New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 512620 =84 (1.290)52 (1.160)
+TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA
35/180 NT 47.3% intergenic (+688/‑173) recR/rrs1 recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
?CP000730 1998278 = NA (NA)intergenic (‑6/+5) USA300HOU_t0050/rrf4 tRNA‑Val/5S ribosomal RNA

Only 100 of 162 total aligned reads displayed.

GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTA  >  CP000730/512481‑512758
                                                                                                                                           |                                                                                                                                          
tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaggataaaa                                                                                                                                           <  1:591899‑M1/2‑1 (MQ=255)
tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa                                                                                                                                           <  1:330664‑M1/2‑1 (MQ=255)
  gcacccgtacccatgctcaacacggaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgtgccgctagagtagaacgttgccagtcatttttttattcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa                                                                                                                                         >  2:144862‑M1/138‑141 (MQ=255)
  accgccgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtattcgaacttacgttccgctagagtagaactttgccaggcagttttttaatcaaagtttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa                                                                                                                                         >  2:409004‑M1/138‑141 (MQ=255)
   cGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                                        >  2:388814/1‑141 (MQ=255)
     cctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGt                                                                                                                                      >  1:391150‑M1/135‑141 (MQ=255)
       tgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatgatagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaatcataaaatgcacatgataaAAaaagcaa                                                                                                                                    <  1:438754‑M1/9‑4 (MQ=255)
          tcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatacaattttggtggaagaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTg                                                                                                                                 <  1:210555‑M1/12‑1 (MQ=255)
             aGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                              <  1:699662/141‑1 (MQ=255)
                  aCAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAGAATTACCGTGAAAAAGTTATTGACTGAAAt                                                                                                                         >  2:540062/1‑141 (MQ=255)
                  aCAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTACAAAGTTATTGACTTAGAt                                                                                                                         >  1:1300/1‑141 (MQ=255)
                  aCAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAACGTTATTGACTTAAAt                                                                                                                         >  2:756062/1‑141 (MQ=255)
                  aCAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAAt                                                                                                                         >  1:317730/1‑141 (MQ=255)
                  aCAAAGGTGTAATTTTTACAGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACACCTCAACTTACGAAATAACTTGAATTACCAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAGTGACTTAAAt                                                                                                                         >  1:432925/1‑141 (MQ=255)
                    aacacagaagttaagatccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaaaaaaaaaaaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                       >  2:661055‑M1/120‑141 (MQ=255)
                     acacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                      <  2:454670‑M1/23‑1 (MQ=255)
                       agtgtAAATTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCATGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                    <  1:463114/140‑1 (MQ=255)
                       acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGGTATTGACTTAAatgtgga                                                                                                                    <  1:65277‑M1/25‑4 (MQ=255)
                        gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                   <  1:379501/141‑1 (MQ=255)
                           aagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaa                                                                                                                <  2:285873‑M1/29‑1 (MQ=255)
                            aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTGGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaaa                                                                                                               <  2:578565/141‑1 (MQ=255)
                                 agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                          >  1:630105‑M1/107‑141 (MQ=255)
                                     ccttagcgccgttggtagtcgtactttcgttccgctagagtagaccgttgctaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatt                                                                                                      >  1:362049‑M1/103‑141 (MQ=255)
                                      gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta                                                                                                     >  1:758961/1‑141 (MQ=255)
                                      cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta                                                                                                     <  1:158810‑M1/40‑1 (MQ=255)
                                       ttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                    <  1:718295/141‑1 (MQ=255)
                                         gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                                                  >  1:638222/1‑141 (MQ=255)
                                         gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                                                  <  1:243499/141‑1 (MQ=255)
                                              gCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                                             >  1:728104/1‑141 (MQ=255)
                                               gatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTgtg                                                                                            <  1:413249‑M1/49‑2 (MQ=255)
                                                  ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                         <  2:715515‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                                   gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                        >  1:392141‑M1/89‑141 (MQ=255)
                                                   gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                        >  2:598113‑M1/89‑141 (MQ=255)
                                                   gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                        <  1:560600‑M1/53‑1 (MQ=255)
                                                     gtaaGCCTTTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                      <  2:76588/139‑1 (MQ=255)
                                                      aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                     >  1:70931/1‑141 (MQ=255)
                                                      aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                     >  1:175898/1‑141 (MQ=255)
                                                       aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAGaa                                                                                    >  1:78790/1‑141 (MQ=255)
                                                        aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTCATTATTGTCGgaaagaaa                                                                                   >  1:534720/1‑141 (MQ=255)
                                                          ccTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAGTGTTACTAAAATGTATAATTATGTCTGGTCGGTAAGaaaaa                                                                                 >  1:207294/1‑141 (MQ=255)
                                                          aacttactttccgctagagtagaacgtcgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                                                 >  1:607082‑M1/82‑141 (MQ=255)
                                                            cttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                               <  1:339165‑M1/62‑1 (MQ=255)
                                                              tataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                             <  2:52150/141‑1 (MQ=255)
                                                              tataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa                                                                             <  2:131510/141‑1 (MQ=255)
                                                               ataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAATGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTGGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                            <  2:312318/141‑1 (MQ=255)
                                                               ataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                            <  2:190883/141‑1 (MQ=255)
                                                               acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                            <  1:506192‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                                               acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                            <  2:559898‑M1/65‑1 (MQ=255)
                                                                cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggataagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGAAAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                           <  2:232275‑M1/66‑1 (MQ=255)
                                                                cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                           <  1:679542‑M1/66‑1 (MQ=255)
                                                                 aGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt                                                                          <  2:224489/141‑1 (MQ=255)
                                                                   tatttactTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                        <  2:193947/141‑1 (MQ=255)
                                                                    ccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa                                                                       >  2:304913‑M1/72‑141 (MQ=255)
                                                                      gctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa                                                                     >  2:58894‑M1/70‑141 (MQ=255)
                                                                       gtagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                    >  2:249734‑M1/69‑141 (MQ=255)
                                                                        tagagtagaacgttgccgggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                   <  1:278753‑M1/74‑1 (MQ=255)
                                                                        tagagtagaacgttgccaggaagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGACCATTGAAAAc                                                                   >  1:561489‑M1/68‑141 (MQ=255)
                                                                         tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                  <  2:724945/141‑1 (MQ=255)
                                                                         agagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCGTTTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                  <  1:595401‑M1/75‑1 (MQ=255)
                                                                            gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                               >  2:513512/1‑141 (MQ=255)
                                                                                aGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc                                                           >  1:421846/1‑141 (MQ=255)
                                                                                 ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGATAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTTGTTAAGAAATATTAACATTGAAAACTAAAtatca                                                          >  1:135170/1‑137 (MQ=255)
                                                                                  cgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                         >  1:645011‑M1/58‑141 (MQ=255)
                                                                                     aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                      >  2:433961/1‑141 (MQ=255)
                                                                                     aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACCAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatag                                                      >  2:86543/1‑140 (MQ=255)
                                                                                      gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg                                                     <  1:187417‑M1/88‑1 (MQ=255)
                                                                                       caaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                    >  2:178433/1‑141 (MQ=255)
                                                                                         aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                  >  1:285873‑M1/51‑141 (MQ=255)
                                                                                         aaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                  >  2:731764/1‑141 (MQ=255)
                                                                                           gcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                <  1:306704‑M1/93‑1 (MQ=255)
                                                                                           gcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                >  2:330664‑M1/49‑141 (MQ=255)
                                                                                                ccaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTaa                                           <  2:536165/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                 caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                          <  1:443887/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                  aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATAACAATATGTCACAGTTAAtt                                         >  2:593362/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                    taatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATGCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                       >  1:118056‑M1/40‑141 (MQ=255)
                                                                                                     ttAAGAAATAACTTGAATTACTAACGATAATTAATTTTAAAAATTTATTGACTTAAATGTTAGTAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTTAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATATCAACGGTAATTCCa                                      >  1:532497/1‑141 (MQ=38)
                                                                                                      tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAACCTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                     >  2:122853/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                        aaaattttggttaaaaaataaaatagaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAcattaattaaaaaa                                   >  2:520498‑M1/36‑135 (MQ=255)
                                                                                                        aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                   >  2:675394/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                         gAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                  >  2:319869/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                         aagaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                  <  2:533045/138‑1 (MQ=255)
                                                                                                              aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa                             >  1:696221/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                           >  1:133755‑M1/28‑141 (MQ=255)
                                                                                                                ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGATGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATAAGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                           <  1:329263‑M1/114‑1 (MQ=255)
                                                                                                                ggttaaaaaataaaacggacaagacaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAACTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAACCTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                           >  1:31799‑M1/28‑141 (MQ=255)
                                                                                                                     aTTACTAACGAACATTAATTTAAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                      >  1:401441/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                     aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                      <  1:319587/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     aTTACAAACGAAAATTAATTTGAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                      <  2:72306/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        aataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                   >  1:347558‑M1/20‑141 (MQ=255)
                                                                                                                           aaCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                <  1:475598/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            aCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa               <  2:155369/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                             cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa              <  2:727235/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                              gAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc             >  1:94129/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 aattaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAAAGTTAATAAAATGTATAATTGATATTTTTGGGAAAAAAAGAGGAACATTGAAAACTGACTGACAATAAGTCAACGTTAATTCCAAAAAACATAACTATAAGATAAAAACatt          >  2:314318/1‑141 (MQ=18)
                                                                                                                                  attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAGATTGAAAAATGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta         >  2:173482/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                     agataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATGCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACGAAcatgatta      <  2:399077‑M1/135‑2 (MQ=255)
                                                                                                                                     aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAATTACAAAcgtggttt      >  1:325320/1‑134 (MQ=255)
                                                                                                                                      attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa     <  2:758961/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa     >  2:633392/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                       ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg    >  2:392304/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                          
GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTA  >  CP000730/512481‑512758

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.