| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000730 | 512969 = | NA (NA) | 11 (0.090) | 5/278 | 6.3 | NA | noncoding (177/1540 nt) | rrs1 | 16S ribosomal RNA |
| ? | CP000730 | 512991 = | NA (NA) | noncoding (199/1540 nt) | rrs1 | 16S ribosomal RNA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGA > CP000730/512843‑513098 | cAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGGTAATACCGGGTAATATTTTCAACCGCATGGTTCAAAAg > 2:70133/1‑149 (MQ=12)cAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGCGGGCAAAAACTGGCACAACTACCTATAAGACGGGAACAACTTCCGGAAACCGTAGCGAATACCGGAGAAGAGTTGGAAGCGCATGGTACAAAAg > 2:117736/1‑149 (MQ=2) tCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGaa > 2:232807/1‑149 (MQ=32) ccGAGCGAACGGGCGAGAAGCTTGCTTCCCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTCTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGaa < 1:689967/148‑1 (MQ=12) gagagaACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAg < 2:944617/149‑1 (MQ=17) gAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAg < 1:345196/149‑1 (MQ=32) gCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGAc > 1:753797/1‑149 (MQ=32) aaCGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGt < 2:1015239/149‑1 (MQ=32) ggACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAGCCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCtt < 2:876046/149‑1 (MQ=17) ggACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATCCTATTATGAAGCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCtt < 1:1333280/149‑1 (MQ=255) ggACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCtt < 2:548681/149‑1 (MQ=32) aCGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAACGTGAAAGACGGTCTTGc < 2:159528/149‑1 (MQ=17) gagaAGCAAGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTg > 1:897031/1‑149 (MQ=12) agaAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGcggg > 1:730496/1‑146 (MQ=17) agaAGCAAGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATGACTTCGGGAAACCGTAGCTAGTACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCGAAAGTGAAAGACGGTCTTGCGGt > 2:74014/1‑149 (MQ=11) gaggcctgcttCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGGGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGTCTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTCATACCGGATGATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTc < 2:551876/143‑1 (MQ=11) aaGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCa > 1:1146107/1‑149 (MQ=32) cgcctgcgtCTCTGATCTTAGCGGCGGACGGGTGAGGAACACGTGGATAACCGACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAACCCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCAc < 1:778547/145‑1 (MQ=11) ttCTGTGAGGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAGCACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACCTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGa < 2:681256/149‑1 (MQ=255) ttCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGAATCGGGCAGACTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGa < 1:1322027/149‑1 (MQ=11) tctcGGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGAt < 2:972425/149‑1 (MQ=17) ttAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGTATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATATATGGATCcgcg < 1:856979/149‑1 (MQ=17) ttAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCcgcg < 1:1160291/149‑1 (MQ=32) ttAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCcgcg < 1:13624/149‑1 (MQ=32) aGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCt < 2:1254718/149‑1 (MQ=32) aGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGAGGATGACCGACCTATACGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCt < 2:215247/149‑1 (MQ=255) gcggcgGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTg < 1:1296463/149‑1 (MQ=32) cggcggACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATGTTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTGATAGATGGATCCGGGCAGc > 2:273133/1‑149 (MQ=255) cggcggACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGc < 2:484765/149‑1 (MQ=32) 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cggcggACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCAGAGCTGc > 2:1345040/1‑149 (MQ=17) ggcgggcgGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCa < 2:291176/149‑1 (MQ=17) ggcggACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGACACCGTAGCTAATAACGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTCATAGATGGATCCGCGCTGcc > 2:43029/1‑148 (MQ=12) ggcggACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGGAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGGTCCGCGCTGCa > 2:198496/1‑149 (MQ=17) ggcggACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCa < 2:647576/149‑1 (MQ=32) 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aCTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCAAATTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGAt > 1:1265676/1‑149 (MQ=12) ccgggATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATg < 1:1227784/147‑1 (MQ=17) cTGGGATATCTCGGGGAATCCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGATCCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGACGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATg < 2:868755/149‑1 (MQ=11) cTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCGTACCAAGGCAAGGATg > 1:967667/1‑149 (MQ=17) tGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTGACGGCTTACCAAGGCAACGATGc > 1:218419/1‑149 (MQ=17) tGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGc > 1:1344793/1‑149 (MQ=32) tGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGc < 1:232807/149‑1 (MQ=32) aTAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGCTCCGCGCTGCCTTAGCTAGTGGGTAAGGTCACGGCCTCCCAAGGCAACGATGCTTAg > 2:41528/1‑149 (MQ=11) aTAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAg < 2:1146107/149‑1 (MQ=32) aTAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCACGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAAGGATGCATAg > 1:1160715/1‑149 (MQ=17) cTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGa < 1:61557/149‑1 (MQ=32) ttCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAATGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGAc < 2:1089740/149‑1 (MQ=17) ctCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGAc < 2:461048/148‑1 (MQ=17) gggAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTCGCTAGTTGGTAAGGTGACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTg > 2:663991/1‑149 (MQ=17) gggAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTg < 1:70133/149‑1 (MQ=32) gggAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTg > 1:635137/1‑149 (MQ=32) gggAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTg > 1:527827/1‑149 (MQ=32) gggAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGGCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTg > 2:107516/1‑149 (MQ=17) ggAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTc < 1:25598/70‑1 (MQ=35) ggAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTc > 2:25598/1‑70 (MQ=37) tAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGa > 1:80059/1‑149 (MQ=11) | CAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGTAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGA > CP000730/512843‑513098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |