| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | CP000730 | 2857737 = | 84 (0.920) | coding (28/96 nt) | USA300HOU_2700 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAA > CP000730/2857535‑2857814 | tttAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGTTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCt < 1:208175/141‑1 (MQ=255) ttAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTa < 2:100111/141‑1 (MQ=255) aaataattctctaacttcgcaatattcataagcatagcgcctcctgtattcaagattataattaagttttaaacagaaatactgaaattttaaattcgaaagcattgaattttggataaatacattttaaatagaaaaaTa < 1:86853‑M1/2‑1 (MQ=255) aataattctctaacttcgcaatattcataagcatagcgcctcctgtattaaagattataattaaattttaaacagaaatactgaaattttaaattcgaaagcattgaattttggataaatacattttaaatagaaaaaTAc > 1:761874‑M1/139‑141 (MQ=255) ataattctctaacttcgcaatattcataagcatagcgcctcctgtattaaagattataattaaattttaaacagaaatactgaaattttaaattcgaaagcattgaattttggataaatacattttaaatagaaaaaTACg < 1:347030‑M1/4‑1 (MQ=255) ataattctctaacttcgcaatattcataagcatagcgcctcctgtattaaagattataattaaattttaaacagaaatactgaaattttaaattcgaaagcattgaattttggataaatacattttaaatagaaaaaTACg < 2:879188‑M1/4‑1 (MQ=255) aaTTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACg < 1:637022/141‑1 (MQ=255) ttACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGct > 1:1039637/1‑141 (MQ=255) ttACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGct > 2:519009/1‑141 (MQ=255) ttctctaacttcgcaatattcataagcatagcgcctcctgtattaaagattataattaaattttaaacagaaatactgaaattttaaattcgaaagcattgaattttggataaatacattttaaatagaaaaaTACGctct > 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aCTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGctct > 2:328492/1‑141 (MQ=255) tctctaacttcgcaatattcataagcatagctcctcctgtattaaagattataattaaattttaaacagaaatactgaaattttaaattcgaaagcattgaattttggataaatacattttaaatagaaaaaTACGCtctc < 2:665881‑M1/9‑1 (MQ=255) tctctaacttcgcaatattcataagcatagcgcctcctgtattaaagattataattaaattttaaacagaaatactgaaattttaaattcgaaagcattgaattttggataaatacattttaaatagaaaaaTACGCtctc < 2:865177‑M1/9‑1 (MQ=255) gatGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCtctc < 2:854589/139‑1 (MQ=255) cTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACtctctc > 2:347030/1‑141 (MQ=255) tGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTACACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCag < 1:632689/141‑1 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gttgggAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCAGGTGTGCACGCCTGTCACACTTCTTCCATTGTGCGACGCTCTCAGTAGGCATCTTTAAATCGt < 2:653303/137‑1 (MQ=255) tttGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGtt < 1:940514/141‑1 (MQ=255) tcggAAGTGTGGGCGCATAGAACACGAATGATCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCATTGTCCTGTTGCATTTTTTGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCACTAGTCACCTTTAAATCGttt > 2:1090640/3‑141 (MQ=255) tGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTc > 1:102877/1‑141 (MQ=255) ggAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCt > 2:576848/1‑141 (MQ=255) ggAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCt < 2:544695/141‑1 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(MQ=255) acacTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTAt > 1:23876/1‑141 (MQ=255) acacTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTAt > 1:254083/1‑141 (MQ=255) acTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTAttt > 2:1171621/1‑141 (MQ=255) acTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTAttt > 1:26423/1‑141 (MQ=255) ttcttcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCt > 2:1178140/1‑141 (MQ=255) ttcttcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCt > 1:700381/1‑141 (MQ=255) ttcttcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCt < 1:519009/141‑1 (MQ=255) tcttcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTg > 2:163535/1‑141 (MQ=255) cttcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGt > 2:9450/1‑141 (MQ=255) ttcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGtt < 2:256959/141‑1 (MQ=255) ttcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGtt < 1:457440/141‑1 (MQ=255) tcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGttt > 2:246596/1‑141 (MQ=255) tcCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGttt > 1:139626/1‑141 (MQ=255) ccATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTa > 1:1154138/1‑141 (MQ=255) ccATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTa > 1:134899/1‑141 (MQ=255) aTTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTaaa > 1:697170/1‑141 (MQ=255) ttATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTaaaa > 2:952435/1‑141 (MQ=255) ttATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTGTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTaaaa < 1:766071/141‑1 (MQ=255) tATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAAt > 1:658194/1‑141 (MQ=255) tATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCACTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCCGTATTTCTGTTTAAAAt > 2:407217/1‑141 (MQ=255) gCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTa > 1:771066/1‑141 (MQ=255) cTACGCTCTCAGTAGCCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTaa > 1:533339/1‑141 (MQ=255) | TTTAATTACTTGGCTTATTTCAAGTTTAATTTGGAAGTTTGGTCGCATAGAACACAAATGGTCTAGATAAGGCAACTTGTCTTGCAACTACCTTTGTATTGTTGCATTTTTAGACACCCTGCACACTTCTTCCATTATGCTACGCTCTCAGTAGTCATCTTTAAATCGTTTCTTTTAGAGATGACTTCATTTTGAGAGCGTATTTTTCTATTTAAAATGTATTTATCCAAAATTCAATGCTTTCGAATTTAAAATTTCAGTATTTCTGTTTAAAATTTAA > CP000730/2857535‑2857814 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |