| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 1084754 = | 80 (0.810) | 4 (0.040) | 3/238 | NT | 5.1% | intergenic (+126/+139) | purD/USA300HOU_1019 | phosphoribosylamine‑‑glycine ligase/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| ? | CP000730 | 1084817 = | 74 (0.810) | intergenic (+189/+76) | purD/USA300HOU_1019 | phosphoribosylamine‑‑glycine ligase/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein | |||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
ATTTTTTCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAAT > CP000730/1084677‑1084957 | aTTTTTTCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGtt > 2:472899/1‑141 (MQ=255) tttttCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTa > 2:864173/1‑141 (MQ=255) ttttCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAg > 1:1117693/1‑141 (MQ=255) ttCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTa < 1:798864/141‑1 (MQ=255) aTAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATgg < 1:1029240/141‑1 (MQ=255) tAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGa > 1:452363/1‑141 (MQ=255) aGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGaa < 2:116778/141‑1 (MQ=255) aGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGaa < 1:269659/141‑1 (MQ=255) cTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATa < 1:1141904/141‑1 (MQ=255) gtatagatactaaattagaaattcattgtatagaaaaagaaaaccatttattccatactaaACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATg > 2:471364‑M1/62‑141 (MQ=255) ttttttttttttCTAGGACAGAGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGt > 2:1078852/12‑141 (MQ=255) tAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGt > 1:401703/1‑141 (MQ=255) tAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGt > 1:814056/1‑141 (MQ=255) ttttttttgTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttt > 2:1115287/9‑141 (MQ=255) ttGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGtttt < 2:261213/141‑1 (MQ=255) ttGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGtttt > 1:343798/1‑141 (MQ=255) tGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttc > 1:317691/1‑141 (MQ=255) tGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCAGCTGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttc > 2:572796/1‑141 (MQ=255) agTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttcttttt < 2:799679/141‑1 (MQ=255) tAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTGGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCtat < 1:1150754/141‑1 (MQ=255) aTTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACCACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAAtt < 2:1046573/141‑1 (MQ=255) ttCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTc < 2:446556/141‑1 (MQ=255) cTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTa < 2:384061/141‑1 (MQ=255) gTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAAt > 1:468556/1‑141 (MQ=255) gTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAACGAATTTCTAAt > 1:63275/1‑141 (MQ=255) tACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAAtt < 1:850138/141‑1 (MQ=255) aaaTTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGAGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAACTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGt > 2:633356/1‑141 (MQ=255) aTTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTAt > 1:315623/1‑141 (MQ=255) gtgATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCtat < 1:42923/141‑1 (MQ=255) gATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATAc > 1:273848/1‑141 (MQ=255) gATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATAc < 2:155351/141‑1 (MQ=255) gATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATAc > 2:254716/1‑141 (MQ=255) gATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATAc > 1:161338/1‑141 (MQ=255) catttattccatactaaacaaaagaggtgccacaaacatgttattttgttcatccaaacatgttgtggcgcctcttttgtTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATAc > 2:471364‑M2/81‑141 (MQ=255) ttATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACaa > 1:859023/1‑141 (MQ=255) ttATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACaa < 2:535661/141‑1 (MQ=255) tATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAAt < 2:818718/141‑1 (MQ=255) aTGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAAtt > 1:310648/1‑141 (MQ=255) tGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTa < 2:325814/141‑1 (MQ=255) tatGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGa > 2:278862/1‑141 (MQ=255) atGTAATACAAAAGGGGCGCCACAACATGTTGGGATGAACAAAATAACATTGTGGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGGTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGAt < 1:354711/141‑1 (MQ=255) atGTAATACAAAAGCGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGAt < 2:143986/141‑1 (MQ=255) atGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGAt < 2:173550/141‑1 (MQ=255) atGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGAt < 1:371271/141‑1 (MQ=255) atGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGAt < 1:643418/141‑1 (MQ=255) aTACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAAt < 2:401703/141‑1 (MQ=255) ACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGACACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAAttt < 2:116020‑M1/141‑1 (MQ=255) CAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTa < 1:319397‑M1/141‑1 (MQ=255) AAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTaa > 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1:406614/1‑141 (MQ=255) aaCATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTg > 1:489798/1‑141 (MQ=255) aCATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTCACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGCGa > 2:609543/1‑141 (MQ=255) aCATGTTTGGGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTATAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTATCCTACACGACAAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGa < 1:49606/141‑1 (MQ=255) aTGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATg > 1:929629/1‑141 (MQ=255) tGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATgg < 1:19951/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGt > 2:283732/1‑141 (MQ=255) cctcttttgtTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGAtt < 1:530564‑M2/131‑1 (MQ=255) ctcttttgtTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTg < 2:254859‑M2/132‑1 (MQ=255) ctcttttgtTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTg > 1:90551‑M2/10‑141 (MQ=255) cttttgtTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGaa < 2:319397‑M2/134‑1 (MQ=255) 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2:634556/141‑1 (MQ=255) | ATTTTTTCATAGCTTTTTTAGTTGTAGAGTCTAGGACATTGATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACCAAGACGAACATCATCTATGCCCGTGATGGGTAAGGTGATTGAACAATAAT > CP000730/1084677‑1084957 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |