New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 2249230 = | 46 (1.100) | 3 (0.080) | 3/244 | NT | 6.6% | intergenic (‑223/+176) | USA300HOU_2120/USA300HOU_2121 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | CP000730 | 2249273 = | 41 (1.040) | intergenic (‑266/+133) | USA300HOU_2120/USA300HOU_2121 | hypothetical protein/hypothetical protein |
TAATGTCATGTTTTTCATTTTAAAAATTCAATAGCATTAAATTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATCGAAAAAAGCTTGTTACAAACGCATATTCAGTCAACT > CP000730/2249097‑2249366 | tAATGTCATGTTTTTTATTTTTTTAATTCAATAGCATTAAATTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTATTATACCTTTATCAACAAAATAGCa > 2:322066/1‑141 (MQ=255) tGTCATGTTTTTCATTTTAAAAATTCAATAGCATTAAATTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAAct < 1:471178/141‑1 (MQ=255) tCATGTTTTTCATTTTAAAAATTCAATAGCATTAAATTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAActct > 1:256105/1‑141 (MQ=255) tCATTTTAAAAATTCAATAGCATTAAATTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑Ta < 2:275656/141‑1 (MQ=255) tCATTTTAAAAATTCAATAGCATTAAATTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑Ta < 2:446477/141‑1 (MQ=255) aTTTTAAAAATTCAATAGCATTAAATTTTACGTATACACAGATTCGGTCGATAACAGAAAACAGATCTAGTTAATAAAAATTTCAAAACACTAACCTTTATTATACCTTTATAAAAAAAATGGCAATTCTTATAACA‑TAgg > 2:238154/1‑140 (MQ=255) ttAAAAATTCAATAGCATTAAATTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGaa > 1:139114/1‑141 (MQ=255) ttAAAAATTCAATAGCATTAAATTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGaa > 2:477838/1‑141 (MQ=255) tAAAAATTCAATAGCATTAAATTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGaaa < 1:87981/141‑1 (MQ=255) aaaaTTCAATAGCATTAAATTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATa > 1:292940/1‑141 (MQ=255) aaaTTCAATAGCATTAAATTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATaa < 2:246363/141‑1 (MQ=255) aTTCAATAGCATTAAATTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATaaaa < 2:330162/141‑1 (MQ=255) tCAATAGCATTAAATTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGt > 2:55200/1‑141 (MQ=255) cagtagttgactgaatatgcgtttgtaacaagcttttttcgattctagtcaacagtaattgaatttatgatatggcaatactttgtaatactaatattAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCAttt > 2:351119‑M1/99‑141 (MQ=255) gtagttgactgaatatgcgtttgtaacaagcttttttcgattctagtcaacagtaattaaatttatgatatggcaatactttgtaatactaatattAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTaa > 1:349959‑M1/97‑141 (MQ=255) aaTTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTATTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAata < 2:468911/141‑1 (MQ=255) aaTTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTCGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAata < 2:380634/141‑1 (MQ=255) ttttACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATAtt > 2:276743/1‑141 (MQ=255) ttACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAg < 2:23776/141‑1 (MQ=255) ttACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAg < 1:343933/141‑1 (MQ=255) ataCACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTAc < 2:493193/141‑1 (MQ=255) taCACAAATTCGGTCTATAACACGATACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCCACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATTTTAGTATTACa < 2:275135/141‑1 (MQ=255) caAATTCTCTCTATAAAACTAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTAAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGt < 2:458719/141‑1 (MQ=255) tCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGc > 1:436664/1‑141 (MQ=255) ggTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCa < 1:148052/141‑1 (MQ=255) acGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACATTTATCAACAAAATGGCAAATCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACACAGTATCGCCATATCATAAAt > 1:149970/1‑141 (MQ=255) tatCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTAc > 1:315204/1‑141 (MQ=255) aGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTg < 1:432371/141‑1 (MQ=255) aGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑CAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTg < 1:50794/141‑1 (MQ=255) tACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACACAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACt > 2:323037/1‑141 (MQ=255) tACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACt > 1:210925/1‑141 (MQ=255) tACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACt > 2:79596/1‑141 (MQ=255) aaaaTTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAAt > 2:316885/1‑141 (MQ=255) ttCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATCGaaa > 2:214957/1‑141 (MQ=255) cAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATCGaaaaa > 1:402687/1‑141 (MQ=255) cAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAATCGCCATTTAAAATTAGTATTACAAAGTATTACCATATCATAAATATAATTACTGTTGACTAGAATCGaaaaa > 2:188118/1‑141 (MQ=255) gATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAg > 2:305709/1‑79 (MQ=255) gATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAg < 1:305709/79‑1 (MQ=255) aCCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATCGAAAAAAGCTTGTTAc > 1:461839/1‑141 (MQ=255) tttAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTTGTTACaaa < 2:489823/141‑1 (MQ=255) tAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATCGAAAAAAGCTTGTTACAAACg > 2:412878/1‑141 (MQ=255) tAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATCGAAAAAAGCTTGTTACAAACg < 2:34584/141‑1 (MQ=255) aGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATCGAAAAAAGCTTGTTACAAACGc < 1:477838/141‑1 (MQ=255) aGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCACTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCCTATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATCGAAAAAAGCTTGTTACAAACGc < 2:379182/141‑1 (MQ=255) gTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATCGAAAAAAGCTTGTTACAAACGCa < 1:166928/141‑1 (MQ=255) ataCCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATCGAAAAAAGCTTGTTACAAACGCata < 2:91355/141‑1 (MQ=255) tATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATCGAAAAAAGCTTGTTACAAACGCATATTCAGTc < 1:184189/141‑1 (MQ=255) ctaatattAAATGGCGACTTTTATTTCACTA‑TGTTATAAGAGTTGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATCGAAAAAAGCTTGTTACAAACGCATATTCAGTc < 1:251123‑M1/133‑1 (MQ=255) aTCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATCGAAAAAAGCTTGTTACAAACGCATATTCAGTCa > 2:330250/1‑141 (MQ=255) aacaaAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATCGAAAAAAGCTTGTTACAAACGCATATTCAGTCAact > 1:59675/1‑141 (MQ=255) aacaaAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATAGAAAAAAGCTTGTTACAAACGCATATTCAGTCAact < 1:224299/141‑1 (MQ=255) aacaaAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATAGAAAAAAGCTTGTTACAAACGCATATTCAGTCAact > 2:224299/1‑141 (MQ=255) | TAATGTCATGTTTTTCATTTTAAAAATTCAATAGCATTAAATTTTACGTATACACAAATTCGGTCTATAACACGAAACATATCTAGTTACTAAAAATTTCAAAACGATAACCTTTAGTATACCTTTATCAACAAAATGGCAACTCTTATAACA‑TAGTGAAATAAAAGTCGCCATTTAATATTAGTATTACAAAGTATTGCCATATCATAAATTTAATTACTGTTGACTAGAATCGAAAAAAGCTTGTTACAAACGCATATTCAGTCAACT > CP000730/2249097‑2249366 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |