New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | CP000730 | 633406 = | 117 (0.890) | 6 (0.050) | 6/282 | 8.3 | 4.7% | intergenic (+130/‑414) | proP/vraA | MFS family major facilitator transporter, proline/betaine:cation symporter/long‑chain‑fatty‑acid‑‑CoA ligase |
? | CP000730 | 633436 = | 129 (1.020) | intergenic (+160/‑384) | proP/vraA | MFS family major facilitator transporter, proline/betaine:cation symporter/long‑chain‑fatty‑acid‑‑CoA ligase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAATATTATTATAGAGAA > CP000730/633295‑633579 | taAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATCAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAgg > 1:1241943/1‑148 (MQ=255) taAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAGTGGGGGGAagatg > 1:581026/1‑146 (MQ=255) aaaTCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAggg > 2:832428/1‑148 (MQ=255) aatcaatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAgggg > 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aaCTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCtt > 1:511191/1‑148 (MQ=255) cTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGc < 1:245471/148‑1 (MQ=255) cTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGc < 1:245193/148‑1 (MQ=255) cTTCAAAGTGCTTTTTAAATCGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGc < 1:119200/148‑1 (MQ=255) ttAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTa > 1:162508/1‑148 (MQ=255) 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cGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTCAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAAtattatta < 1:354700/148‑1 (MQ=255) gCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAAttttattat > 2:483282/1‑148 (MQ=255) gggggAAAGAGGGGACTTAGAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAACTTCTATTGCTATTTTATTGTTAGGATTTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAATATTATTATAgaga < 2:1205596/148‑1 (MQ=255) ggggAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGCGCATTTTATCCAACGCAAGTAATATTGAGACTCTAACCTTCAATATTATTATAGaaaa > 2:639962/1‑148 (MQ=255) ggggAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAATATTCTTATAGCGaa > 2:595781/1‑148 (MQ=255) ggggAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAATATTATTATAGAGaa > 2:7019/1‑148 (MQ=255) | TAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAATATTATTATAGAGAA > CP000730/633295‑633579 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |