTCAGTTTTGAATGTTTATTTAACATTCAAATATTTTTTGGTTAAAGTGATATTGCTTATGAAAATAAAGCAGTATGCGAGCGCTTGACTAAAAAGAAATTGTACATTGAAAACTAGATAAGTAAGTAAAATATAGATTTTACCAAGCAAAACCGAGTGAATAAAGAGTTTTAAATAAGCTTGAATTCATAAGAAATAATCGCTAGTGT > CP000730/514308‑514604 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |