| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2857675 = | 94 (0.950) | 3 (0.030) | 3/238 | NT | 3.4% | coding (90/96 nt) | USA300HOU_2700 | hypothetical protein |
| ? | CP000730 | 2857737 = | 84 (0.920) | coding (28/96 nt) | USA300HOU_2700 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAGATTATAATTAAATTTTAAACAGAAATACTGAAATTTTAAATTCGAAAGCATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTACTGAGAGCGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/2857824‑2857675‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgagagcgtaTTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAATTATTT > CP000730/2857737‑2857875 AAGATTATAATTAAATTTTAAACAGAAATACTGAAATTTTAAATTCGAAAGCATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTACT < 1:157249/141‑1AAGATTATAATTAAATTTTAAACAGAAATACTGAAATTTTAAATTCGAAAGCATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTACT > 2:774879/1‑141AAGATTATAATTAAATTTTAAACAGAAATACTGAAATTTTAAATTCGAAAGCATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTACT < 1:761229/141‑1AAGATTATAATTAAATTTTAAACAGAAATACTGAAATTTTAAATTCGAAAGCATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTACT > 1:654620/1‑141 AGATTATAATTAAATTTTAAACAGAAATACTGAAATTTTAAATTCGAAAGCATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTACTG > 2:18769/1‑141 ATTATAATTAAATTTTAAACAGAAATACTGAAATTTTAAATTCGAAAGCATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTACTGAG > 1:1004645/1‑141 ATAATTAAATTTTAAACAGAAATACTGAAATTTTAAATTCGAAAGCATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTACTGAGAGC > 2:192444/1‑141 ATAATTAAATTTTAAACAGAAATACTGAAATTTTAAATTCGAAAGCATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTACTGAGAGC > 1:679012/1‑141 AATTAAATTTTAAACAGAAATACTGAAATTTTAAATTCGAAAGCATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTACTGAGAGCGT > 2:385635/1‑141 AGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTACTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAA > 1:795246/1‑141 TACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTACTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAAT > 2:961155/1‑141 CTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTACTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGC < 2:795246/141‑1 GAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGA < 2:865177/141‑1 GAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGAGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGA < 2:665881/141‑1 AGAGCGTATTTTTTTTTTTTTTTTGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAA > 2:1030852/1‑141 AGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAATTTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAGGTTAGAGAA > 2:453458/1‑141 AGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAA > 1:357589/1‑141 AGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAA > 1:486295/1‑141 AGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAA > 2:720914/1‑141 CGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAATTAT < 1:347030/141‑1 CGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAATTAT < 2:879188/141‑1 GTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAATTATT > 1:761874/1‑141 TATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAATTATTT < 1:447237/141‑1 TATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAACTTAATTATAATCTTGAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAATTATTT < 1:86853/141‑1 AAGATTATAATTAAATTTTAAACAGAAATACTGAAATTTTAAATTCGAAAGCATTGAATTTTGGATAAATACATTTTAAATAGAAAAATACGCTCTCAAAATGAAGTCATCTCTAAAAGAAACGATTTAAAGATGACTACTGAGAGCGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/2857824‑2857675‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgagagcgtaTTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAATTATAATCTTTAATACAGGAGGCGCTATGCTTATGAATATTGCGAAGTTAGAGAATTATTT > CP000730/2857737‑2857875 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |