| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 1217678 = | 69 (0.760) | 5 (0.060) | 4/246 | 12.2 | 8.3% | intergenic (+7/‑430) | USA300HOU_1144/USA300HOU_1145 | hypothetical protein/possible 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase |
| ? | CP000730 | 1217746 = | 49 (0.610) | intergenic (+75/‑362) | USA300HOU_1144/USA300HOU_1145 | hypothetical protein/possible 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGATTCCAGTATTAGTCCTATTACTCGTATTCTTAATTGGTTGGATTTTAATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/1217833‑1217678‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacactatagcttttATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAAT > CP000730/1217746‑1217885 TGATTCCAGTATTAGTCCTATTACTCGTATTCTTAATTGGTTGGATTTTAATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTA < 2:816694/141‑1 AGTATTAGTCCTATTACTCGTATTCTTAATTGGTTGGATTTTAATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGTTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTA > 1:725830/1‑141 TAGTCCTATTACTCGTATTCTTAATTGGTTGGATTTTAATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCT < 1:78244/141‑1 TAGTCCTATTACTCGTATTCTTAATTGGTTGGATTTTAATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCT < 1:825881/141‑1 AAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACT > 2:180411/1‑141 CTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGAGTAAa > 2:4794/1‑140 CTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAAT > 2:852091/1‑141 GTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGG > 2:345951/1‑141 CCTGATATTAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTA < 1:180411/141‑1 AACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTT < 1:960196/141‑1 CTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATT < 2:8205/141‑1 CTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATT > 2:126614/1‑141 CTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATT < 1:925795/141‑1 TATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTG > 1:296373/1‑141 TAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTA > 2:802085/1‑141 GCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTcac < 2:321228/141‑4 GCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAAT < 2:537884/141‑1 GCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAAT < 2:257958/141‑1 TATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAAT > 1:319748/1‑141 TGATTCCAGTATTAGTCCTATTACTCGTATTCTTAATTGGTTGGATTTTAATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/1217833‑1217678‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacactatagcttttATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAAT > CP000730/1217746‑1217885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |