| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 1205323 | 32 (0.820) | 17 (0.600) +AGCGAAGCCATTCAATACGAAGTATTGTATAAATAGAG |
7/202 | 2.9 | 39.8% | intergenic (+459/‑365) | yfiE/lspA | possible lactoylglutathione lyase/A8 family signal peptidase II |
| ? | CP000730 | 2478252 = | 39 (1.000) | intergenic (+139/+932) | USA300HOU_2340/htrB | hypothetical membrane protein/hemin ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein | |||||
AAACAAACTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTC > CP000730/2478119‑2478392 | aaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAAcagcag > 1:33844‑M2/134‑141 (MQ=255)aaagtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAAcagcag > 1:147182‑M2/134‑141 (MQ=255) agtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTa < 1:446233‑M2/10‑1 (MQ=255) gtaaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTaa > 2:199786‑M2/131‑141 (MQ=255) caaacTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTaa < 1:315007/141‑1 (MQ=255) taaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTAAg < 2:344134‑M2/12‑1 (MQ=255) aacTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAAAAACAAAAAAAAACAGCAGTAAGa < 2:447998/141‑1 (MQ=255) aaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTAAGa > 1:52935‑M2/129‑141 (MQ=255) aaaattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTAAGa > 2:316962‑M2/129‑141 (MQ=255) aattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTAAGATa < 2:103939‑M2/15‑1 (MQ=255) aattacatgttaatacgtagtattaatggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccgaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTAAGATa > 2:183444‑M2/127‑141 (MQ=255) ttatAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTc > 1:252657/1‑141 (MQ=255) taGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCT‑AAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAAtt < 2:206466/141‑1 (MQ=255) aGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAAtt > 2:4136/1‑141 (MQ=255) gttTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGaaa < 1:329991/141‑1 (MQ=255) 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1:73641/1‑141 (MQ=255) tggcgagactcctgagggagcagtgccagtcgaagaccaaggctgagacggcaccctaggaaagcgaagccattcaatacgaagtattgtataaatagagAACAGCAGTAAGATGATTTTCAATTAGAAAATATCTTGctg < 2:383211‑M2/41‑1 (MQ=255) tGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTActg > 2:251078/1‑141 (MQ=255) aaCTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAg > 1:164593/1‑105 (MQ=255) aaCTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAg < 2:164593/105‑1 (MQ=255) tATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTa > 1:226279/1‑141 (MQ=255) tATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTa > 2:270412/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTtgatg > 1:139224/1‑141 (MQ=40) aaaaaaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTCTTTATACCATAATTCGTCTTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTtgatg < 1:223369/140‑1 (MQ=255) aaaaaaCAGCATTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTACGCCCATCTGGCCCATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACg < 1:11929/141‑1 (MQ=255) aaaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATTCAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTATTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACg > 1:417072/1‑141 (MQ=255) aaaaaCAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACgg > 2:285427/1‑141 (MQ=38) aaCAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTc > 2:126595/1‑141 (MQ=39) | AAACAAACTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAACTAAAGAGTCTGGGACATTAATCCCTAAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTC > CP000730/2478119‑2478392 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |