| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 76096 = | 174 (1.380) | 8 (0.070) | 4/278 | 6.8 | 4.6% | intergenic (+154/‑980) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| ? | CP000730 | 76124 = | 168 (1.410) | intergenic (+182/‑952) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
GAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTA > CP000730/75949‑76242 | gaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTTGAACAGCTAACCAAAgt > 2:575957/1‑149 (MQ=255)gaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGAATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAgt > 2:1160791/1‑149 (MQ=255) gTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAACTACTTTCCCACAAATCGAGAGAGGATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGtt < 1:510593/149‑1 (MQ=255) gTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGtt < 1:756434/149‑1 (MQ=255) gAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGACAGTGTTTCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGCAACACTTGTAATAGCTACCCAAAGTGTTAGTa > 2:840449/1‑149 (MQ=255) aaTTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAGTCGAGCGAGTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAAt < 2:688918/149‑1 (MQ=255) tttATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATc‑c > 2:1106045/1‑149 (MQ=255) ttattaAAGTAAAAAGGCTAAATACTTTCTCACAAATCCAGAGAGTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAACTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑Ca < 2:1113393/149‑1 (MQ=255) 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ccTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACaa < 1:685025/149‑1 (MQ=255) aaTACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATA‑CCGAGAATACTAACACAAAGGc > 2:538605/1‑149 (MQ=255) aTACTTTCTCACAAATCGAGAGATTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCa > 1:999691/1‑149 (MQ=255) aTACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGCGAATACTAACACAAAGGCa > 1:855947/1‑149 (MQ=255) aTACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCa > 2:1200422/1‑149 (MQ=255) 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caAATCGAGAGAGTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAAttaatttaat > 1:535707/1‑149 (MQ=255) caAATCGAGAGAGTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTTTTCATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAAttaatttaat > 1:737523/1‑149 (MQ=255) aaTCGAGAGAGTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGGAATTAATTtaataa > 1:65652/1‑149 (MQ=255) aaTCGAGAGAGTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTtaataa > 1:71318/1‑149 (MQ=255) cGAGAGAGTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATta < 2:393096/149‑1 (MQ=255) 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cgcACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTATTAGTAAAC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAAAATAAACAAAAAGGAGtcttct < 2:70074/148‑1 (MQ=255) gcACCTTTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTg < 1:1230013/149‑1 (MQ=255) gcACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAGAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTg < 2:821390/149‑1 (MQ=255) gcACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTg < 1:824414/149‑1 (MQ=255) aacatGTACCAGTAAGAACAGATAAACAAAAAGTTAGTAATG‑CAGGGAATGCTAACACAAAGGAAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATTGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTAAAATATTAAAAAAAAGGAGTCTTCTGt < 2:1003235/145‑1 (MQ=25) ccTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATAATAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAAAAAAAAAAAAAAGGAGTCTTCTGTAt < 2:54932/149‑1 (MQ=38) tgaTCACCTAGAACAGCTAACCAAAATGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTATGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGaa < 2:366129/147‑1 (MQ=255) gTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGaa < 1:110256/149‑1 (MQ=255) tATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATTGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTGTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAAc < 1:1002274/149‑1 (MQ=255) cTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CCGGGAATACGAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTAttt < 1:575957/149‑1 (MQ=255) aGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAg < 1:1128975/149‑1 (MQ=255) gAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGa < 1:197336/149‑1 (MQ=255) aaaCAGCTAACTAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGa < 2:780610/148‑1 (MQ=255) ctcAGCTAACCACAGTGTTTCATGCC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGat > 2:1303805/3‑149 (MQ=25) caCAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATCTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGat > 2:259662/2‑149 (MQ=255) aaCAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGat > 1:840605/1‑149 (MQ=255) aaCAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGaa > 2:298571/1‑148 (MQ=255) aaCAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCAGTATAAACTATTTAAGat > 1:450665/1‑149 (MQ=255) aaaGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAAttt > 1:726268/1‑149 (MQ=255) aaaGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAAttt < 2:441251/149‑1 (MQ=255) aaGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTa < 1:1083587/149‑1 (MQ=255) aaGTGTCAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTa < 1:551750/149‑1 (MQ=255) | GAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATC‑CAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTA > CP000730/75949‑76242 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |