| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | CP000730 | = 1998272 | 105 (1.140) | noncoding (1/76 nt) | USA300HOU_t0050 | tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
AAGGTAAGGGATTCGAACCCTTGAGACGCTTGTGACGCCTACACACTTTCCAGGCGTGCTCCTTCGGCCAGCTCGGACAACCTTCCTCAACAATAAATATGTAATAAAAAAACAGAAGCGATATTTCACTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTAACAGCCGATAGCTCTACCACTGA > CP000730/1961372‑1961648 | tAAGGGATTCGAACCCTTGAGACGCTTGTGACGCCTACACACTTTCCAGGCGTGCTCCTTCGGCCAGCTCGGACAACCTTCCTCAACAATCAATATTGAAGAAAAAAACAGAAGCGATATTTCACTTCTGCTTGTATGACt < 1:937743/141‑1 (MQ=255) gaaGGGGTTCGAACCCGCGAGACGCTGGTGACGCCTACACACTTTCCAGGCGTGCTCCTTCGGCCAGCTCGGACAACCTTCCTCAACAATAAATATGTAATAAAAAAACAGAAGCGATATTTCACTTCTGCTTGTATGACt < 2:592352/140‑1 (MQ=255) aaGGGATTCGAACCCTTGAGACGCTTGTGACGCCTACACACTTTCCAGGCGTGCTCCTTCGGCCAGCTCGGACAACCTTCCTCAACAATAAATATGTAATAAAAAAACAGAAGCGATATTTCACTTCTGCTTGTATCACTc > 1:295042/1‑141 (MQ=255) aGGGATTCGAACCCTTGAGACGCTTGTGACGCCTACACACTTTCCAGGCGTGCTCCTTCGGCCAGCTCGGACAACCTTCCTCAACAATAAATATGTAATAAAAAAACAGAAGCGATATTTCACTTCTGCTTGTATGACTcc > 2:976543/1‑141 (MQ=255) ggATTCGAACCCTTGAGACGCTTGTGACGCCTACACACTTTCCAGGCGTGCTCCTTCGGCCAGCTCGGACAACCTTCCTCAACAATAAATATGTAATAAAAAAACAGAAGCGATATTTCACTTCTGCTTGTCTGACTGCTa > 2:59598/1‑141 (MQ=255) aCCCTTGAGACGCTTGTGACGCCTACACACTTTCCAGGCGTGCTCCTTCGGCCAGCTCGGACAACCTTCCTCAACAATAAATATGTAATAAAAAAACAGAAGCGATATTTAACTTCTGCGTGTATGACTCCTACGGGACTc < 2:705082/141‑1 (MQ=255) aCCCGTGAGAGGCTTGTGACGCCTACACACTTTCCAGGCGGGCTCCTTCGTCCAGCTCGTACAACCTTCCGCAACAAATAATATGTAATAAAAAAACAGAAGCGATATTTCACTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTc < 2:225129/141‑1 (MQ=255) tGAGACGCTTGTGACGCCTACACACTTTCCAGGCGTGCTCCTTCGGCCAGCTCGGACAACCTTCCTCAACAATAAATATGTAATAAAAAAACAGAAGCGATATTTCACTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAAcc > 1:105972/1‑141 (MQ=255) agaCGCTTGTGACGCCTACACACTTTCCAGGCGTGCTCCTTCGGCCAGCTCGGACAACCTTCCTCAACAATAACTATGTAATAAAAAAACCGAAGCGATATTTCACTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGCCTCGacaccg > 2:599010/1‑136 (MQ=255) cGCTTGTGACGCCTACACACTTTCCAGGCGTGCTCCTTCGGCCAGCTCGGACAACCTTCCTCAACAATAAATATGTAATAAAAAAACAGAAGCGATATTTCACTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCgtgt > 1:379025/1‑141 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(MQ=255) aaCAGACGCGTTATTTCACTTCTGCTGGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACACCTAGATCTCGAACCTACGACCGATCgg < 2:706255/141‑1 (MQ=14) aCAGAAGCGATATTTCACTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCCCTTGCCACATGATCTATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGt > 1:819153/1‑141 (MQ=17) agaggccacatTTCACTTCTGCTTGTATGACTCCCACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTa < 1:407609/132‑1 (MQ=255) aGACGCGAGATTTCACTTCTGCTTGTATGACCCCTACGGGACTCGAACCCGGGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTa < 1:285449/141‑1 (MQ=255) aGAAGCGATTTTTCAGTTCTGCTTGGATGCCTCCTACTGGACTGGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGCAGCCATGGCTACACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTa < 1:701012/141‑1 (MQ=14) aGAAGCGATATTTCACTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTa > 2:398301/1‑141 (MQ=255) aGAAGCGATATTTCACTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTa < 1:826089/141‑1 (MQ=255) aGAAGCGATATTTCACTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGGGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTa < 2:327799/141‑1 (MQ=255) aGAAGCGACTTTTCCCTACTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTa < 2:664642/141‑1 (MQ=255) aaGCGAGATTTCACTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTAAc < 1:133436/141‑1 (MQ=255) gATATTTCACTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTAACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGAGCGGGTAAcgggc > 2:348621/1‑137 (MQ=255) atatTTCACTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTAAAAGcag > 2:738657/1‑139 (MQ=255) atatTTCACTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAACACGAGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGAAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTAACAGCCg > 2:163380/1‑141 (MQ=255) tttCACTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTAACAGCCGATa < 1:74711/141‑1 (MQ=255) cTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTAACAGCTGATAGctct < 2:893889/141‑1 (MQ=38) cTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTAACAGCCGATAGctct < 2:423169/141‑1 (MQ=38) cTTCTGCTTGTACGACTCCTACGGGACCCGACCCCGTGTTACCACCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTAACAGCCGATAGctct < 1:333788/141‑1 (MQ=255) ccgcgTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTAACAGCCGATAGCTCTACCAc < 2:487870/137‑1 (MQ=14) ttGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTAACAGCCGATAGCTCTACCACTg < 1:628127/141‑1 (MQ=32) tGTATGCCTCCTCCGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTAACAGCCGATAGCTCTACCACTGa < 1:59598/141‑1 (MQ=17) tGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGAGAAAGGGGGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTAACAGCCGATAGCTCTACCCCTGa > 1:193277/1‑141 (MQ=12) tGTATGACTCCTACGGGACGCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGCCCGATCGGTTAACAGCCGATAGCTCTGCCACttg > 1:72758/1‑139 (MQ=12) | AAGGTAAGGGATTCGAACCCTTGAGACGCTTGTGACGCCTACACACTTTCCAGGCGTGCTCCTTCGGCCAGCTCGGACAACCTTCCTCAACAATAAATATGTAATAAAAAAACAGAAGCGATATTTCACTTCTGCTTGTATGACTCCTACGGGACTCGAACCCGTGTTACCGCCGTGAAAGGGCGGTGTCTTAACCGCTTGACCAAGGAGCCATGGCTCCACAGGTAGGACTCGAACCTACGACCGATCGGTTAACAGCCGATAGCTCTACCACTGA > CP000730/1961372‑1961648 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |