| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 512620 = | 102 (1.110) | 68 (1.040) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
39/200 | 0.2 | 48.4% | intergenic (+688/‑173) | recR/rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| ? | CP000730 | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+5) | USA300HOU_t0050/rrf4 | tRNA‑Val/5S ribosomal RNA | |||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT > CP000730/512480‑512760 | aGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTa < 1:330470/141‑1 (MQ=255)aGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTa < 2:907877/141‑1 (MQ=255) tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaatgaaatggacaaggtaaaa < 1:793433‑M1/2‑1 (MQ=255) tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaactttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa < 2:165515‑M1/2‑1 (MQ=255) cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaa < 2:417639‑M1/3‑1 (MQ=255) cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagaaaaaaa < 2:13766‑M1/3‑1 (MQ=255) gCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa < 1:903276/141‑1 (MQ=255) gCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa > 2:272053/1‑141 (MQ=255) gttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTAt < 2:869750‑M1/10‑1 (MQ=255) ttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgccagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaacttttggttaaaaaataaactggccaagataaAAAAAGTCAtt < 2:233266‑M1/11‑1 (MQ=255) gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGAAATCAAAACAACTCATCTTAAGCAATAACTTGAATTCCTAACGAAAATTACTTTTAAACAGTTAtt > 1:377449/1‑141 (MQ=255) ccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAc > 1:262456‑M1/128‑141 (MQ=255) gATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACtt < 1:997535/141‑1 (MQ=255) aaTGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACtt < 1:128050/140‑1 (MQ=255) cacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATgttg > 2:628105‑M1/118‑140 (MQ=255) 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2:810439/134‑1 (MQ=255) ttcgtagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttggtaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaat > 2:492911‑M1/104‑141 (MQ=255) cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTTTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaat > 2:369930/1‑141 (MQ=255) tgtaattAAGAAATTTTAAAGCCTGTATAGTATTAATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACCCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAAAAATATAAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt < 2:922005/136‑1 (MQ=255) tattcttAAACATTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTCATGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTACCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt < 2:289761/136‑1 (MQ=255) gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTTtatttt > 2:245725/1‑140 (MQ=255) tagcgtagatggtagccgaagttacgttccggtagagtagaactttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaat > 1:457931‑M1/100‑141 (MQ=255) cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt < 2:221313‑M1/45‑1 (MQ=255) aGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATATATAATTAATTCTTg > 1:528365/1‑141 (MQ=255) tttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATGTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt < 2:421046/141‑1 (MQ=255) aaaGCTTGTAAAGTATTAATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTACAATTTATTCTTGTCGGTAAGa < 1:509098/141‑1 (MQ=255) aaaGCCTTTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAAAAACACAAAAAAAGAAATAACTTGAATTACTAAAGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGATTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaattaaaaaaaaaaaaa < 2:748804/141‑14 (MQ=255) aaaGCCTGTATAGTAGTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa > 1:739646/1‑141 (MQ=255) cgtacttacgttccgctagagtagaaagttgccaggcagttttttaatcaaaaaaaaaaaaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa > 2:179015‑M1/84‑141 (MQ=255) cgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttgtaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGGTGATAAAATGTATAATTAATTCTTTGCGGGAAGaaa < 1:172877‑M1/58‑1 (MQ=255) aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATACAATGTATAATTAATTATTGTCGTTAAGaaa > 1:694092/1‑141 (MQ=255) aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTCTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa > 1:54054/1‑141 (MQ=255) 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2:125529‑M1/137‑1 (MQ=255) aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAAAAACATTATTTAGTAt < 1:778781‑M1/140‑1 (MQ=255) aaaaaGTTATTTACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAtt < 2:309514/141‑1 (MQ=255) | AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT > CP000730/512480‑512760 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |