New junction evidence
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*	?	CP000730	512620 =	38 (1.660)	17 (1.100) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC	13/190	0.2	45.2%	intergenic (+688/‑173)	recR/rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
	?	CP000730	2176447 =	23 (1.000)					noncoding (114/114 nt)	rrf5	5S ribosomal RNA

CGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAT  >  CP000730/512484‑512752                                                                                                                                         |                                                                                                                                     tgctcacaaCAGATAACAAAGATTTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTTAAAGACTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGAAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                                  <  2:3845/133‑1 (MQ=255) ggtgcAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                                  <  2:243262/137‑1 (MQ=255)  acctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAg                                                                                                                                 >  2:361235‑M1/136‑141 (MQ=255)   cctgttcccatgccgaacacagaagttaggctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGt                                                                                                                                >  1:8059‑M1/135‑141 (MQ=255)   cctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGt                                                                                                                                <  1:7267‑M1/7‑1 (MQ=255)      gatcccaggccgaacacagaagttaagcaccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgatagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgaaaaagataaAAAAAGTTAt                                                                                                                             >  2:256518‑M1/132‑141 (MQ=255)         aCAGATGACAAAGGTGTAATTTATACTGTTGTTAAGCAGCATGCAAGCCTGTAAAGACATTATTTCTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTCAAGAAATGACTTGCATTCCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGa                                                                                                                          >  2:193786/1‑141 (MQ=255)          aaGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTAGAGTATTTATTTGTTGAGGAAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAc                                                                                                                         <  2:409222/140‑1 (MQ=255)           aGATTACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                        <  2:457327/141‑1 (MQ=255)            gATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACTAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACtt                                                                                                                       >  2:104438/1‑141 (MQ=255)            atgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaactttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGGCtt                                                                                                                       <  2:21172‑M1/16‑1 (MQ=255)             aTGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTa                                                                                                                      >  2:46790/1‑141 (MQ=255)                aaaaaGGTGTGATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAAt                                                                                                                   <  2:174244/139‑1 (MQ=255) 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CGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAT  >  CP000730/512484‑512752

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.